六畜的起源或分布并不局限于中国，是一个世界性难题。动物考古学、驯化地理学、动物遗传学、民族动物学等方面取得了可喜的进展。DNA研究揭示了动物驯化的复杂性，中国学者亦加入了这股研究潮流。
张亚平等对狗、猪、驴等进行了分子遗传学研究，认为猪、狗是东亚本土驯化的，驴肯定来自中亚、西亚或埃及。每一种动物的驯化过程都很复杂，具体的时间和地点还难已确定。大体而言犬和猪的驯化在东亚和西亚均可追溯到近万年，牛和羊西亚早于东亚，鸡则东亚更早，马的最早驯化地是中亚。
六畜驯化传说
古文献中有关六畜传说不少，现摘录几则如下：
《周易·系辞》曰：“古者包牺氏（伏羲氏）之王天下也，仰则观象于天，俯则观法于地，观鸟兽之文与地之宜，近取诸身，远取诸物，于是始作八卦，以通神明之德，以类万物之情。作结绳而为网罟，以畋以渔……”
清代吕抚辑、蔡东藩补辑《历代兴衰演义》（二十四史通俗演义）记：“却说太昊伏羲氏，成纪人也。……身长一丈六尺，首若蛇形。生有圣德，人民感戴，推之为君。……帝居位，上合天心，下合人望。共工、柏皇、朱襄、昊英等诸文武大臣，各秉贤能，分理宇内，而政大治，教民作网罟，捕鱼虾，以瞻民用。又教民养马、牛、羊、鸡、犬、豕六畜，以充庖厨，且以为牺牲……”
地方和民间也有不少六畜驯化传说：
如甘肃省陇东南地区的礼县一带（据一九九九年版《礼县志》记载，礼县在夏朝后商、周时名西犬丘），有本历代誊抄保存下来的《太上慈悲香山宝卷》（以下简称《宝卷》），记载有“太白金星渡鸡”等六畜驯化传说：“由雷公、华胥、伏羲和女娲做出了这一开天辟地的第一次人类的和谐，后来就有了他们的后代妙庄王家族。
《宝卷》说，牛郎原名大椿，他因渡牛有功，被妙庄王外孙女看中，婚配与他。神话中的牛魔王大仙也就是牛王神。在西犬丘国兴盛时期把野牛渡化为家牛的人，所以称他为牛王神，牛王爷。在媳妇沟有媳妇崖景观，上原有仙女石像，现已被人盗走。在媳妇沟口，梁坪村头，那棵传说中为大椿和仙女做媒的大槐树还在，这棵槐树直径3米左右。玉连渡马，太白金星渡鸡，二郎神杨杰渡狗，竹林渡猪等。”
在甘肃天水西山坪大地湾一期文化中，发现距今8000年左右的家鸡遗存，养鸡在我国已经有8000年的历史。依《宝卷》说，早在伏羲女娲时代，居住在秦岭太白山一带的太白族人，救助了人文先祖伏羲、女娲及其族人，后来伏羲“教民养六畜以充庖厨，备为牺牲”，而在这个过程中，太白族人在将鸡驯化为家畜方面作出了重要贡献。后来经过历代传颂，太白族人便被神化为“太白金星”的形象。
马
家马(Equus caballus)的野生祖先主要分布于欧亚草原的西端。乌克兰和哈萨克草原新石器和青铜时代文化遗址中大量马骨的出土显示了从野马到家马的驯化过程。骑马和马车技术可能源于西亚的骑驴和牛车制作技术。波台（Botai）位于哈萨克草原北部，是一处特殊的铜石并用时代（公元前3000-3500年）遗址，出土动物骨骼三十余万块，其中99.9%是马骨。
安东尼等研究表明，这些马主要是用于食用、祭祀（随葬）和骑乘，至少部分是家马。列文认为乘骑必然会导致马脊椎特别是第13-15腰椎变形。她检测了波台遗址出土的41个样本，却没有发现相应的变化；由此推断波台文化的主人是狩猎采集者，以狩猎野马为主，也许兼营小规模的农业。
在东亚多处经科学发掘的遗址中有马齿或马骨出土，是否为家马存在争议，确凿无疑的家马和马车见于商代。中原地区土地肥沃，人口密集，也适合养马，但更适合养猪、牛、鸡、鸭等经济效益高，成本低的家畜。因此没有选择养马之路，而是采用从西方或北方购买方式成本更低，因此中原文化遗址中多见马具而少见马骨。朝鲜半岛和日本列岛古代遗址很少发现马骨，但出土了不少马具，表明历史上骑兵在各个国家曾起过重要作用。
许多研究表明，中国古代马的母系遗传呈现高度多样性，既有本地驯化，也有外来基因交流。我国养马可以上溯到新石器时代，龙山文化遗址中发现有马骨。但也有不同观点。关于中国家马何时何地起源有几种不同看法：一是认为马、马车等从遥远的西方传入；二是认为至迟在新石器时代（公元前9000-6000年），中国人已驯服马和养马；三是认为"在新石器时代末的龙山文化中出现了已家畜化的马"或"在中国养马、驯马和用马的历史,至迟可以追溯到龙山文化时期"。
牛
从河姆渡到兴隆沟，东亚新石器时代遗址中出土的牛骨多为水牛骨骼，不止一种，是家养还是野生存在争议，据今约4000年的甘肃大何庄遗址、秦魏家遗址齐家文化层中出土的黄牛骨骼是典型代表。黄牛与山羊一样经历了大致相同的驯化和传播过程。
羊
山羊和绵羊骨骼经常同时出现在西亚新石器时代遗址中。位于伊拉克和伊朗之间的扎格罗斯（Zagros）山脉及其附近地区可能是山羊和绵羊的最早驯化地。最近对扎格罗斯山脉南端的甘兹·达列赫（Ganj Dareh）和阿里·库什（Ali Kosh）出土的山羊骨骼进行了重新研究，进一步确证西亚大约在一万年前已经放养山羊了。
东亚养羊与西亚相比稍晚出现。数百处经科学发掘的新石器时代遗址中大约有五十处出土过羊骨或陶羊头。早前新石器时代遗存中都没有羊的骨骸。西安半坡的“绵羊”标本很少，不能确定是家羊；河姆渡出土的陶羊头可能表现羚羊，苏门羚（Capricornis sumatraensis）是河姆渡遗址出土的61种动物中唯一的羊亚科动物。
青铜时代遗址中出土的山羊和绵羊骨骼确定是家羊。这说明羊在东亚新石器时代混合农业经济中所占比重不大。进入青铜时代后，从新疆到中原羊的数量明显增多。在齐家文化和殷墟遗址中均有完整的羊骨骼出土。羊在青铜时代人们经济生活和精神生活中的地位明显增高。商代西北羌人以养羊为业；周代中原养羊亦蔚然成风。《诗·小雅·无羊》：“谁谓尔无羊，三百维群。…尔羊来思，其角濈濈。”
山羊和绵羊的驯化不仅是考古学亦是分子遗传学研究的难题。山羊和绵羊是不同的物种，在驯化的初期就表现出明显的多样性，都是由至少两个亚种分别驯化而来。欧洲，非洲，南亚和中亚的绵羊和山羊可能来源于西亚。
根据mtNDA山羊可分为四系，A系很可能源于西亚，B系源于巴基斯坦；A、B两系占主流；C、D两系罕见。土耳其、巴基斯坦和印度、老挝山羊都表现出了丰富的遗传多样性。通过对13个品种183只山羊完整mtDNA D-loop研究表明中国山羊亦可分为四系，A系占主流，B系次之，C、D两系仅见于西藏。有人在B系中发现了一个东亚特色的分支，并由此推断中国西南地区亦可能是B系山羊的起源地之一。韩国养羊已有2000余年的历史，山羊具有相对单纯的遗传特性，均属于A系。
现在世界上的绵羊品种多达1400余个，Y染色体研究表明至少可分为两个不同的亚种。mtDNA研究发现西亚绵羊可分为三个亚种，其具体驯化过程比以前想象的还要复杂。这三个亚种的绵羊在中国均有分布，通过对东亚13个地区19个品种449只“本土”绵羊的mtDNA研究没有发现独特的遗传标志，支持东亚绵羊像欧洲绵羊一样来自中亚或西亚。东北亚地区是东胡或东夷故地，“无羊少马”。朝鲜半岛、日本列岛养羊业一直不发达。
没有发现东亚绵羊与欧洲绵羊有明显不同，西亚及其附近地区如巴基斯坦被公认为山羊或绵羊的原始驯化地或次级驯化中心。也有人在中国绵羊中发现了新的母系基因，并提出中国绵羊起源的新看法。二里头遗址绵羊骨骼mtDNA分析表明与小尾寒羊、湖羊、蒙古羊、同羊相同，均属于A系；盘羊、羱羊并不是中国藏系绵羊和蒙古系绵羊的祖先。分子遗传学亦不支持东亚特别是中原、东北亚作为山羊或绵羊的起源地。但也仍存在争议。
新石器时代羊主要是食用，青铜时代羊毛日显重要。进入青铜时代之后，西亚一些遗址中的纺轮逐渐增多，剥皮工具却有所减少；山羊和绵羊的比例亦发生了相应的变化。这意味着羊毛逐渐成了重要纺织或编织原料。大约公元前1000年西亚发明了铁制羊毛剪，加速了对羊毛的开发利用。
巴比伦帝国羊毛、谷物、油并立为三大物产；古希腊亦以绵羊、油橄榄、小麦为主要产品。羊是财富的象征，羊毛被称之为软黄金；金羊毛故事广为流传。东亚较早利用羊毛制品的是北方或西北游牧民。新疆出土青铜时代毛制品，与中亚毛纺织传统一脉相承，特别是其中的斜纹织物（Twill）至今在欧洲流行。中国以丝绸和布衣著称，羊毛衫、毛裤到二十世纪才普及。
猪
养猪是东亚定居农业生活的传统，无“豕”不成“家”。南起甑皮岩北到兴隆洼，西自仰韶东到龙山，东亚新石器时代主要文化遗址中几乎均有猪骨出土。用猪或猪下颌骨陪葬不仅具有宗教意义，亦是财富和政治权威的象征，说明猪在东亚居民物质生活和精神世界中均占有极重要的地位。猪骨和玉器一样是东亚新石器时代最宝贵的陪葬物品，红山文化玉猪龙和凌家滩文化玉猪合二为一达到了出神入化的境界。这种格局到青铜时代才改变：青铜礼器和马分别取代或部分取代了玉器和猪的地位。
野猪(Sus scrofa)与粟一样广泛分布于欧亚大陆及其附近岛屿，遗传学研究表明欧洲和东亚家猪有明显的不同，分别起源于西亚和东亚，欧洲和南亚亦可能是家猪的起源地之一。西亚是公认的家猪起源地。东亚家猪源于东亚野猪，但具体的时间和地点还难以确定。通过来自中国、东南亚、印度的567只家猪和155只野猪的mtDNA研究表明东亚家猪和野家可追溯到同一世系D，其中包含多个支系D2、D3、D4、D1b和D1a2；根据系统发育地理图可推断湄公河流域是驯化中心，然后分别向西北和东北方向分布。
桂林甑皮岩遗址出土的猪骨骼有争议。李有恒等认为不太可能是狩猎的结果。野猪也是可以牧养的，甑皮岩的猪可能是驯化初期的猪。兴隆洼人猪合葬意味深长，野猪特征明显，可能也是正在驯化中的动物。新石器时代人类陪葬或祭祀一般用家畜，绝少用野兽。跨湖桥遗址出土动物骨骼部分被确认为是家猪，也是中国最早的家猪实例之一。大约八千年前磁山文化遗址出土的猪骨可以确定是家猪。日本和朝鲜半岛亦有野猪分布，与家猪亲缘关系密切。考古发现和历史记载均表明东亚诸民族具有养猪的传统。
狗
狗被认为是人类最早驯化的动物。家狗源于野狼已经得到公认，但驯化的时间和地点仍在争论推测中。Savolainen和张卫平等通过对世界范围内654只家狗的mtDNA研究发现其中95%可归为三群，而东亚狗表现出更大的遗传多样性；由此推断家狗源于大约15000年的东亚。作为旁证有人发现新大陆和澳洲的狗源于东亚或旧大陆。
另外一群科学家用类似的方法发现犬与东南欧狼有亲缘关系，并且推断至少欧洲犬起源于欧洲狼；有12000－17000年的化石作为证明，支持犬狗的多地区独立起源说。通过来自欧洲、西南亚、西伯利亚、东亚、非洲和美洲的10只公狗Y染色体研究表明世界上的犬源于至少五个不同的狼群。狗有丰富的遗传多样性，分布异常广泛，还可以和狼回交，不大可能起源于一时一地。青铜时代以来欧亚大陆中、西部的犬跟随印欧人进入了东亚，因此现代东亚犬或狗表现出更丰富的遗传多样性。
河北省徐水县南庄头、武安磁山，河南省新郑裴李岗、舞阳贾湖，浙江省余姚河姆渡，陕西省西安半坡等新石器时代遗址中都出土过狗的骨骼或陶狗。舞阳贾湖已有龟、犬陪葬，大汶口、龙山文化中犬与龟陪葬普遍，形成了一种独特的文化现象。太平洋沿岸地区流行龟祭和犬祭风俗。
鸡
中国可能是世界上最早养鸡的国家。江西万年仙人洞和陕西半坡遗址中发现了原鸡的遗骨，说明原鸡在长江和黄河流域都有分布。河北省武安磁山、河南省新郑裴李岗、山东滕县北辛遗址等有鸡骨出土，可能是家鸡，是目前世界最早记录。仰韶文化和龙山文化遗址中常有鸡骨或陶鸡出土，鸡可能是唯一家禽。甲骨文有鸡字，为“鸟”旁加“奚”的形声字；殷墟发现有作为牺牲的鸡骨架，鸡为六畜之一。
家鸡（Gallus domesticus）源于红原鸡（Gallus gullus）。红原鸡分布于中国、印度、缅甸、菲律宾等国家。达尔文提出家鸡是由红原鸡驯化而来，这已被线粒体DNA研究证实。一般认为西亚或西方家鸡源于印度河流域哈拉帕文化（2500-2100 B.C.）。印度和中国不约而同地驯养鸡是可能的。
2004年多国科学家公布了红原鸡基因组图谱：鸡的基因组规模相对较小，相当于人类的1/3；基因总数却相近，为2-2.3万个，有60%的基因相同。将红原鸡与肉鸡、蛋鸡和中国乌鸡的基因组对比发现家鸡并不像人们以为的那样严重地近亲繁殖，有较大的遗传多样性。
猪、狗、鸡和人一样是杂食动物，特别容易和人类建立亲密关系。它们的驯化与人类的自我驯化大体同步，也就是说人类在驯化它们的过程中完成了自我驯化。有了这些畜禽人类才逐渐放弃狩猎采集，进入生产经济时代。
鸡为“五德之禽”。《韩诗外传》云鸡头有冠，是文德；足有距能斗，是武德；敌前敢拼，是勇德；有食呼同类，是仁德；守夜报晓，是信德。东亚民间将鸡视为吉祥物，可以避邪除害。老子的理想世界是“鸡犬之声相闻”，没有鸡狗难成家。“一人得道，鸡犬升天”，鸡、狗和人的关系异常密切。
孟子的治国方略是：“五亩之宅，树之以桑，五十者可以衣帛矣。鸡豚狗彘之畜，无失其时，七十者可以食肉矣。百亩之田，勿夺其时，数口之家可以无饥矣。”“鸡豕狗彘”或“鸡狗猪彘”与东亚定居农业生活方式密不可分。
