抗日战争时期，日军在中国的广大地区进行了细菌武器攻击，浙江是遭受日军细菌战危害最为严重的地区，具有危害时间长、波及范围广、细菌种类多、伤亡数量大等特点。危害时间长，从现有材料得知，从1939年六、七月份，萧山、绍兴就受到细菌武器的攻击，一直到抗战胜利，细菌疫魔一直在浙江广大地区肆虐;波及范围广，全省11个市有8个市，即杭州、绍兴、宁波、金华、衢州、丽水、温州、台州约30个县受到细菌武器的攻击;细菌种类多，包括鼠疫、炭疽、霍乱、伤寒(副伤寒)、白喉、痢疾等，尤其是鼠疫、炭疽、霍乱危害更大。伤亡数量大，据不完全统计，死亡人数约6万人，受伤达数十万人。
日本作为1925年在日内瓦签署《关于禁用毒气或类似毒品及细菌方法作战协定书》的签字国，却拒不承担相应的国际法义务，不仅公然违反国际法和人道主义原则，秘密研制细菌武器，还在中国肆意广泛使用。
日本研究细菌武器的始作俑者是毕业于日本京都帝国大学的石井四郎。他在日本军方的支持下，于1932年来到中国哈尔滨，建立细菌部队。1936年，石井被任命为关东军防疫给水部的部队长，这支部队后来又称做731部队。同年，日军又组建了以动植物细菌战为目的的长春100部队。中日战争全面爆发后，日军加快了细菌战部队的组建和细菌武器的研发，1938年，在北平建立了甲字1855部队(北“支那”防疫给水部);1939年，在南京建立荣字1644部队(中“支那”防疫给水部);同年在广州建立了波字8604部队(南“支那”防疫给水部)。另外，普遍在各军设立防疫给水支部，各师团设防疫给水班。还在新加坡建立过细菌战部队。
731部队和荣字1644部队是对浙江实施细菌武器攻击的主要实施者。浙江最早受到细菌武器攻击的是萧山、绍兴，1939年6月，日机在萧山的头蓬、南阳、靖江等地投掷白色絮状毒物;在绍兴的沥海所一带撒放大量白色粉末。感染者有上吐下泻、四肢麻木、抽搐，也有头部肿胀、神志不清，直至死亡。经当地卫生防疫部门化验，为破伤风、白喉、肺炎等杆菌。1940年10月、11月，日军大规模地实施对浙江细菌武器攻击，10月4日、10月27日、11月28日，衢县、宁波、金华先后受到鼠疫菌的攻击，也有个别地方，遭到霍乱菌的攻击。据调查，这次攻击，造成宁波平民死亡有名有姓者133人;而衢县的疫菌因蔓延到许多乡村，疫情没有得到有效控制，到1941年底，衢县县城39条街巷及13个乡镇，死亡人数达到2000人。
衢县鼠疫流行，不但祸及到开化、江山等地，还蔓延到金华地区的义乌、东阳、浦江等地。1941年9月，疫病从衢县传到义乌，10月，又从义乌传到东阳。到1942年2月，义乌因染病死亡400余人，至1942年4月，东阳因染病死亡113人。
日军对浙江实施更大规模细菌武器攻击是在1942年8月浙赣战役之后。使用的细菌武器有鼠疫、霍乱、伤寒、炭疽、痢疾等疫菌。8月下旬开始，日军在沿浙赣铁路撤退之时，沿途撒播疫菌，从江西的玉山、广丰到浙江的常山、开化、江山，再到衢县、龙游，日军在沿线的水井、水塘、食品中投放霍乱、伤寒，也在广大城乡投放炭疽、鼠疫疫菌。更为恶劣的是，日军制作了一批带有伤寒(副伤寒)疫菌的食物，分发给设在衢县中国战俘集中营的3000名战俘食用，然后予以释放，目的就是引发疫病蔓延。此后，金华、丽水、温州地区的汤溪县(今属婺城区)、金华、武义、义乌、兰溪、丽水、云和、松阳、遂昌、永嘉(主要在今鹿城区)等地疫病迅速蔓延。在衢县，鼠疫、霍乱、伤寒、痢疾、炭疽多种疫菌大流行，仅1942年9月至12月的4个月中，患病总人数达2万人，病死3000余人;常山县病死2000人。义乌的崇山村，自10月份有人染上鼠疫后，天天有人死亡，最多的一天死亡20多人，两个月内死亡404人，同时，鼠疫从崇山村蔓延到周围的23个村，共计死亡700多人。在温州，仅鹿城区各种疫菌患者达3609人，死亡613人。为了检验细菌武器的效果，日军还分别在义乌的崇山村、乐清的九房村进行患者活体解剖。1943年至1945年日军投降之前，日军还金华、兰溪、武义、义乌、衢县、常山、开化、江山、丽水、云和、乐清进行细菌武器攻击。
据全省党史部门进行的抗战时期浙江人口伤亡和财产损失课题调研的不完全统计数据，日军细菌武器攻击，造成衢州地区死亡人口为39938人，金华地区死亡人口为4065人，丽水地区死亡人口为5030人，驻武义的国民政府军死亡2393人。
