一、协调广东军政
广东归附中央之后，先是黄慕松主政，余汉谋主军，因黄与余有师生关系，大致尚能协调。1937年3月黄因病去世，蒋先是考虑让宋子文接替，后来选中与广东关系颇深、祖籍中山的吴铁城(生于江西九江)出任，并认为吴、余之间较易协调。但吴在4月上任之后，军政之间“纷歧不断”。先是作为军事主将的余汉谋认为广东是他的地盘，要干预省政。据说吴铁城来粤之前，答应将民政厅长的位子交给余的亲信李煦寰，但结果却是由吴自兼，以后又直接以省主席名义委派郑丰为工业管理处处长，而不征求建设厅长徐景唐的同意。徐是余汉谋的把兄弟，原第四路军的参谋长。对吴这种做法，余汉谋自然十分不满。而实际上，关于广东各厅厅长及省府委员人选，是由吴铁城与蒋反复函电磋商后，由蒋确定任命名单，吴铁城未必完全做得了主。双方的分歧应该是闹到了蒋介石处，故5月30日，蒋介石致电余汉谋，明确告诉他：“关于建设厅与省营事业事，请兄勿加干涉。凡政治事，皆任省府负责主持使粤省行政得上正轨。”(《蒋中正总统档案：事略稿本》第40册，第397页)
吴铁城大革命时期就是广州市公安局长，1932年“一二八”事变时任上海市长，在国民党内的资历和地位高出余汉谋许多，处事可能也有越界之处。在1938年3月4日，蒋介石又专门打电报给吴铁城，让其“推重余汉谋军事权责”：“广东军管区司令与动员委员会事，现情如何?凡军事有关事项，最好由兄自动推重幄奇(注：余汉谋字)权理，以使指挥统一，免致延宕，授人纷歧之口实。”军政之间总要蒋介石亲自出面协调，既是蒋介石的烦心之处，但另一方面，或许也正是蒋介石所乐见的，对于广东这种地方势力一直较为强势的地方，军政完全协调，可能反而不能有效地掌控与牵制。但军政“纷歧”的结果，造成了广东准备对日抗战的工作受到严重干扰，当时即有人讥讽广东的政治是“一国三公”，“军事为余汉谋，庸弱无能，亦因彼之地位非来自功绩而因缘坐大……政治之吴铁城纨绔挥霍，但知纵乐，掌上海市时，以数千万建辉煌之市政府而不做国防工事，即以鉴其妄。财政厅兼市长为曾养甫，勇而无谋，乱而无纪，任意为之，无所顾忌……三面激荡，各不合作，互相掣肘”。(《王子壮日记》第4册，第580页)王世杰也听孙科告诉他，“余汉谋、吴铁城、曾养甫亦不睦，有三头政治之称。”(《王世杰日记》第1册，第408页)到1939年1月，李汉魂回粤接省主席，吴铁城还满腹酸涩地对李说：“我治粤期中，错在‘委曲求全’这四字。我所任命的百余名县长中，真正是我认可的只有12人。”
二、指导对日布防
1938年3月初，蒋介石得到日寇将以8个师进攻闽粤的情报，对其真实性，蒋还在掂量“倭寇调八个师攻闽粤消息是否可能，”蒋怀疑“敌派八个师袭厦攻粤之报似为空气作用，以其无此军队也。”(蒋介石日记，1938年3月8日、9日)但在9日仍下令让余汉谋破坏粤东的公路：“据报敌军动员八个师，在厦门登陆，进攻广东。预料其主力不在沿海一路。务希将潮汕梅县通广州各公路之路基根本破坏，并派定专员，分路负责，彻底实施，必使敌之战车不能活动。对于增援兵力，正在筹备，叶邓各军兵员之补充，务希加紧办理，兵器已提前拨给矣。”蒋还将同样指示发给了福建省主席陈仪，令其破坏“漳厦通赣粤各公路”。3月15日，蒋又指示破坏公路事暂缓：“前电各公路根本破坏一节，请先定计划准备一切，至破坏日期，另行电达，此时暂不实施，如何计划，盼复。”(《蒋中正总统档案：事略稿本》第41册，第271页)
其后，因余汉谋提出为阻断日军在华南登陆后的交通，考虑破坏广九铁路的建议，蒋又指示何应钦对此加以研究。6月7日，蒋介石又电告余汉谋，日军有可能进攻华南：“据报倭决增兵华南，由海丰惠来等处登陆，请注意。”蒋并问余汉谋，防守广东须增派多少兵力，指示其防务要点：“守备广东整个计划至少须增兵几何，希即详告，应以确保广九路与东江为计划之重心为要”。(“蒋中正条谕余汉谋”[1938年6月]，〈革命文献-武汉会战与广州沦陷〉，《蒋中正总统文物》，台北“国史馆”藏，“蒋中正总统档案”)但其间反反复复，广东当局也渐呈疲态，加上其后武汉会战如火如荼，广东成为输出部队的省份，对日备战在客观上呈现出鄂重粤轻的局面。
抗战开始之后，广州屡遭日机轰炸，蒋介石对此也表示了关注，1938年6月6日还发出专电慰问：“敌机狂肆凶虐，对我广州市区商店民房，滥施轰炸，我同胞死伤枕籍，牺牲惨酷。南望粤垣，轸念曷极。如此奇痛深仇，举国同深发指，中正悲愤之忱，更非寻常慰问之词，所能达其万一。对于救护事宜，已饬悉心办理，中央必尽力设法增加广州之空防，誓歼寇敌”。
为帮助广东抵御空袭，8日，蒋介石致电驻美大使王正廷，催询广东托其代购高射机枪事：“粤省前托子文电兄代办高射机枪，已付定金七万余美元，阅时已久，货、款迄均无着，殊失信用。广州近日被敌轰炸惨酷，民众怨望更深，此事究竟如何，务盼严追即复。”6月17日，又电告余汉谋、吴铁城，即派宋子文到广东面商防空问题并致慰问，请广东方面予以接洽。但王正廷在美的活动颇不得要领，据宋子文报告，“儒堂在美朝野间信用扫地，被人轻视……儒堂经手粤高射机枪款，迄尚未还。”(《蒋中正总统档案：事略稿本》第42册，第58页)王正廷企图以在国内通行的贿赂的办法，在美国争取贷款，他让一些人为中国谋求贷款并为此付出大量活动经费，包括他私人的一位商人朋友，这个人在美国财政部进进出出请求贷款，并索取约25万元左右的费用，却未得到任何结果。美国财长摩根索曾对顾维钧说，“中国人的做法是错误的，这样寻求贷款将一分钱也得不到。”故不久国民政府将王正廷免职而代之以胡适。但广东购械之事也就如石沉大海，没了下文。随之是投入长达数月的武汉会战，未见蒋介石及有关当局再有助粤防空的更进一步的措施。
三、设想华南为第二大抗日基地
抗战军兴，对于广东问题，蒋介石时有所及(如蒋介石日记所记：1937年10月25日：“注意：一、团结两广，不惜经费”。12月5日：“下午往汤山对粤军各团长训话，敌军便衣队已接近汤山矣”[此处应是在战事极其紧迫的时刻召见参加淞沪会战、南京保卫战的粤军团以上军官]。12月18日：“注意：一、广东防务”。12月22日：“注意：一、英、美态度渐趋积极;二、英不能信俄;三、倭寇似已允英不攻广州”)。随着日军侵略的日益加剧，究竟应以何处为战略纵深和战略后方，广东在整个战局中处于何种位置?到1938年6月武汉会战前夕，蒋介石作了如下的谋划与考虑：6月11日：“一：研究整个战略，甲.敌如正面攻汉时，应否固守;乙.粤、汉、陕三点以何者为重;丙.敌如粤、汉并攻，或先攻汉不攻粤，则我军应先固粤垣为要着。注意：一.战略既定先粤、次陕，则军队应速作部署、实施计划为要……”6月12日：“注意：一.根据地应粤、川并重，但以川为永久根据地;二.以后兵力之部署，应分川、陕、甘与湘、粤、赣。”(蒋介石日记，1938年6月11日，6月12日)。
在这个预案中，蒋一度将广东放在相当重要的地位，甚至好像重过陕、鄂，而大致以粤、川并重，四川第一。但从广东所处的属于华南沿海的地理位置而言，作为预备战略基地，本来并无优势，蒋介石也有见及此(见后文)，此时所以将之纳入考虑范围，应该是因为靠近香港的特殊作用以及华南地区与英、美的特殊关系。在蒋介石及国民政府高层的眼中，一是广州为海外物资进入国内的重要通道，有十分重要的战略价值，日军如果进攻华南，其主要目的之一，就是要截断中国的这一外援通道，截断广九线、粤汉线，进一步封锁中国，摧毁中国的抗战意志;其二是这一地区攸关英、美、法等西方国家的重要殖民利益，在华南发动攻击，势必对英、美在华南及东南亚的现有地位构成威胁，属于“南进”之重要步骤，有可能引起英、美的积极干预而出现对中国抗战有利的国际形势。
蒋介石真正认为重要的，还是四川等西南地区，10月13日，日军进攻华南之初，蒋介石即提到：“敌既在粤登陆，我应决心持久抗战，使之不能撤兵”;“勿忘三年前以四川为抗战根据地之准备。平汉、粤汉路以东地区抗战至今十五月之久，而敌犹不能占领武汉，则以后抗战必更易为力，敌军侵粤实已达成余第三步之计划矣。”(蒋介石日记，1938年10月13日)。10月17日，蒋介石称，“抗战根据地本定于平汉与粤汉两路以西，非此不能作持久抗战之计。”而当武汉撤守时，蒋又明确宣示：“我国抗战根据，本不在沿江沿海浅狭交通之地带，乃在广大深长之内地，而西部诸省，尤为我抗战之策源地;此为长期抗战根本之方略，亦即我政府始终一贯之政策也。武汉地位，在过去十阅月抗战工作上之重要性，厥为掩护我西部建设之准备，与承接南北交通之运输。故保卫武汉军事，其主要意义原在于阻滞敌军西进，消耗敌军实力，准备后方交通，运积必要武器，迁移我东南与中部之工业，以进行西北西南之建设。盖唯西北西南交通经济建设之发展，始为长期抗战与建国工作坚实之基础;亦唯西北西南交通路线开辟完竣而后，我抗战实力及经济建设所需之物质始得充实，而供给无虞其缺乏。”(《为国军退出武汉告全国国民书》，《总统蒋公思想言论总集》，卷30，第301页)。
正是因为持这样一种态度，在抗战开始后，蒋介石不断从广东调出部队支援其他战场，前后达五六万人。直至日军发动对广州之战前夕，仍有若干蒋介石要求广东调兵到外省增援的记录：
1938年9月9日，蒋介石致电余汉谋，让其再调拨老兵4个团：“前方官兵死伤重大，叶肇部之补充更急，请兄再拨老兵四团，专为叶部补充之用，务希于10日内运到南昌，千祈勿误，盼复。”9月24日，蒋介石又让余汉谋调出部队：“务请吾兄速抽调精良部队两师，至少亦须一师一旅，于本月底起运来汉，千祈勿误，盼立复。”
至10月初，日军已在攻粤途中，蒋介石还两次令余汉谋调部队支援武汉会战，4日，蒋介石限令余汉谋“务希加派一个师运汉增援，以为最后决胜之基础，无论如何，必须照派，并望于本周内全部出发，盼复。中正，支机鄂。”(“蒋中正电余汉谋”[1938年10月4日]，〈领袖指示补编(十三)〉，《蒋中正总统文物》，台北“国史 馆 ”藏 ，《蒋 中 正 总 统 档案》)。次日，余汉谋复电蒋介石，称广东部队先后奉调，数量已逾一半，广东兵力薄弱，若再增派一师支持汉口，将更感空虚，且日军已增兵厦门，广东若有疏失，将为全局之忧，请蒋准予免调。10日，蒋电余汉谋，还是令其调出部队：“最急，广州余主任幄奇兄。覆电悉，无论如何，须加抽一师兵力向武汉增援，如能增此一师，即可确保武汉，否则武汉将失，则粤亦不能幸保。只要武汉能守，则粤必无虑，切盼吾兄不顾一切，勉抽精兵一师，以保全大局，究抽何师，何时可到，盼复。蒋中正手令。蒸机鄂。”(“蒋中正电余汉谋”[1938年10月10日]，〈领袖指示补编(十三)〉，《蒋中正总统文物》，台北“国史馆”藏，《蒋中正总统档案》)。这次是用了“最急”、“手令”等极其加强的用语，蒋为劝说余汉谋同意调兵，已是有点急不择言了，随意许诺，连哄带唬。同时，它也反映了蒋介石中央与这类地方实力派的一种不是完全按命令来强制指挥和调动的关系，还需运用技巧和手段。
