理藩院是清朝政府统治蒙古、回部及西藏等少数民族的最高权力机构。清统治者通过理藩院实施对各少数民族地区的统治，加强与他们的联系。
行政职能
管理会盟
清朝蒙古地区存在着许多“盟”和“旗”，他们既是政权组织，又是军事组合和社会组织。每旗设札萨克（旗长）等官员管理，一旗或数旗合为一盟，设盟长和副盟长。这就是盟旗制度，盟旗制度是满洲贵族创建的八旗制度的形式，充实以蒙古族缘由的社会制度具体内容的产物。清政府通过理藩院管辖各盟旗。盟旗制度下的盟指的是会盟制度。
清政府规定，一旗或多旗合为一盟，在指定地点会盟。每盟设盟长一人，办理会盟事务。盟长由本盟内札萨克中选人，上报理藩院，由理藩院任命人选，颁给印信。会盟的主要内容为“理清刑名，编审丁籍”，会盟的礼节十分隆重，届时清政府要派大臣带随行官员前往。
漠南蒙古各盟，盟长各于所属三年一会。雍正六年（1728年），漠南蒙古每盟增设副盟长一人，协同盟长办事。喀尔喀蒙古（漠北蒙古），从雍正三年（1725年）开始，清政府不再派大臣参加，而由西宁办事大臣负责把会盟情况转报理藩院查核，“如各盟长有违例不公事件，一经告发，或别经参奏，由院再行奏请特派大臣前往办理”。清朝以理藩院管理蒙古族各部的盟旗，目的是加强对蒙古族各部的统治，在客观上有利于蒙古族社会的稳定，从而维护中央政府的统治。
稽查户丁
稽查户丁是理藩院为掌管地区人口和满足兵源的一项行政职能。按照《理藩院则例》之规定，蒙古地区十八至六十岁皆应登记入册。每隔三年一次稽查，先由理藩院请旨，发给各旗空白造册，再由各旗首领其将三年内裁添人丁数目详细登记载入，在十月内报理藩院。
在编审比丁时，隐瞒户口之事常有发生，故《理藩院则例》规定，内外札萨克各旗审丁时，数目开载不全，后虽声明，仍照隐丁例办理。隐瞒比丁分别惩罚。如有隐瞒人丁情况发生，不仅要扣管旗之亲王、郡王、贝勒、贝子、公、札萨克台吉、塔布囊三个月俸禄，还要将被隐瞒的人丁记录在案。不慎漏计人丁的，对漏记人及相关者都要处以罚畜的惩罚，并且奖励举报人。
征收税款
理藩院还具有征收税款职能。边疆少数民族地区的税款征收原本是由地方官办理的，但由于地方官征收的标准和数量难以统一，乾隆帝决定把征税职权收归中央，由理藩院派专员前往征税。乾隆十七年（1752年）准奏：“八沟东西二街税银，于乾隆十四年（1749年）奏准交地方官征收。东街所征各项税银，每年赏给喀喇沁札萨克王等，养赡穷乏蒙古。
今该札萨克呈报东西二街税银，该地方官征收多寡不一，请将赏给东街税银，仍照旧例交该旗自行征收。其事难行。惟是各处收税，均设专官经理，今八沟初定收税章程，交地方官永远办理，二街税银，难免参差，蒙古人心，亦不能遵服。应将地方官征收之处停止，于本院司官内简选干员，拟定正陪引见，前往征税，所收税银，于十分内赏给该旗三分，以为养赡蒙古之用。”
卡伦和驿站管理
清代蒙古各部曾设置许多卡伦和台站。在领导体制方面，在中央机构中，主要由理藩院进行管理，具体地说，理藩院旗籍掌考漠南蒙古地区，典属负责漠北、漠西蒙古地区、满档房负责派往管理驿站的官员；同时，亦以兵部协助理藩院负责监督检查。因区域不同，清代蒙古台站可分为漠南蒙古、漠西蒙古和漠北蒙古三部分，他们是在清朝多民族国家发展的不同时期逐渐形成的。
康熙中期，为迅速平定噶尔丹内乱，更具转运物资和传递军报的需要，清政府在漠南蒙古地区开始大规模设置官方固定驿站。康熙三十一年（1692年），康熙帝谕示：为“不致迟延误事”，“设立驿站”。康熙三十一年（1692年）三月，由理藩院尚书班迪等前往漠南蒙古亲自筹划。
军事职能
理藩院大臣早在顺治时期就已经参政议政，康乾时期更是参与军事行动的策划工作。参与多伦会盟、平定准噶尔叛乱等一系列国家军政大事的筹划工作。在雍正年间，理藩院侍郎佛保被授为内阁学士。乾隆时理藩院尚书纳延泰先为军机大臣，继则又兼议政大臣；理藩院尚书索林、侍郎庆桂或任库伦办事大臣，或为伊犁参赞大臣。
理藩院对各盟旗下的军用物资定期进行简约管理，乾隆四十年（1775年）议定：“内札萨克六盟各旗兵丁军装器械，每三年一次，该盟长等会集点检有无残缺，及兵丁驼马数目，造具细册，声明报院核查办理。”对于军器的买卖，也不得私下进行，都要报理藩院并由理藩院开具出口信票后才能进行交易。康熙二年（1663年）题准：“蒙古人买军器带往者，令札萨克王、贝勒、贝子、公等，详开某佐领下某人、买何器械、数目若干，具文差官报院。不差官不详开者，不准给出口信票。”“蒙古王、贝勒、贝子、公等，欲向归化城买马驼者，报院转奏请旨，本院给印文令往，不得擅刑。”
司法职能
司法职能是理藩院的又一重大职能，据记载：“臣院综理内外蒙古、回部事务，凡蒙古、回部升降袭替、户婚田土、年班朝觐、仓粮军政以及议处议叙，并命盗案件，均关紧要。”《乾隆朝会典》中也规定“青海、厄鲁特、西藏、准噶尔之地，咸入版图，其封爵、会盟、屯防、游牧诸政事，厥有专司。可见，作为管理边疆民族特别是蒙古、回疆及西藏事务的中央机构，理藩院管辖着蒙古、回疆和西藏地区的民事、行政和刑事等各项案件。
理藩院是清代蒙古及回疆地区的上诉机构，掌管着一般的刑事、民事案件，对于大多数的普通案件来说，其具有终审权。顺治八年（1652年）理藩院奏请获准“外藩蒙古人有讼，赴各管旗王、贝勒等处申告，若审理不结，令协同会审旗分之王、贝勒等公同审讯，仍不结，王等遣送赴院。”这表对于民事案件，理藩院具有独立的终审权。
理藩院的秋审权与其他民事、刑事案件的管辖权有所不同，与重大命案需要三法司会审式案件的管辖权也有所不同，由于秋审本身具有一定的象征意义，所以理藩院的秋审权也更多的是一种形式主义。关于理藩院所管辖少数民族区域的秋审案件，均由理藩院会同九卿进行秋审复核。
外交职能
理藩院的外交职能，主要是兼管位于西北两方陆路上合清朝相邻国家的外交事务，例如安集延、马儿格朗、霍罕、巴达克山等。其中，理藩院处理和俄国的关系，在其外交事务中占有重要内容。理藩院管理对俄事务，主要包括三个方面：协调两国的外交关系，负责两国的贸易往来，管理在京的俄国人员。
在清朝前期，在对俄交涉中理藩院处理了许多比较重大的事件。康熙十五年（1676年）五月，沙俄政府派遣尼果赖使团到达北京。在使团进入中国东北境内时，清政府的代表针对沙皇俄国的侵略行径，向尼果赖严正指出“你们的人为数达三百人之多，直到最近还武装侵犯我国边境的村屯，图谋掳掠人口和进行洗劫”。尽管尼果赖拒绝清政府提出的停止领土侵略的要求，清政府还是给他以礼遇。同时，理藩院晓谕他“尔主欲通和好，应将本朝通逃根武木尔遣还，另简使臣，遵中国礼行，方许照常贸易”。
在尼果赖返回俄国后五、六年间，沙俄对黑龙江流域的侵范由上游扩及到中、下游地区和额尔古纳河东岸，康熙二十二年（1683年）秋，康熙帝谕理藩院尚书阿穆瑚琅说：“鄂罗斯国罗刹等，无端犯我索伦边嘘，扰害良人，肆行抢称，妥魁根成木尔等逃人，过恶日甚”，“尔院即遵旨，明白具文，选招降罗刹内宜番、米海罗莫罗对，执书晓谕，彼有何言，令其回奏”。说明理藩院对于俄罗斯对中国北境进行侵略渗透时，是具有具体交涉和研究俄国事务的作用的。理藩院遵照康熙谕旨，拟文派遣俄俘往雅克萨等处投递。
宗教职能
清朝统治者从皇太极到乾隆，一向对喇嘛教采取利用态度，作为麻醉人民的精神鸦片，为巩固其封建政权服务，正如昭梿所说：“国家宠幸黄僧，并非崇奉其教，以祈福祥也。袄以蒙古诸部敬信黄教已久，故以神道设教，藉仗其徒，使其诚心归附，以障藩离。”清朝统治者在利用喇嘛教方面采取了笼络喇嘛教上层人士和修建喇嘛庙两种措施，并以对喇嘛加以恩惠的手段控制当地人民。理藩院管理喇嘛事务，主要包括：
（1）登记造册喇嘛呼毕勒罕。“凡喇嘛有行者，能以神识转生于世，日呼毕勒罕。”所有喇嘛都是由呼毕勒罕转生而来，需经理藩院登记。
（2）掌管金瓶掣签。达赖、班禅既是西藏的行政长官，又是宗教领袖，死后被认为还要转生，由死时的出生婴儿（灵童）继承职位。由于制度不严，往往出现数个“灵童”，引起继承权之争。加之大农奴主往往操控此事，积弊甚深。清政府为解决这一矛盾，规定凡出现两个以上“灵童”，便采取金瓶抽签的方法，中签“灵童”为合法继承人，这就是“金瓶掣签”制度。理藩院负责对金瓶掣签的掌管，以维护达赖、班禅转生的合法性。
（3）办理喇嘛的朝觐，在京喇嘛的等级考核、职位升降、调补以及修建寺庙等。
其他职能
乾隆年间，由清政府所建的喇嘛教寺院由理藩院负责，当时理藩院负责管理的40座寺院，有32座建在北京；在承德避暑山庄的有12座（溥仁寺、溥善寺、普宁寺、普佑寺、安远庙、普乐寺、普陀宗乘之庙、广安寺、殊像寺、罗汉堂、须弥福寿之庙、广缘寺）也归理藩院进行管理。其中，罗汉堂、广安寺、普乐寺三个庙，朝廷“向未安设喇嘛”，由内务府管理；而溥仁寺、溥善寺、安远庙、广缘寺、普佑寺、普宁寺、须弥福寿之庙、普陀宗乘之庙、殊像寺9座庙设8个管理机构（普佑寺附属于普宁寺）由朝廷派驻喇嘛，京师理藩院管理并逐月按人数由理藩院发放饷银，清正史文献将这9座寺庙称“外庙”，后俗称“外八庙”，这也就是现在承德避暑山庄外八庙的由来。
