今年是中日邦交正常化40周年和“中日国民交流友好年”。在这样一个重要年份，却传出日本一些政客否认南京大屠杀历史的消息。例如，在2012年2月20日，日本爱知县名古屋市长河村隆之与到访的南京市政府官员举行会谈，在提及日军“南京大屠杀”时，竟说：“的确存在常规的战斗行为，但我认为南京（大屠杀）事件并未发生过。”河村隆之说，在1945年战争结束时，他的父亲就在南京，“虽然当时事件过去近8年时间，但南京人却对我父亲很好”。他以此证明“南京大屠杀是不存在的”。他甚至狂妄地宣称：“中国一直说是30万南京平民被屠杀，纠正历史认识是我的使命。”
其实，否定南京大屠杀，否定日本侵华史，是从战时日本当局，到战后的日本右翼学者与政客，一以贯之的政治宣传和喧嚣，背后隐藏着他们险恶的政治用心和蛊惑人心、颠倒是非的目的。中国人民与世界上主持正义的人士为了维护历史的真实与人类的正义，与他们进行了长期的斗争。
战时日本当局对南京大屠杀的封锁、掩盖与粉饰
1937年12月13日，侵华日军占领南京后，立即对手无寸铁的民众与放下武器的战俘进行疯狂的血腥屠杀，伴之以抢劫、强奸、焚烧。日军的恐怖暴行延续了6周，杀害中国军民达30万人。南京成了一座人间的“活地狱”。震惊中外的“南京大屠杀”事件是日本军国主义侵华战争中最具代表性与典型性的暴行之一，是世界文明史上最黑暗的一页。
日军在开始有计划的血腥大屠杀的同时，也开始了有计划的对南京严密的新闻封锁。他们首先将南京城内的中国新闻传媒机构扫荡一空，破坏殆尽，并立即切断了南京与外界的所有电讯联系。日军当局还严禁一切中外人员，包括外国新闻记者，进出南京，即既不让任何人离开南京，更不容许任何人进入南京。这段时间，南京成了全世界新闻视野以外的一个被隔绝、被孤立、被封闭的城市。全世界的新闻传媒，包括西方的与中国的，都得不到关于南京的任何一点真实信息。因此，对当时正在南京发生的日军对中国战俘与平民实施大规模血腥屠杀的情况，中外新闻传媒都不能做一点报道，或者只有十分模糊的片言只字。
日军当局只允许日本随军记者采访与报道有关南京沦陷后的情况。全世界所能得到的，只能是经过日本当局严格审查过、由日本新闻传媒记者发出的“南京获得新生”、“南京一片祥和”、“南京人民喜迎解放、感激皇军恩德”的消息。
日本随军记者中的大多数人，因长期受到日本当局的思想灌输，早就丧失了人类起码的良知，具备了日本军国主义者的一切思想特征与行为特征，是日本当局侵华与屠杀恐怖政策的热烈拥护者与宣传鼓动者。当日军占领南京后实施血腥的大屠杀时，他们自觉地充当了恶魔的辩护士与粉饰工，精心制造与发布各种虚假的消息，连篇累牍地写下与拍发出一篇篇捏造南京“祥和”景象、南京市民感激日军“恩德”、掩盖与粉饰日军大屠杀暴行的电讯、特稿与新闻照片，刊登在日本各新闻传媒上。
例如，1937年12月22日，《东京朝日新闻》用了半个版面，刊登反映日军占领下的南京状况的专题照片，标题为《对昨日之温情——南京城内的亲善情景》。照片共5幅，是该社特派记者河村于12月20日在南京拍摄的。第一幅照片题为《接受治疗的中国伤兵》，内容是在一家医院里，日军的军医和护士正在为中国伤兵诊断和治疗。第三幅照片题为《炮声停止后南京城内的亲善情景》，内容是正在和中国摊贩打趣的日本兵，一派与战前没有什么区别的热闹的南京街头景象。
再例如，在1937年12月30日，《东京朝日新闻》晨报刊登反映日军占领下的南京状况的专题照片，内容是戴着红十字会袖章的日军卫生班成员在原外交部大楼的医院里，为收容的中国伤兵、俘虏进行治疗与看护的情景。
1938年1月8日，日本特务机关在上海创办的中文《新申报》上刊登一则从南京发出的新闻通讯，题为《日本军亲切关怀难民，南京充满和睦气氛》，宣称：“南京市的的街道依然沉寂。慈和的阳光照耀着城市西北角的难民区。从死里逃生的南京难民，现在已经受到皇军的抚慰。他们跪拜道旁，感激涕零。在皇军入城以前，他们备受中国反日军队的压迫，生病的人没有医药上的帮助，饥饿的人不能够取得一米一粟，良民的痛苦，无以复加。幸而皇军现已入城，伸出慈悲之手，散播恩惠之露……”德国侨民拉贝在日记中对这篇报道愤怒地斥责道：“这篇文章是一个彻头彻尾、荒谬绝伦的无耻谎言，其造谣手段已达登峰造极的地步。”
日本随军记者凭空捏造的南京虚假报道却符合与迎合了日本当局的政策与需要，因为它可以掩盖、抵赖日军南京大屠杀的凶残、丑恶与罪孽深重，可以进一步欺骗中国人民、世界人民也包括日本人民。因而这些报道在日本各大小报刊上大登特登，几乎控制了报纸的全部版面，成为当时日本新闻传媒的主流舆论。这些虚假报道产生了一定作用，特别是使得广大日本民众一直对南京大屠杀这一惊天血案一无所知，一直被蒙在鼓里。
但是，世界上没有不透风的墙，不管日方当局如何封锁，关于日军南京大屠杀的消息还是由西方各界人士通过不同途径报道了出去。首先是5位冒着生命危险留在南京进行采访的西方新闻记者，亲眼目睹了日军在南京烧杀淫掠的无数战争暴行，震惊，痛苦，却又无能为力。他们只能以记者的职业本能，立即记录下这些他们目睹的血淋淋的事实，分别在《纽约时报》、《芝加哥每日新闻》、美联社、路透社等媒体上进行了揭露。随即英国《每日电讯》、苏联《真理报》等也相继作了报道。
在国外新闻媒体揭露日军暴行的同时，中国国内的《大公报》、《申报》、《中央日报》、《新华日报》等，也对日军在南京的暴行进行了大量的揭露和报道，仅中共《新华日报》自1938年1月至5月间，报道日军在南京暴行的新闻就有10余篇。
接着，留驻南京的西方侨民把亲眼目睹的暴行详细而真实地记录下来，用书信、日记等方式，向世界揭露。1938年3月，英国《曼彻斯特导报》驻华记者田伯烈（Harold John Timperley）把这些资料汇编成What War Means： The Japanese Terror in China（《战争意味什么：日军在华暴行》），在许多国家出版`。此书的中译文版《外人目睹中之日军暴行》于1938年7月由汉口民国出版社出版发行，郭沫若为此书写了序言。他说：“……这儿不仅横溢着人类的同情，这儿更高涨着正义的呼声。”
留在南京的南京安全区国际委员会委员、国际红十字会南京分会主席马吉牧师，用一架16毫米的摄影机，冒着生命危险，极其隐秘地将日军在南京的暴行拍摄下来。南京安全区国际委员会副总干事费奇把马吉牧师的胶片从南京秘密带到上海，并在那里制作了4部拷贝，一部送给德国外交官罗森，一部送给英国传教士，一部带回美国，一部留在中国。它向世界揭露了日军暴行。这部影片1991年在美国被重新发现，成为留存至今的当年现场拍摄的南京大屠杀的动态画面。
南京难民中有一些九死一生逃出血城的大屠杀幸存者，以自己的血泪，以自己的亲身经历和亲眼目睹的日军暴行，用日记、纪实等形式，向国内外控诉了日军的暴行，如郭歧的《陷都血泪录》、蒋公榖的《陷京三月记》、李克痕的《沦京五月记》、范式之的《敌蹂躏下的南京》等等，在中外各地出版、发表、流传。
在这同时，南京安全区国际委员会委员、金陵大学美籍教授史迈士及其助手根据调查资料编写成《南京战祸写真》；燕京大学教授徐淑希根据南京安全区国际委员会的资料，编纂成《南京安全区档案》一书。1938年1月初先后回到南京的一些西方国家外交使节也向各国政府报告了南京的情况。这些著作，这些报道、书信、报告,以铁的事实揭露了日军南京大屠杀暴行的真相，引起了正义舆论对日军侵华暴行的强烈谴责，也揭穿了日本新闻报道的谎言，宣告了日本军国主义当局千方百计封锁、掩盖和粉饰日军南京大屠杀暴行的失败。
“远东国际军事法庭”上围绕南京大屠杀的争辩
1945年8月15日，在中国人民和世界人民的打击下，日本被迫宣布无条件投降。
在欢庆胜利的日子里，中国人民没有忘记日本侵华战争多年来给中国带来的巨大苦难，更没有忘记南京大屠杀！对日本战争罪犯的种种罪行，其中包括南京大屠杀的罪行，必须进行清算！只有这样才能告慰无数的遇难者同胞，才能给过去的历史作一正确的总结。
1945年12月6日，中、美、英、苏四国外长在莫斯科举行会议，决定在东京设立“远东国际军事法庭”，审判日本战犯。1946年1月19日，远东盟军最高统帅麦克阿瑟发布特别通告，命令在东京设立“远东国际军事法庭”，以便“审理犯有破坏和平罪及包括破坏和平罪在内的个人、团体成员以及兼有此双重资格而被起诉者”。同时，盟军最高统帅批准《远东国际军事法庭宪章》。远东国际军事法庭的法官与检察官由中、美、英、苏、澳、印、荷、菲等盟国所派遣人员组成。
1946年2月7日，中国检察官向哲浚与助理检察官裘劭恒受中国政府委派，来到东京，参加远东国际军事法庭对日本战犯的起诉与审判。他们立即向国际检察局递交了中国政府认定的11人战犯名单，其中就有南京大屠杀的罪魁祸首松井石根、谷寿夫等人。1946年3月20日，中国法官梅汝璈受中国政府委派，从上海飞抵东京，就任远东国际军事法庭的法官。
由于日本发动侵华战争与太平洋战争，历时多年，罪行累累，战犯人数众多。盟国议定，将所有日本战犯按罪行轻重程度分为甲、乙、丙三级。甲级战犯是指从整体和全局策划、发动和执行侵略的罪犯；乙级战犯是指违反战争法规的现地责任者，即犯违反人道罪；丙级战犯是指违反战争法规的直接执行者，即犯直接责任罪。盟国议定，将甲级战犯交东京“远东国际军事法庭”审判；将乙、丙级战犯交由罪行发生所在国家的军事法庭审判。
经过各国检察官与助手们的通力合作，起诉书的撰写工作终于在1946年4月28日全部完成。起诉书最终确定了共28名日本甲级战犯被告，其中有日本前首相东条英机、平沼骐一郎、小矶国昭，指挥进攻南京与南京大屠杀的日“华中方面军”司令官松井石根，参与指挥进攻南京与南京大屠杀的日“华中方面军”副参谋长武藤章，参与进攻南京与南京大屠杀的日“华中方面军”第十军野战重炮兵第六旅团第十三联队联队长桥本欣五郎等。
1946年4月29日， 东京“远东国际军事法庭”首席检察官季南（Joseph B Keenan）正式向法庭递交了起诉书，对东条英机、松井石根等28名日本甲级战犯提起公诉，诉讼理由包括三类55项：第一类“破坏和平罪”，罪状第1-36项；第二类“杀人罪”，罪状第37-52项；第三类“其他普通战争罪及违反人道罪”，罪状第53-55项。1946年5月3日上午8时42分，东京“远东国际军事法庭”对日本甲级战犯共28人正式开庭审理。5月3日、4日，由检察方面朗读起诉书；从6月3日开始，到1947年1月24日，由检察方面提出证据和陈述。日本战犯的丧钟开始敲响！
由于“远东国际军事法庭”的审判采用英美法系，允许控、辩双方当庭辩驳，对证据的要求特别严格。日方组成了112人之众的“律师辩护团”为日本战犯进行辩护。
南京大屠杀是日本侵华战争与第二次世界大战中最重大、最血腥野蛮的战争暴行，东京“远东国际军事法庭”对其审判格外重视。为查清南京大屠杀事实真相，东京“远东国际军事法庭”专门设立了一个独立的单元进行法庭调查。“远东国际军事法庭”的首席检察官季南为了获得足够的有力证据，在审讯前期，于1946年5月30日下令，派遣美国检察官大卫·纳尔逊·萨顿（David Nelson Sutton）、中国检察官助理裘劭恒等人，专程前往南京，为南京大屠杀案的审判实地取证。1946年6月4日，萨顿一行到达南京。他们得到了中国政府与南京民众的大力支持与帮助。萨顿一行在南京会见了中国政府行政院副院长翁文灏等有关官员，找到了多名南京大屠杀的幸存者及中外目击者。萨顿一行在南京获得了大量的人证与物证。1946年6月8日，他们带着南京大屠杀的幸存者代表尚德义、伍长德、陈福宝，以及南京大屠杀的目击者代表、金陵大学历史系美籍教授贝德士（Miner Searle Bates）、南京基督教青年会秘书长乔治·费奇（George Ashmore Fitch）、红十字会南京分会会长许传音等人，于6月12日飞回东京。不久，南京鼓楼医院的美籍医生威尔逊、南京德胜教堂美籍牧师马吉也作为南京大屠杀的证人，应召前往东京。
1946年7月下旬，“远东国际军事法庭”开庭审理南京大屠杀案，由检察方面提出与宣读了多项书面证据。南京的受害居民、南京大屠杀的幸存者与战时驻南京的西方侨民的代表以证人的身份到法庭上作证。
“远东国际军事法庭”在对南京大屠杀案进行调查与审讯期间，还依法对日方证人多田俊、桥本欣五郎、伊藤信文等进行了调查与质证，听取了被告松井石根、武藤章的证词与回答质证，以及被告证人中村三夫、饭沼守、冈田尚、日高信六郎等的证词与回答质证。
在东京“远东国际军事法庭”对日本甲级战犯审判的同时，中国国民政府依据盟国发布的一系列宣言、决定、通告的精神，特别是《波茨坦公告》的原则，在南京等地成立“审判战犯军事法庭”，开展对日本乙、丙级战犯的调查与审判工作。无疑，南京“审判战犯军事法庭”审理的案件中，以对指挥南京大屠杀案的乙级罪犯、日军第六师团长谷寿夫和在南京进行杀人比赛的野田毅、向井敏明以及田中军吉这三名丙级战犯的审理，最为引人注目，也最为重要。南京“审判战犯军事法庭”进行了认真调查与依法审理，作出庄严的判决，严正指出：“日本军阀以我首都为抗战中心，遂纠集其精锐而凶残之第六师团谷寿夫部队、第十六师团中岛部队、第十八师团牛岛部队、第一一四师团末松部队等，在松井石根大将指挥之下，合力会攻，并以遭遇我军坚强抵抗，忿恨之余，乃于城陷后，作有计划之屠杀，以示报复。由谷寿夫所率之第六师团任前锋，于二十六年十二月十二日（即农历十一月十日）傍晚，攻陷中华门，先头部队用绳索攀垣而入，即开始屠杀。翌晨复率大军进城，与中岛、牛岛、末松等部队，分窜京市各区，展开大规模屠杀，继以焚烧奸掠。”法庭查证：日军在南京大屠杀中，大规模集体屠杀有28案，屠杀19万多人；零星屠杀有858案，屠杀约15万多人，“被害总数达三十万人以上”。南京“审判战犯军事法庭”依法判决谷寿夫等罪犯死刑。
与南京“审判战犯军事法庭”对南京大屠杀案的审判相比，东京“远东国际军事法庭”则历时更长。在审判中，罪犯松井石根等人进行了无耻的诡辩，拒不认罪。他竟把日本的侵华战争说成是“兄弟之争”，是“哥哥教训不听话的弟弟”，是“爱的战争”等。他说：“我总是坚信中日两国之间的冲突是所谓‘亚洲家庭’兄弟间的争吵。……这就像是兄长在长时间忍耐后痛打其年轻而又桀骜不驯的弟弟一样。这一行动是使中国恢复理智，不是出于仇恨而是出于爱。”对于他指挥的南京大屠杀，他则声称：“尽管我在南京之战中小心谨慎，但在当时忙乱的情况下，可能有一些冲动的官兵干了一些令人不愉快的暴行。事后，对于听说的士兵的不良行为我感到非常遗憾和难过。攻占南京时，我正卧病在140英里外的苏州，根本不知道士兵违背我的命令所犯下的这些暴行，也没听到任何有关的报告。”他攻击法庭检察官对他的起诉与证人对他的控诉，说：“我对于起诉方文件中所说的‘南京之战中的有计划的屠杀’之说不敢苟同。很显然，文件中所说的‘关于日军下令，并放任屠杀的行为’只能是诽谤。”松井石根的这些诡辩与推脱不堪一驳，甚至成为笑料和他新的罪状。而日方的辩护律师有许多人明确知道历史真相，因而几乎没有做出什么像样的辩护。如辩护律师泷川政次郎，战时在北平就听说了南京大屠杀，他在1938年夏到南京时，特地坐黄包车在市区内兜了一圈，时间已过去半年，南京市内依然随处是被烧毁的民房。黄包车夫告诉他，这都是日本兵烧的。车夫还说，南京市的女人几乎都被强暴过。所以，日方辩护律师们采取的方式是，放弃对日军暴行的辩护，而把重点放在作为方面军最高指挥官的松井石根大将应不应该为部下的行为负责、以及负责到何种程度上。日本辩护方提出的物证，是当时由西方侨民设立的“安全区国际委员会”写给日军的“感谢信”，内容是感谢他们没有炮击难民区，以及赠给为难民区运送粮食的日本兵个人的礼物。这几份证据无法推翻控方提出的日军南京大屠杀的大量证人和证词。
在审判期间，日本的报纸遵照占领军最高司令部（GHQ）的指示，几乎每天都以当时只有4个版面的一半左右来报道东京审判。绝大多数日本人是通过这次审判，才知道了那场以天皇制下的军阀为中心，财阀、官僚、媒体和右翼一起操作的战争到底是怎么回事，知道了南京大屠杀，知道了日本侵略军的残暴。东京审判允许一般人旁听。审判开始后，每周一般有1500名日本人和450名盟国人士参加旁听，而在法庭开始审理南京大屠杀案件时，参加旁听的日本人增加到了2000人以上，这说明了日本人对该事件的关心程度。从日本人的立场来说，他们很希望能够推翻检察方的指控，但事实使很多日本人失望。
东京“远东国际军事法庭”经两年多时间开庭审问与调查后，于1948年11月4日，由“远东国际军事法庭”庭长韦勃宣读了长达1218页的判决书，列数了日本战犯在南京及在中国和亚洲其它地方犯下的战争罪行，对日本军国主义的侵略战争罪行作出了庄严的判决。其中，对日军南京大屠杀罪行的判决是：“在占领后的第一个月中，南京市内发生了两万起左右的强奸事件……纵火行为持续了六个星期，三分之一的南京因此变成废墟……在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达二十万人以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明了。根据这些团体的报告说，尸体大多数是被反绑着两手的。这个数字还没有将被日军抛尸入江，或以其他方式处理的尸体计算在内。”“远东国际军事法庭”于这一天判决东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、木村兵大郎，以及南京大屠杀的罪魁祸首松井石根、武藤章以死刑，于1948年12月22日在东京巢鸭监狱将他们执行绞刑。远东国际军事法庭从国际法的高度，确认了侵华日军南京大屠杀的罪行。
东京“远东国际军事法庭”与南京“审判战犯军事法庭”对南京大屠杀案的审判，代表了中国人民和世界人民的意愿，平抑了无数的中国死难者与幸存者的冤愤之气，具有不容置疑的正义性和权威性。它们用法律的形式，将日本法西斯战争罪犯永远钉在了历史的耻辱柱上。经严格的审判所确认的日军南京大屠杀，杀害中国已放下武器的战俘与手无寸铁的平民30万人以上，成为历史的铁案。
20世纪70年代以后日本右翼人士否定南京大屠杀的言论
应该指出，东京“远东国际军事法庭”对日本战犯的审判是不彻底的，尤其是对日本军国主义发动侵华战争的各项罪行没有进行应有的清算与批判。这就给后来日本右翼势力的翻案活动以可乘之机。
由于以上的原因，以及战后苏联和西方两个阵营的冷战局面的形成等其他种种原因，战后数十年来，日本右翼势力一直对“远东国际军事法庭”对日本战犯的判决，尤其是对法庭关于日军南京大屠杀罪行的宣判，进行攻击与诽谤。南京大屠杀的血泪历史在日本国内被刻意封锁和淡化，直至20世纪60年代末，有关南京大屠杀的内容仍是日本新闻出版界的禁忌。
南京大屠杀在日本被重新提出来，是在1967年。这年，日本进步人士新岛良友在访问南京后，首次发表了几篇关于南京大屠杀的文章。之后，早稻田大学洞富雄教授编著了《近代战史之谜》，其中用了很大篇幅介绍南京大屠杀事件。从1971年6月开始，《朝日新闻》著名记者本多胜一访问中国，对遭受日军暴行的地区和幸存者进行了采访，收集了许多档案资料和照片，回国后出版了《中国之旅》，并在《朝日新闻》连载，里面10次提到南京大屠杀，引起了日本国民的注意。这部报告文学在发行单行本之后，10年内重印了26次，成为长期畅销书。以洞富雄教授为代表的一部分学者在1984年组成了“南京事件调查研究会”，开始具体调查南京大屠杀事件。洞富雄教授关于南京大屠杀的新作《南京事件》和两卷南京大屠杀资料集出版。至此，南京大屠杀事件的真相引起了日本广大国民的重视。
洞富雄、藤原彰、本多胜一、笠原十九司、井上久士、吉田裕等所代表的群体，被人称为“大屠杀派”或“肯定派”。他们尊重历史、揭露南京大屠杀真相、维护日中友好，与右翼分子进行了不屈不挠的斗争。洞富雄继《近代战史之谜》、《南京大屠杀（决定版）》之后，又推出了《南京大屠杀之证明》等一系列很有影响的著作。藤原彰在他的《南京大屠杀》一书中，则特别强调指出，日军在南京屠杀放下武器的中国士兵是违反国际法和人道主义原则的。他严厉批评了日本右翼人士不把中国死难士兵列入被屠杀人数的做法。本多胜一又撰写了《笔杆子的阴谋》，对日本右翼人士铃木明等人的谬论一一予以批驳。“研究南京大屠杀全国联络会”编写了《南京大屠杀》，笠原十九司撰写了《南京安全区的百日》，津田道夫撰写了《南京大屠杀和日本人的精神构造》。“肯定派”的研究成果显著，成为一个极有影响的学派。以松冈环为代表的日本民间人士则通过对许多日本老兵的调查笔录为南京大屠杀史研究提供了大量珍贵的资料。
但与“肯定派”相比较，日本由右翼人士组成的“否定派”，或称“虚构派”、“幻想派”，则在日本的人数和影响更大。他们否定南京大屠杀的真实性，说南京大屠杀是史无其事，乃是东京国际军事法庭的“编造”与中国人民别有用心的“虚构”，是一种“幻想”。其代表人物有铃木明、山本七平以及曾担任过南京大屠杀元凶、日“华中方面军”司令官松井石根秘书的田中正明等。
早在1971年本多胜一发表《中国之旅》时，日本右翼的《诸君》杂志就开展批判本多胜一的活动。1982年是一个节点。这一年７月，日本文部省审定教科书时，把“侵略华北”和“全面侵略中国”等段落中的“侵略”改为“进出”。对于南京大屠杀，教科书说“事件的起因是由于中国军队的顽强抵抗，日军蒙受很大损失，才引起日军的激愤，杀害了很多中国军民”。文部省还删掉了原教材中“中国牺牲者达２０万人之多”，“日军进行强奸、掠夺、放火……遭到了国际上的谴责”等段落，把南京大屠杀改为“占领南京”。中国就此问题向日方正式提出交涉。7月20日，《人民日报》发表《必须牢记这个教训》的评论，对日本教科书事件进行批评。
日本右翼人士乘机兴风作浪，不仅攻击中国政府与中国人民的严正立场，而且猖狂地攻击和否定“远东国际军事法庭”对日本战犯的判决，尤其是对法庭关于日军南京大屠杀罪行的宣判，并围攻日本的左翼人士，否定日本侵华和南京大屠杀史。
日本右翼学者冲在前面，抛出了多种文章与论著，如《南京大屠杀的幻想》、《日本人与犹太人》、《南京大屠杀之虚构》等。1985年，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆刚刚落成开放后不久，田中正明就迅速在《正论》杂志上抛出了《九问南京大屠杀纪念馆》的挑衅性文章。他们说，在战时的日本国民只知道南京的民众是欢迎日军的解放，对日军十分友好，而对南京大屠杀却从未听说。 例如田中正明在《南京大屠杀之虚构》一书中得意地说：“我，为了写此书，专门将《朝日新闻》、《每日新闻》（当时称《东京日日新闻》）、《读卖新闻》三家报纸1937年12月至翌年2月，即发生所谓‘南京大屠杀’那个时期的缩印版复制下来，对当时的新闻报道，进行了详细查阅。……但翻遍这三家报纸的所有版面，却不见有关杀人、强奸的片言只语。”日本右翼评论家村上兵卫说：“在远东军事审判中，所谓的‘南京大屠杀’使日本人大为诧异。直到战争结束，日本人并不知道有过那么回事。”再如日本上智大学教授渡部升一说：“‘南京大屠杀’这个战后鼓噪鸦鸣的消息，我们在日本战败前却从未风闻过。……南京是在事变后不到半年陷落的。事情过了7年之久，居然连这方面的谣传都未听到过，这究竟是为什么呢？……说起来，这全怪远东国际审判。战后的日本可以说是被迫屈从于‘东京审判史观’的。”1998 年12 月，日本展转社公开出版了松村俊夫、东中野修道的《南京大屠杀的大疑问》和《南京大屠杀的彻底检证》两书，竟对李秀英和夏淑琴这两位南京大屠杀幸存者老人提出质疑, 诬蔑她们为“伪证人”。
日本的右翼政客出于某种考虑，在上世纪90年代之前，很少参加有关南京大屠杀的争论。多年执政的自由民主党政客中第一个公开站出来发表否定南京大屠杀言论的，是1994年羽田孜内阁的法务大臣永野茂门。结果，他在就任11天之后，就因此言论被迫辞职。担任首相多年的小泉纯一郎不顾中国人民和亚洲人民的抗议，坚持多年参拜供奉东条英机、松井石根等甲级战犯的靖国神社。在2007年6月19日，自民党中约100名国会议员组成的“思考日本前途与历史教育议员会”发表一份“调查报告”，更声称：基于对当时（日本）官方文件和媒体新闻报道的调查来看，“我们无法确认南京大屠杀的事实”。历任运输大臣、通产大臣、经产大臣，身为甲级战犯平沼骐一郎养子的平沼赳夫，从2008年开始，多次公开否认南京大屠杀。近年上台执政的民主党的政客，则一直坚持否认南京大屠杀。此次公开发表此类言论的名古屋市长河村隆之就是其中一员。
日本的右翼学者与政客的无耻言论激起了中国人民与世界人民包括日本有识之士的愤怒与抗议，并与之进行了坚决的斗争。在中国，一批专家学者抱着神圣的职责，开始从学术的角度研究南京大屠杀史。他们首先组织力量，向中国、日本、西方各国的有关单位与人士广泛地征集档案资料、报刊图书资料、现场图片、影片资料等；又普查了南京大屠杀的幸存者和重要历史见证人，获得了大量鲜活有力的口述资料。在广泛征集史料的基础上，经专家、学者整理研究，先后编辑和出版了《侵华日军南京大屠杀史料》、《侵华日军南京大屠杀暴行照片集》、《侵华日军南京大屠杀档案》、《侵华日军南京大屠杀幸存者证言集》、《日本帝国主义侵华档案资料选编---南京大屠杀》、《南京大屠杀图证》、《侵华日军南京大屠杀外国人证言集》、《南京大屠杀史料集》72卷、《南京大屠杀史研究与文献》29卷等。另外，拍摄了《侵华日军南京大屠杀》历史文献纪录影片多种。1985年，南京“侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆”建立，对推进南京大屠杀史的研究起到了十分重要的作用。该馆团结了很多专家学者，在1995年，成立了“南京侵华日军南京大屠杀史研究会”，组织了多次有中外学者参加的南京大屠杀史学术研讨会；在2008年出版《南京大屠杀史研究》杂志，发表了许多有影响的文章；出版了多种高水平的论著，如《高兴祖文集》、《南京大屠杀》（孙宅巍主编）、《为三十万灵魂呐喊》（朱成山著）、《战时日本、西方、中国新闻传媒与南京大屠杀》（经盛鸿著）、《南京沦陷八年史》（经盛鸿著）等。文学方面，有徐志耕的报告文学《南京大屠杀》、周而复的小说《南京的陷落》等。电影方面，有《屠城血证》、《南京大屠杀》、《黑太阳---南京大屠杀》、《南京，南京》、《金陵十三钗》等先后问世。电视剧方面，有南京电视台摄制的电视剧《带弹孔的银元》以及电视音乐片《心祭》等。
1999 年9 月17 日, 日本进步律师和学者代理李秀英，以“损害名誉”向东京地方法院提起诉讼, 正式起诉《南京大屠杀的大疑问》作者松村俊夫、发行人相泽宏明和出版社展转社株式会社, 要求赔偿1200 万日元( 包括律师费用200 万日元) ，在《朝日新闻》等媒体上登道歉书。2002 年5 月10 日, 东京地方法院作出判决：《南京大屠杀的大疑问》中有关记载损害了原告的名誉, 三方被告应向原告赔偿150 万日元。尽管被告不服继续上诉, 但2003 年4 月10 日, 东京高等法院作出维持原判的判决。2005 年1 月20 日, 东京最高法院作出终审判决, 李秀英名誉侵权案胜诉。但可惜的是李秀英老人在胜诉前一个月已不幸去世。夏淑琴也于2000年将松村俊夫和《南京大屠杀的彻底检证》作者东中野修道、展转社告上法庭。7年之后，2007年11月2日，东京地方法院一审宣判：东中野修道和出版商展转社对夏淑琴构成了名誉侵权，需支付损害赔偿金400万日元。这是继李秀英胜诉之后，南京大屠杀幸存者第二次在名誉权国际诉讼案中获得胜利，也是对日本右翼势力的一次沉重打击。
2006年10月，胡锦涛主席访问日本。中日两国领导人就启动两国学者之间的共同历史研究达成了共识。2006年12月，该项目正式启动，中日双方各10名学者组成的委员会，基于中日联合声明等三个政治文件的原则及“正视历史、面向未来”的精神，开展中日共同历史研究。在研究的第一阶段中，中日已就定性的问题取得共识，即中日战争的性质为侵略战争，南京大屠杀为大规模反人道屠杀。
目前，世界正义的潮流浩浩荡荡，不可阻挡。在中国人民与世界人民，包括日本有识之士的共同努力下，日本一些右翼学者与政客妄想推翻战后“远东国际军事法庭”对南京大屠杀案和日本战犯的判决的无耻言论与企图，是注定要失败的。而中日人民世代友好与世界和平之船必将乘风破浪，勇往直前！
