理藩院对于清朝的统治有着重大意义。正如康熙帝所说：“理藩院专管外藩实务，责任重大”。秦汉至明代，中央政府管理藩属地区的机构，有典客、鸿胪卿负责接待藩属来使的朝贺，由吏部、户部、兵部分管藩属的其余事务，在中央政府并没有统一管理藩属诸事务的机构。“理藩一职，历古未有专官，唯周官大行人差近之。秦汉以降，略存规制。遐荒绝漠，统治王官，为有清创制。”
理藩院的设置，使得清朝中央政权有了统一管理藩属事务的机构。它不仅与六部并列，而且管理院务大臣在满人中“特简大学士为之”，其地位远在六部尚书之上。《清史稿》中说“明之藩卫，虚有名字，盖未可以同年而语”，这不仅表明了清朝对理藩院的重视，也说明了清政府对藩属地区的管理，比清代以前确实是有效加强了。
首先，理藩院的设立及其对少数民族的管辖对清军入关及其之后统一全国起到不可忽略的作用。明朝的腐败导致这一时期国家分裂，战乱不止。在当时，统一为大势所趋，人民所想。清朝之所以能完成统一大业，除了军事因素外，还有与少数民族采取同盟政策的政治因素。清朝把漠南蒙古作为其可靠的政治后援和同门，并设立蒙古衙门加以管理，为其统一扫除后患，奠定基础。
理藩院设立后，清朝立即遣官前往，“稽户口，编牛录，漱庶狱，颁法律，禁奸究”。不仅有利于维持蒙古地区的秩序，也安定了其后方，使之可以一心对抗即将没落的明朝。同时，清政府通过理藩院对蒙古地区的管理，与蒙古结成政治和军事同盟，这对清朝统一全国的意义重大，如果没有理藩院，清朝的入关一统也不会来的如此顺利。
其次，理藩院促进和巩固了清代多民族国家的发展。清代是中国历史上又一次民族大融合时期，国家在此时期快速发展，理藩院作为历朝历代的首个专管少数民族事务的中央机构，将维护统一的功能发挥的淋漓尽致。康熙二十五年（1686年）四月，当喀尔喀蒙古土谢图、札萨克图两汗发生冲突后，理藩院出面调停，促使其“尽释旧怨”，“交相揖睦，共享升平”。在噶尔丹发生叛乱后，理藩院立即将情况如实上奏，并负责安排喀尔喀蒙古各部生计，维持当地秩序。理藩院安排组织下的“多伦会盟”，使中国北部边疆得以安定。
正如康熙帝说“昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固”。不可否认，没有理藩院的有效管理，就没有中国北部边疆的安定有序。这又为粉碎噶尔丹叛乱活动和抵御沙俄入侵提供了条件。理藩院自顺治到乾隆年间，其机构不断增加和完善，分工逐步细致，职能愈发全面，从行政到刑事、民事；从管理朝觐到司法、军事均经过一个长期的发展过程，这对维护少数民族尤其是蒙古地区的稳定起到了非同小可的作用，在维持少数民族地区的发展和中央政权的稳定的同时，也促进了多民族国家的融合统一。
再次，理藩院在清朝前期充分发扬了大国本色，抵制了沙俄的侵略扩张，维护了清王朝的国家主权和统一。在沙俄屡犯中国边境的情况下，理藩院多次出面交涉，代表清政府指斥沙俄的侵略行径，为雅克萨之战的胜利和驱逐沙俄侵略者准备了条件，维护了中华民族的尊严和中国的主权。
最后，理藩院的民族立法为清朝管理边疆地区提供了法律依据和用法制管理少数民族事务的成功经验，充分显示了一个多民族的统一国家在民族立法方面所取得的成就，对这一时期边疆地区的安定和对民族法律学发展做出了巨大贡献。
