1983年从党政机关“归队”到江苏省社科院历史研究所的孙宅巍，最初并没有以南京大屠杀为研究方向，但1982年在日本右翼篡改教科书的刺激下，江苏省和南京市有关部门着手为南京大屠杀死难者“建馆、立碑、修史”，刚到研究所不久，还没有其他研究课题的孙宅巍就被安排去参与了这一重要工作。
“南京大屠杀死难者30万人虽然早有法庭判决，但日本右翼不断质疑。作为历史学家，我觉得对这一数字进行实证研究，是势在必行的重要的工作。”他说，想要得出这一数字，无外乎两个方法，一是将各地被日军杀害的人数相加，二是数尸体。但第一种方法已难以实现，因为没有哪个人能够亲眼目睹到底被杀害了多少人，日军自己即使掌握这一数字也绝对不会公布。
那就只有数尸体了。这一数，就是30多年。
“研究埋尸记录30多年，就好像我用这么长时间在挖一口井，或许也有人中途来挖一铲子、刨几下，但一定没有我挖得深。”孙宅巍说，一开始，他通过对三种渠道的研究发掘相关信息：一是社会慈善团体和私人，因不忍目睹惨状，基于社会公德将遇难同胞尸体掩埋；二是伪区政府为整理市容，防止瘟疫，对尸体进行了掩埋；三是侵华日军为掩盖血腥暴行，逃避世界舆论的谴责，实行毁尸灭迹。“当年的埋尸队都留下了记录，尤其是慈善团体，他们是埋尸的主力。”孙宅巍说。
上世纪八九十年代，经学术界整理的埋尸记录为：慈善团体（4个）共掩埋18．5万具，市民掩埋队（3个）共掩埋3．5万具，伪区政府（2个）共掩埋6000余具，共计22．6万具。
而随着相关专家，特别是孙宅巍对档案资料的深入挖掘，又有一批极具价值的埋尸资料被发现，从而使已知的参与埋尸的慈善团体增加到8家、市民掩埋队增加到4支、伪区政府增至4个。资料汇总显示，各慈善团体收尸19．8万具、市民掩埋队收尸4．2万具、伪区政府收尸6000具（扣除交叉统计部分），总数已达24．6万具。
“这仍然是不完全统计。”孙宅巍表示，考虑到有相当数量的尸体，由于种种原因，如被亲属个别掩埋，于藏尸洞内未被发现，或虽被有组织掩埋但档案资料散失，未被统计到任何一种处理尸体的数字之中等情况。据此综合考查，应当说，远东国际军事法庭判决日军仅于占领南京后最初的六个星期，不算大量抛江焚毁的尸体，即屠杀了平民和俘虏“20万人以上”；国防部审判战犯军事法庭判决“被害总数达30万人以上”，均是有充分根据的。
2005年，孙宅巍出版《澄清历史——南京大屠杀研究与思考》。该书有关埋尸的部分，汇集了他对遇难人数的最新实证。但就在此书出版后不久，他又发现一份《督办南京市政公署卫生处筹办掩埋尸体计划书》（1938年5月），该计划书称：“查本市城厢附郭一带仍有暴露之尸体约五万余具，虽有相关组织担任掩埋工作，但亦限于经费，未能悉埋。”这说明至1938年5月，南京城厢附郭一带还有5万具尸体等待掩埋。而以往的埋尸统计，大体均是截至1938年5月。不过，在这份计划书制定后，这5万具尸体究竟是如何收埋的，便再无下文。
孙宅巍认为，如果这份计划书的内容，能够得到其他档案资料的支持，予以确认，那么这将直接影响到我们对南京大屠杀遇难人数及其规模的估计。
虽然执著于计算“数字”，但孙宅巍心中更为遇难者名单的缺乏耿耿于怀。
“遇难者名单的缺乏一直以来与人数认定的争议相伴的。对死难者名单的补课，是中西方一切受害国家面临的共同课题，也是这些囯家史学工作者共同的追求。”孙宅巍认为，在这方面，我们还有大量的工作要做，还有很长的路要走。我始终认为“人数问题”从学术层面上是可以讨论的，不是说要去跟日本右翼打什么口水仗，而是要立足自己，尽可能地接近历史真实。
