1937年7月，中日全面战争爆发，中国开始转入战时状态。为了因应战争的需要，国民政府的军事指挥和行政领导架构有所调整，其间引人瞩目者，为孔祥熙于1938年1月出任行政院长，成为国民政府行政部门的最高负责人。然不旋踵间，1939年11月，孔祥熙又辞任行政院长，在这个岗位待了不到2年的时间。孔祥熙的就任和辞任，正反映出抗战初期国民党、国民政府及其领袖蒋介石对于这场战争的因应得失，并暴露出国民党施政的诸般问题，很值得后人探究。此即为本文论述的中心。
一、临危赴任:孔祥熙就任行政院长
全国抗战爆发时，身为国民政府行政院副院长兼财政部长和中央银行总裁的孔祥熙，正在欧美游历的行程中。他此行是以国民政府特使的名义，赴伦敦参加英皇乔治六世的加冕典礼，在1937年4月2日成行，实则遍历欧美各国，肩负向外国洽商借款和购买军火之使命，也可以理解为国民政府因应可能来临的战争之准备。卢沟桥事变爆发后，1937年7月26日，蒋介石致电孔祥熙，称“大战已开始，和平绝望，希在国际方面多所接洽”。为此，孔祥熙又在欧美办理抗战外交事务兼在德国因病休养，停留了一段时间，直至10月17日方才回国到沪。
就在孔祥熙停留国外而战争已然打响的期间，为了因应战争的需要，国民党在党政军决策体制和组织架构方面作出了一系列调整。
1937年8月11日，国民党中央政治委员会第51次会议决定设置“国防最高会议”，作为“全国国防最高决定机关”，并以军事委员会委员长为主席，职权为决定国防方针、国防经费、国家总动员事项以及其他与国防有关的重要事项，并得不依平时程序，以命令为便宜之措施。同日，国民党中央政治委员会又决定设陆海空军大元帅，组织陆海空军大本营，并推蒋介石为大元帅，其使命为:“统率海陆空军及指导全民，为求我中华民族之永久生存，及国家主权之领土完整，对于侵犯我主权领土，与企图毁灭我民族生存之敌国倭寇，决以武力解决之。”大本营下设六部，孔祥熙被任命为第三部部长，负责执掌财政，安定金融，整理税务，紧缩支出，筹发公债，募集外债等事。不过，成立大本营及由蒋介石出任大元帅的决定，当时并未对外公布。蒋介石考虑到中国并未对日本正式宣战，此时对外公开宣布设立大本营有诸多不便，而就他任委员长的军事委员会现有机构扩充担责，代行大本营的功能则更为便利。9月17日，国民政府和五院院长联名发出训令称:“由军事委员会委员长行使陆海空军最高统帅权，并授权委员长对于党政统一指挥。”军事委员会扩大改组之后，其职权远远超出了军事范畴，包括了与战时军事密切相关的政治、经济和社会动员功能。所以时人都认为，“政权在军委会及其中各部”，“军事委员会已从平时单纯的军事指挥机构，变成与战时的内阁或大本营相似了。”
国民政府战争领导机构的改组，在实践中最大的受益者当为蒋介石。因为国防最高会议的成立，由蒋介石担任主席，可以便宜行事，可以指定常务委员，“在法律上是有其特殊的权力的”。战争时期对于集中统一领导的需要，更进一步确立了蒋介石在国民党统治架构中的核心领导地位。
随着战争的持续扩大，日军节节猛进，直逼国民政府首都南京，蒋介石在考虑“南京失陷后政局变迁之影响与预测”时，准备“三年苦斗”，“抗战到底，义无反顾”;“宁为战败而亡，不为降敌求存”。但是，蒋介石虽然决心坚持抗战，还是感觉需要将其抗战决策更广泛地周知于国民党高层领导群体，并因其决策往往受阻于党内外各色人等的现实情况，有作出相应调整整顿之必要。在南京失守前后，蒋不断考虑因应方略，决定:整顿中央、改变制度;强化政府、健全组织，打破苟且与依赖之现状。为此，1938年初，蒋介石对国民政府的领导机构再次作出了较大的调整改组。
在强化政府、健全组织方面，蒋介石首先改组了政府机构。行政院是国民政府的政务处理中枢机构，1935年12月，蒋介石出任行政院长。及至抗战开始后，蒋身兼军事委员会委员长和国防最高会议主席，各项军政事务日渐繁多，尤其是战时的各项紧急军务需要及时处理，势难兼顾太多，蒋有意将处理日常行政事务的行政院长职务让出，同时将行政院的若干部门裁撤、归并、改组，以提高行政效率，适应战时需要。
蒋介石选择的行政院长接任人选，即为时任行政院副院长的孔祥熙。蒋在战争爆发后不久，即有改组行政院、由孔祥熙接任院长的考虑。10月26日孔祥熙回国甫抵南京，11月初，蒋已预定自己辞行政院长职，推孔祥熙为继任人。1937年12月13日，南京沦陷，蒋介石和国民政府领导人撤往武汉。1938年1月1日，行政院改组，孔祥熙接任院长 (续兼财政部长和中央银行总裁) ，张群任副院长，时人认为:“此次改组之主要意义在谋行政机关之合理化，蒋先生专任军事，孔之周游欧美，于经济帮助颇有所获，故畀以行政院长。”考虑到此时全国抗战所面临的严峻局势，首都沦陷，军事节节后退，日军气焰嚣张，各方面的困难多多，说孔祥熙是临危赴任也不为过，而孔祥熙对政府行政尤其是财政外交工作的熟悉，他在战前访问欧美行程中达成的多项财政金融协定所表现出的能力和人脉，都为他的接任加重了砝码。
但是，蒋介石任命孔祥熙的决定却颇为国民党内外所批评，其间有多重因素起着作用。全国抗战开始后，国民党内实际仍有主战派和主和派之分别，孔祥熙则比较倾向主和派。据王世杰所记:“孔 (祥熙) 氏近甚倾向和议，与其在往日汪精卫先生主院时之态度大异。”因此，孔接任院长，使“外间颇疑政府倾向于妥协”，而孔本人亦不避讳其“出任行政院院长，实非所愿，对大局似甚悲观”。他的主和倾向与蒋介石的主战态度形成矛盾，故为外界所疑。而且，孔祥熙对于抗战前途亦不乐观，并常常表现在公开场合。据时人回忆，每逢政府开会讨论抗战事项，“会场中少不免又涉及伤兵、难民、交通、后方秩序诸问题。这几乎是每有会议必定提到的，并且照例有许多令人伤心叹息的报告。报告完了，必然以‘中国哪得不亡’、‘中国不亡是无天理’等等愤慨语做结束。今日说这种话最多的是孔副院长，其次是何应钦部长。说这话的人，仿佛自己不负一些责任。人人都这样说，到底亡国的责任要谁去负呢?”蒋介石对国民党内的畏战求和主张不以为然，认为“老派与文人动摇，主张求和，彼不知此时求和乃为降服而非和议也。”然主和派在国民党内有相当影响，蒋也不能完全忽视他们的看法，故任命孔祥熙之举，他自认为是对“和战二派之调剂与运用，表里互用”。何况孔较他人 (如主张抗战、口碑较好的宋子文) 为听话，对蒋更可谓言听计从，所以他从来都是蒋夹袋中的首选人物，而且通过孔祥熙去影响和控制主和派也更方便，此番以孔接任行政院长，可以确保蒋的意旨被贯彻执行。
主战或主和或可被理解为政见不同，然对孔祥熙当政更不利的是，他在国民党内被认为施政庸碌无为，口碑一直不佳，其为人又比较高调而不避嫌疑，加以家财万贯，公私不分，颇为人厌。孔祥熙从国外回到南京后，11月4日，行政院各部会长官宴请孔祥熙，16人的餐会，共计花费190余元，其中仅烟酒便花费50元，而当时上海普通工人的月平均收入不过在15元上下，难怪时任行政院参事的陈克文得知此事后大发感慨:“富人一席宴，穷人半年粮，真不虚语。际此国难万分吃紧，前方浴血搏战，国土日蹙之时，最高长官对于宴会所费，仍毫不吝惜，无一不以最上等者为标准，亦可叹也。”而此时正赶往前线参加抗战的广西军队，“沿中山路步往下关。寒风峭雨之中，皆穿黄色单衣，自顶至踵，淋漓尽湿。此皆开赴前线抗战之壮士也，壮士为国牺牲，未至战场，已饱受风雨饥寒之苦。”但以蒋介石当时在国民党内的威权独断地位，许多人对任命孔祥熙出任行政院长即便有强烈的不满，多半也只能在私下发发牢骚，并不能改变蒋的决定本身，但这也埋下了不到2年后行政院再度改组，孔祥熙不得不退任副院长的远因。
二、饱受责难:孔祥熙的行政院长之任
全国抗战开始以后，国民党和国民政府的党政军机构几经改组，大体确立了以蒋介石为领导中心的战时指挥统治架构，其运作基本正常，支持了艰苦的战争进程，孔祥熙亦在其中有其贡献，尤其是对战争期间的经济、财政、金融政策及其执行，孔祥熙发挥其专长，对于坚持抗战发挥了他的独特作用。
虽然如此，孔祥熙出任行政院长，却远非众望所归之人。孔祥熙在抗战开始后倾向“主和”，为坚持抗战派所反对;孔治政多年，似未表现出特别精明强干处，却被外界不少人认为有些“庸平”;孔最为人所诟病者，为其长期经商致富，从政后与商界的关系仍说不清道不明，被许多人认为有贪腐之嫌;再加孔为人高调，对亲近下属和自己家人的做派比较放任，不知收敛，更为众所不喜。久而久之，孔祥熙在不少人眼中形成了比较偏向负面的定势形象，自他出任行政院长后，此一负面形象又经众人之口而被不断放大，从而不能不影响到他的执政权威性和公信力。
行政院参事陈克文自抗战开始后便在日记中多次记载了同时期孔祥熙的若干高调“腐败”事实。如在孔祥熙就任行政院长后，将行政院警卫大队的编制从120人遽然提高到500人，年预算从不及2万元遽然提高到近30万元。陈克文感叹:“孔院长时代何以便需要这许多的‘御林军’呢?”另据财政部某高级职员对陈克文“谈财部腐败情形。愤言云，只要孔氏一家，便足亡国而有余。孔氏左右所谓副官随从一类人物不下百余人，彼等气焰比较任何人都可怕。此次由京迁汉，轮船舱位都为此辈及其家属占据，财部职员无敢正视此辈者。途中汽车夫膳费每餐五元，犹嫌无下箸处，谓为不禁此薄遇，推桌毁器，大骂随行之科长，科长亦无如之何”。因为这些事，“现时骂孔者多矣”。
更有甚者，据陈克文所记:“有人传，孔以一切公文交未满十六岁之女儿处理，言下愤极，谓尚未有开苞资格的臭丫头居然处理国事，我们尚何必再做此官耶?外间虽有此传说，但信否未知也。”陈克文此处写下的不过是听到孔祥熙将公务交女儿处理的传闻，信否则存疑。可是几天之后，孔祥熙在就任行政院长后召开的第一次院会中，“其女公子忽入会场陈事。孔指谓出席诸官长云，此我女儿，常为国家服务，翻译电报，代阅公文，未取国家一文报酬，外间竟有许多闲言，真是气人。散会后，众竞以不要钱的女儿为题，传播新闻。不知孔作此语时，亦想及其女儿身上罗绮与口中肥甘，果从何来也。国家设官授职，各有专司，孔氏又何以必须尚未成年之儿女过问公务耶。”这类在其他高级政务官避之唯恐不及的传闻，居然由孔祥熙自己亲口证实，实在是令人哭笑不得，难怪陈克文也感叹不已。不知这是孔出于私心的自大自恋，且以为有蒋之强力支持而无所谓;还是孔当真认为这是出于公心的为国服务，以致对外界之批评如此反感。但无论如何，以孔祥熙的这般认识和作派，位居处理国家日常公务的行政院长这样一人之下万人之上的高层岗位，给国民党和蒋介石带来的负面影响确实远大于正面形象。
此外，孔祥熙的“贪污腐败”也是道路纷传，对其公众形象颇具杀伤力。据陈克文记，他在行政院的同事告他，“最近孔以向美订购飞机之权授其子令侃，所得均速率最劣之旧机，每小时不过二百八十哩以下，航空界大愤，但终无法补救云云。孔常于会中叹云，‘如此中国安得不亡’，自己所做不满人意之事多矣，不知亦念及此言否。”对于孔祥熙在购买军火中的“舞弊”事，王世杰亦有记载谓:“近来中外人士对中央信托局 (孔为董事长) 购买军火，指摘殊甚，谓有不少舞弊情事。宋子文似亦有电告知蒋委员长。孔氏在会议中力为辩护。”对这样的事，知情者中有人考虑到蒋介石对孔祥熙的袒护而出之沉默，但仍有如中央研究院历史语言研究所所长兼北京大学教授傅斯年这样的知名学者，不畏蒋之权威，始则反对孔祥熙担任行政院长，认为这将使“民怨沸腾，群伦失望。似此情形，未知何以策将来?何以定人心?何以固抗战之根本?”继则对在行政院长任上的孔祥熙之作为不以为然，大加抨击，并以长函致蒋，责孔“甚力”。傅斯年还曾联合友人致函蒋介石称:“自才能论之，孔院长未堪行政院长之大任也。……于国家大事只是枝节应付，并无政策。其用人则一由爱憎，罔分贤不肖”;“自信望言之，孔院长实为国人所痛恶也。夫国民之指责孔院长，大体言之，不外纵容其夫人、儿子如何如何敛钱耳。……且孔氏一家生活之奢侈，一门举动之豪华，固不能不蒙物议”;“自用人言之，孔院长未能明识大体也”;“准以孔子礼教，孔院长持身治家至少可谓失检也”;“孔院长之身兼各职，皆不胜任，固为〇〇等之定见，亦为全国之公言。”后来孔祥熙在行政院任上遭遇多次“倒孔”风潮，实为其来有自，傅斯年亦为主力之一。
其实，孔祥熙亦知晓外界对其个人之观感不佳，1938年4月，他致函蒋介石，为自己多有辩护并索性提出辞职，函称:
弟自由欧奉召返国，参加国难工作，倏逾半载。遵命担任行政，亦已四月。初抵汉时，正值前方军事失利，后方极形恐慌，难民流离于途，伤兵到处滋事，救济不及，安置无方，人心浮动，怨言丛生，大局几有不可终日之势。而中央机关之西迁，或川或湘或武汉，办公地点既无一定，负责长官亦多分散，政务更有停顿之虞。为安定后方，镇静人心起见，经竭力设法，约集来汉，乃将中央组织稍事整理，协助地方政府解决伤兵难民问题。嗣我兄以军事繁要，坚辞院务，筹划改革中央行政机构，以谋政院与军会之调整，虽蒙询及刍荛，迄未妄参末议，对于提出改组办法，因而未曾过问。改组之议既定，以人事问题征及于弟，自维材辁任重，本不敢承，故再三辞谢，乃我兄推诚相与，恳切责勉，弟以时值国家艰危，我兄忧劳逾恒，遂不得不暂承其乏，冀我兄专心军事，求取抗战之胜利。所幸抗战初起，中央即有决议，党政军统归我兄领导，而政院诸务，早有成规可循，曹随萧后，自亦不必另有主张，另有政策。惟数月以来，外间或不加察，责弟无主张，无政策，在非常时期，更无特别办法。实则以党治国，一切大计均须取决于党，听命领袖，而抗战时期，最重意志统一，政策一贯，尤不容个人随便发表主张，致涉分歧。……且弟多年以来，即主张为统一政令、集中力量起见，政治军事大权应归我兄一人主持，去岁出国前并有长函向我兄建议，将军委会改组，国防部隶于政院，由我兄以院长兼总长。此次大会 (指国民党临时全国代表大会-作者注) 通过我兄为本党总裁，主持一切，尤与弟之平素主张相同。
目下前方军事好转，党政军权宜即乘时统归我兄总揽，庶几德威普照，军民共仰，指挥便利，策应敏捷，于国家前途及抗战前途裨益实多。弟近来身体多病，精力远逊于昔，前为我兄分劳，应付难局起见，暂任行政，尚能勉强支持，如使长负重责，深惧自误误国，既负我兄推许之意，亦累我兄知人之明。亟盼允卸仔肩，俾得稍事休养，或另畀闲散职务，以便从容效力。倘我兄仍不愿自兼政务，或由岳军代理，亦颇稳妥。至财政一席，子文如能担任，更为驾轻就熟。弟秉性率直，遇事认真，或不免获罪于人。长财数年，幸赖我兄信任，虽有谣谤，均置不理，始能放手做去，即近来稍有成就，亦系我兄指导之力。就积极方面言，因整顿旧税，举办新税，为国库增加数万万元;就消极方面言，因购置消费躬亲核实，为国库亦节省数千万元。均有数字可查。至于改善币制，整理公债，活泼金融，扶助工商，以及废除苛杂，治水防灾，直接间接，无形中为国家所增之富力，想亦有相当之数目。且自信经手事项，公私分明，丝毫不苟，差堪告慰于我兄。过去虽因严厉取缔交易所操纵投机，并在整理公债时期不肯徇情，致受人攻击，发生谣谤，曾经审计部派员秘密查账数月之久。其结果中行方面并未发现错误，财部方面亦只因暂记账为查账者所吹求质询，但该项支出均系奉有我兄手条，先行垫付，待补手续者，已经核对解释，亦无问题。现在厉行预算制度，主计、审计又复组织严密，一切收支必经种种手续，更不待言。
弟去秋在德，乘便诊疗宿疾，时期未满，即奉我兄叠电召归。匆匆返来，又因国难严重，未敢休息。近复忙碌数月，益感精力不及。惟前以国家情景欠佳，未敢提及下忱。今幸行政组织大致妥帖，战事前途又形好转，而财政亦筹有办法。弟之去留，当不致影响大局。现拟提出辞呈，自不能不先商我兄。披沥直陈，敬祈垂察。倘承不以畏难见责，尤为感幸。
此时孔祥熙接任行政院不久，蒋介石对他颇为信任，对他的辞职请求亦无反应，而在孔祥熙，这与其说是辞职，不如说是自我辩白兼“恃宠撒娇”而已，未必是其真心所愿。
然对孔祥熙的批评，却不因战事紧急、政务繁重而稍减。1938年7月国民参政会的成立，为“反孔”和“倒孔”者又提供了公开的出口。参政员中有不少人为社会知名人士兼体制外人士，不屑于孔之作为者甚多，因为不处在政务负责岗位，故对批评亦无什么顾虑，也不太担心孔可能有的报复，更有傅斯年这样的“倒孔”健将，他们在会上放言高论，猛烈“批孔”，使孔祥熙本已不佳的形象更受影响。
1938年7月，在第一届参政会的首次会议中，参政员“对孔庸之长行政院极表不满，而思提案攻击者，此部分人并主张以宋子文代。”“国民参政会特别审查会对孔极表不满，责其不负责，没办法、欠庄重。会后傅斯年言:在此形势下，在外国只有孔辞职或解散参政会!”孔对此虽然恼怒，但碍于会议中的气氛，又不便发作，只能应付，但参政员并不因此而放过孔。据青年党领袖陈启天的回忆:“参政会讨论和询问的问题，多属于行政院的职掌。因此每次参政会开会，总有不少的参政员对行政院长表示不满。不过参政会对行政院长没有弹劾权，也没有不信任投票权，自然无法决定行政院长的去留。只有利用建议权和询问权略略表示意思。然犹恐伤面子，影响团结，所以关于行政院长的个人问题，系用参政员联名函件的形式，秘交政府，而不在参政会内公开提出讨论。”
1938年10月28日，参政会一届二次会议在重庆开幕的当天，孔祥熙“出席报告财政。报告后，参政员中对于政府救国公债办理情形，与外间关于政府将延展烟 (鸦片) 禁之传说，有严重之询问。午后孔约参政会[员]茶会，席间专说笑话，有识者不免腹非。”可见孔内心里对参政员的批评是颇不以为然的，也正因为如此，参政员对孔更为不满。据王世杰记，“傅斯年等二十余人将以私函致送蒋先生，反对孔庸之长行政院。闻彼等已拟就函稿。”“有五十余人联名，致一密缄于蒋委员长，其内容闻系指述孔庸之院长不孚人望，……傅孟真 (傅斯年) 等欲请秘书处转递该函，予 (王世杰) 告以该函既系密封，秘书处不明内容，故不便转递。旋即将该函退回傅孟真。至彼等是否自行投递，则不得而知。”“闭会前，会中讨论今后抗战工作方策，多数人颇不满于孔院长。孔院长在会场中亦悻悻然。”11月9日，孔祥熙在参加最高国防会议时，“以参政会同人颇多表示不满，微露消极之意。”于此可见，外界对于孔祥熙的不满早为孔所感知，他在行政院长任上，确实面对着相当的内外压力。
三、再度易人:孔祥熙辞任行政院长
1938年10月25日武汉失守之后，国民政府首脑机关全部迁移至重庆，战争渐入持久状态，形势又有新的变化。
武汉失守前后，国民党内“和平”声浪又起，“外间盛传和议”。汪精卫、孔祥熙等“均倾向于和平”。不过，“汪、孔虽倾向于结束战事，然因日人表示坚持以蒋先生下野为先决条件，亦不敢公然作议和之主张。”此时蒋介石“对继续抗战方针，持之极坚”。当孔祥熙“表示和议亦当考虑，并以敌人由桂攻黔为可惧为言，蒋先生坚称半年内不可稍涉犹豫，与日人谈妥协”。蒋认为孔祥熙的主张“形同求和，彼犹不知误事，可叹”。
正因为国民党领导层内部存在的和战纷争，以及武汉失守后抗战进入相持阶段的新变化，蒋介石又开始考虑调整并改组中央领导机构，以确保其抗战决策的顺利贯彻。1938年12月18日，国民党副总裁汪精卫自重庆出走越南河内，公开打出“和平”旗号，汪的举动在客观上反而加强了蒋介石因坚持抗战而在国民党内外赢得的地位，并坚定他调整机构、更全面地掌控党政军权力的决心。
1939年1月21日至30日，国民党在重庆召开五届五中全会，会上“有人主张设大本营以容纳行政院及各部会”，但王世杰向蒋介石建议，“此时不宜削减机构，缘日方方谓我渐成‘地方政权’，我不宜为不必要之变更，授敌人以宣传之口实。”结果，“此次中央全会，对于政治机构之改变，只是将原来之国防最高会议，改为国防最高委员会。此会不设副主席，为统一党政军之指挥机关，代行中央政治委员会职权。……实际上国防最高委员会之构成与职权，与原来国防最高会议，初无甚大之差别。”
在调整机构的过程中，孔祥熙的任职也为蒋介石所顾及。蒋介石当然知道孔祥熙的外部形象及其实际作为，也曾在私下抱怨“庸之对外失信可叹”;担心“孔之言行轻重失当，几使人人怨恨，殊为可虑”;“孔对舆情太恶”。在孔祥熙出任行政院长之后，其做派亦不时为蒋所不满，因其“徒有财政，而不注重整个政治，一与商讨财政，彼即愤气怒色相加，凡重要事机皆秘，而惟恐我知道，我亦乐得不知，一任彼之所为，而彼今以你是领袖之言相加，是全将余助他之好意误会，可痛。”但蒋介石与孔祥熙有良好的个人关系，对孔的办事听话更是欣赏备至，孔又是由他提名出任行政院长，因此于情于理，蒋对孔总是比较担待，比较维护，不愿多加责备。所以，对于参政会和国民党内对孔的批评声浪，蒋介石颇为不满，“闻之甚不悦”。参政会一届二次会后，“蒋先生来渝当众训话，公然称赞孔办财政之完善，在此期间已无有能出其右者”，等于是为孔公开站台表示支持。此时的蒋介石，还未有调换孔祥熙任职之意。
但是，蒋介石为孔祥熙的辩护，并不能完全消除外界尤其是参政员对孔的不满，每次参政会开会，孔都成为参政员批评的对象，并且这种批评效应放大到会外，更使孔的任职实际成了国民党的负面资产。1939年2月的参政会一届三次会议，“傅孟真 (傅斯年) 等所提公务员回避法 (暗责孔院长引用亲属) ，罗钧任 (罗文干) 等所提反对以权位为酬庸之具案，为具有批评性。”1939年9月的一届四次会议，“参政员中对孔庸之院长多表不满。此实目前最为一般人注意之问题。”“傅斯年等四十人，将向大会动议。请政府重行考虑财政部部长及行政院院长人选，盖即对孔庸之表示不信任。孔庸之于今日持一自沪来电，出示若干参政员，电中指参政员中有受汪精卫指使者，参政员中对孔益不满。”据翁文灏记:“对孔财政询问案宣读后，蒋起立谓:参政员应知抗战环境，统一后一年余即抗战，实行至今，全靠财政。参政会应平心静气讨论，不宜误会。…… (如此凌厉态度，压制正当询问以护孔，实非领袖所宜出，深为国家前途忧慨!) 孔仍口头答复，语无伦次。”蒋介石也在日记中记载了他对孔祥熙的维护:“会中对财政部长 (孔祥熙) 无理攻击，余乃以正言评判，抗战之功，多在财政，以指示众人，乃无词，政客官僚之无心肝，国难至此，尚以私利私见为重，可叹!”“参政会议如常集会，对行政庸之多所指摘，余再三声辩，痛论攻评之。……闻者之初或以余为过，然而有些政客文人，非此则彼，不知其本分也。”
参政会对孔祥熙的不满，也在国民党内引起呼应，国民党高层中有不少人，或因派系和个人原因，或出于对国民党内外形象之考虑，对孔祥熙的行为做派有异议，连带对蒋介石对孔祥熙的维护亦有不满。王子壮认为:“孔之用人，据一般人批评，确有若干之不当，以其甫及二十之长子，主持关系国家前途重大之贸易信托局，少年得志，凌驾一切，外间且攻击其弊窦丛生，尚有若干事实举发于蒋先生。此事涉国家且为彼之亲属，理宜从严彻查，纠正错误。但蒋先生于到重庆之初，举行纪念周训话之余，盛称孔之办理财政卓有成绩，至外间有若干之攻击，经调查结果，或无其事，或系低级人员之错误，轻轻一句，顿消前失。以蒋先生之聪明，当知派员调查一己亲属之不易，负此调查之责者，岂有不尽力弥缝之理，情节重者诿诸小职员，余则悉予以粉饰。果有此情节，应予重罚，今亦信之，淡焉不理，实非善处事理、振奋人心之道。于此情势之下，果有一二被处罚者，亦将自怨其非当局之至亲而已。处此乱世，信赏必罚，极端重要，蒋先生固屡言之，何行之之不笃耶?”有些国民党高官甚而在私下里讨论过换孔的可能性。陈诚、白崇禧等军方领导人，“原拟联名请蒋先生兼行政院院长，意在对孔表示不满，因程潜不主张用书面条陈，遂作罢。”这些动向也为孔祥熙所知，他曾明白告人:“谓彼意行政院长宜改请蒋先生复任，云云，似感不安。”
国民党内外对孔祥熙的强烈不满，自不能不为蒋介石所关注，衡情度势，蒋也不得不考虑更动孔的职务，以免拖累大局。1939年11月12日，国民党五届六中全会在重庆开幕，蒋介石在会议期间，思前虑后，考虑:“一、财政部应否自兼及其利害如何，其利在集中统一与肃清贪污，整顿财政，其害在业务太多太繁，又恐不能专心整顿，与人口实，对外关系如何;二、子文加入行政院何部;三、减轻庸兄责任，免受冤屈。”但是，蒋又不放心将如此重要的岗位交由别人负责，哪怕是其另一姻亲宋子文，因其个性比较独立，也不能为蒋所放心，最终蒋决定改组行政院，由自己兼院长。会上，“孔氏谦冲为怀，终觉为因应抗战建国需要，仍以由蒋总裁总揽行政，更足使政治军事统一指挥，是以正式向六中全会提议，请选任蒋总裁为行政院长，以期指挥便利，策应敏捷。大会以孔氏提议，情词恳切，理由正大，乃通过选任蒋总裁为行政院长。”行政院副院长张群随之请辞，由孔祥熙任行政院副院长，“辅佐领袖，以亲庶政”。
1939年11月20日，孔祥熙辞任行政院长，由蒋介石担任。蒋之换孔，并非对孔有多少不满，而主要是担心外界对孔的批评于国民党不利，有让孔暂避风头之意，甚至是让孔“免受冤屈”。然事实上，蒋的兼职甚多，行政院事务他实际上也管不过来，孔仍可以副院长的身份，代蒋主管行政院的工作，只是名义上不在头号首长的地位，对于有些批评反可以理直气壮地不理不睬。而以国民党内当时的议论，对孔的任职还是不满意。据王世杰记，五届六中全会闭幕后，在国民党高层的聚会中，蒋介石表示:“行政院各部人选拟均不更动。余 (指王世杰) 殊以为虑，因谓今后最大危机恐在财政、经济，盼蒋先生注意。因在座人众，余遂不便直说财政部人选须更动。”王世杰和国民党中不少人属意的财政主管人选为宋子文，但宋“拒绝担任财政部部长，系因蒋先生不肯解除孔庸之所任中央银行总裁之职。”在参政会，参政员的批评矛头仍然指向孔祥熙。据陈克文回忆:“每一次参政会开会都有攻击老孔的言论，其中傅斯年、周炳琳、钱端升尤为利害。”但是，对于国民党内外对孔祥熙的批评意见，蒋介石并不以为然，孔既不再担任行政院长，蒋也无意再调换孔的职务，孔祥熙因此而稳稳地坐在行政院副院长的坐席上，而对外界的批评毫不理会。
四、余论:蒋孔关系之纠结
孔祥熙此次出任行政院长，前后历时将近2年，是他在国民党当政期间的最高任职。其后孔祥熙担任行政院副院长，直至1945年6月，超过5年半的时间。由于蒋介石在抗战期间的兼职太多，无暇具体负责行政院的事务，因此，孔虽名为副院长，实际却当着行政院的家。可以说，在全国抗战期间，行政院的事务基本是由孔祥熙负责的。甚至当孔祥熙出国时，“若干重要会议以前由孔氏代为主席者，现均躬自为之 (指蒋介石———作者注) ，此盖表示对他人未能十分信任也。”
孔祥熙虽为美国名校毕业，受过西方文化熏陶，但他出身山西票号商人之家，自幼浸染于晋商之家的氛围，受到较多中国传统文化的影响，并且深谙商人精明算计、注重利益之道，处理政治亦如经商，圆滑融通。孔氏字“庸之”，倒也名如其人，如其亲近人所言，“孔氏的性情基本是‘庸’。孔氏自己常说他这个‘庸’是中庸之庸。孔氏待人处事，一本所谓中庸之道，做到适可而止，留余地而不为己甚，留退步而不走极端。……可见孔氏幼而经商，长而从政，更事多，阅人也多，世故深而人情透。”孔祥熙曾对陈布雷说，“财政经济在书生看来甚为复杂，其实很简单，即是生意经而已。彼自称，彼从生意出身，故能领略此道。”陈布雷对此颇不以为然，然孔祥熙以生意经处理政治和人际关系，在国民党内复杂的政治派系和人际纷争中更易立足。尤其是当蒋介石成为国民党内说一不二的独裁领袖之后，孔祥熙认定其为官主政之道即惟蒋是从，对蒋依顺，自然得蒋欢心。如孔的秘书所见:“孔摸透了蒋介石的性格，对蒋极端恭顺，勇于替蒋背黑锅，因而长期取得蒋的信任。”“孔对蒋是百依百顺，从未看到或听说他对蒋的决定有所违拗;侍从室送来许多密封的额外支付命令，孔无不照办。”其实，孔也有其个人的打算与主意，也未必对蒋那么言听计从，但孔多数情况下是做而不说，自行其是，不会像宋子文那样当面不从蒋意，让蒋下不了台。以吴国桢的观察:“蒋形成了一个习惯，那时他从不听与之相左的意见。正由于这点，没有人敢提出自己的建议，周围的人都在揣摩他的心思，所以他们提出的建议，通常是那些被认为最能取悦于蒋的东西。”“孔祥熙绝对如此。”
孔祥熙能长期坐稳行政院的头把和二把交椅，成为国民政府时期任职时间最长的行政院高官 (加上抗战前4年的副院长任职，共计在行政院任职11年有余) ，因素或有若干，但关键在于孔对蒋尽心尽力、惟命是从，蒋对孔亦颇为信任，比较放手。战前，蒋介石认为在“中央散漫无主”之时，“幸庸之不避劳怨，在京主持”。故当孔祥熙“急思尝试”行政院长时，一向看重个人独裁权力的蒋介石却并无责怪，反认为“此亦一道也”。1938年1月，蒋介石终于让孔祥熙过了把院长瘾。
虽然蒋介石明知孔祥熙为政的弱点及外界的反应，但因为孔之听话和个人情感的因素，蒋始终对孔比较宽容，甚而在孔为外界舆论所批评时，蒋还自责自己对孔“现鄙嫌之意与严厉之声，应切戒之”;即便是对孔祥熙下属贩运鸦片谋利这样明显违法之举，蒋的态度也不过是“庸之对鸦片运输事不能遵令停止，以人言藉藉，贪小失大，更为忧闷，故终日郁郁不舒，乃休养不足之过也。”他不是严厉批评孔祥熙放纵下属贩运鸦片，而是责备自己“休养不足”，可见其对孔维护之重。抗战后期，当孔祥熙伙同下属贪污美元公债大案泄露于世，社会各界包括国民党高层对此议论纷纷且多有批评之际，蒋介石仍然拖泥带水，不愿断然处置，最后不过是循正常途径免去孔的职务而已。因此可以说，蒋介石在抗战时期对孔祥熙的信任和重用，其负面影响往往胜过正面效应，对国民党长期稳固执政非但没有助益，反而逐渐成为负担，只是蒋仍固执于其领袖权威，不愿轻易作出改变。国民党元老丁惟汾为此感叹:“抗战日久，困难丛生，弊窦百出，耳目所接，非法不平之事所在多有，社会上反感日滋，的为事实，若一穷究竟，与负责当局均有若干之关系。如蒋先生不以亲属当政，公私犹易分明，谤怨之集，当为稍差。”此乃一针见血之论。虽然国民党始终坚持了抗战，但其政治影响力和政务执行力却明显下降，政治弊端丛生，社会纷扰不已，以至而有战后的迅速失败。追根寻源，与蒋介石的施政不当，任用亲近私人，不能严控下属，都有这样那样的关联，其成败得失，诚可为后人鉴之。
