第一，持久抗战的理论基点不同。
依赖外力取胜，是国民党政府与蒋介石持久抗战的基本依据。这正如朱德所指出的，它“把战争胜利寄托在日苏战争和太平洋战争上面，不寄托在自己的政治改革、军事改革和抗战努力上”，存在着侥幸心理，把抗战命运寄托在英、美、法、苏各国与中国“共同一致来打日本”之上。理论基础并不扎实，无异于把持久抗战这座理论大厦奠基于流沙之上，所以说，这是一条不发动民众的片面的抗战路线。
事实上，任何战争都是交战双方政治、经济、军事、人心以至外交的总体战，争取外援固然重要，但这不过是外因，决定性因素在于内因。对此，毛泽东指出：“战争的胜负，固然决定于双方军事、政治、经济、地理、战争性质、国际援助诸条件……还需加上主观的努力，这就是指导战争和实行战争，这就是战争中的自觉的能动性。”这种“自觉的能动性”主要是指人民战争之伟力。
中共关于抗日持久战的理论主要奠基于发动民众起来抗日，实行全面的抗战路线，认为“战争的伟力之最深厚的根源，存在于民众之中”，只要积极动员人民起来抗日，就会使日本侵略者像一匹野牛冲入火阵。正如洛川会议所强调的，要打倒日本帝国主义，关键在于使已经发动的抗战成为全面的全民族的抗战。主要依赖外援还是发动民众，这是国共两党关于持久战理论的不同基点，实质上反映出了两条不同的抗战路线。
第二，持久抗战战略战术原则的差异。
蒋介石关于抗日持久战的战略战术原则，过多重视阵地防御作用，轻视运动战和游击战，这是一种消极防御的战略战术。蒋介石在1937年8月18日宣布的五项作战原则中，强调了阵地战的基本方针，说：“我们要固守阵地……这是我们抗倭胜利唯一要诀”，“要多筑工事，层层布防，处处据守”，并着重指出：“敌人的利器是飞机、大炮、战车，我们的利器是深沟、高垒、厚壁”。
为实施阵地战，蒋介石还制定了有进无退的“连坐法”，命令部队“誓死拼命，坚强抵抗”，“持久死守”，不许后退。在敌强我弱的条件下，历代高明的军事家都主张实行积极防御的方针。而国民党正面战场在抗日战争的战略防御阶段，却实行消极防御的作战方针，忽略了敌强我弱的根本特点，与日军争一城一地的得失，以无数将士的血肉之躯去填入敌人的火海，造成重大损失，这与持久战略的目标相背离，对持久抗战不利。
毛泽东早在1936年与斯诺的谈话中就曾经预测，在未来的对日作战中，“中国军队要胜利，必须在广阔的战场上进行高度的运动战，迅速地前进和迅速地后退，迅速地集中和迅速地分散。这就是大规模的运动战，而不是深沟高垒、层层设防、专靠防御工事的阵地战”，主要实行运动战，辅之以阵地战。抗战开始后，毛泽东又系统地提出“在全体上，运动战是主要的，游击战是辅助的;在部分上，游击战是主要的，运动战是辅助的。”尤其是把敌后游击战提到了战略高度，这是一大发明，其根本原因在于当时的中国是处于进步时代的大而弱的国家。这是一种积极防御的战略战术。事实证明，中共敌后根据地的广泛开辟和人民武装力量的迅速壮大，与毛泽东这一军事战略战术原则密不可分。
第三，持久抗战战略阶段划分上的区别。
蒋介石把持久战略分为两个阶段，称抗战第一期为战略防御时期，把抗战第二期称为转败为胜的反攻阶段，否认战略相持阶段的存在，这是基于“等待国际局势改观”的指导思想而制定的战略计划，自然难以认识把握抗战进程和规律。蒋介石“二期抗战”阶段说没有也不可能揭示抗战的真实进程和发展规律，反映出其理论的偏颇与战略短视，缺乏对抗战的指导价值。
对蒋介石“二期抗战”的战略阶段划分，毛泽东在《论新阶段》一文中曾作过批评：“如果承认持久战或长期战争又不赞成三个阶段，那末，所谓持久与长期就是完全抽象的东西，没有任何内容与现实，因而就不能实现任何实际的战略指导与任何实际的抗战政策了。实际上，这种意见仍属于速胜论，不过穿上‘持久战’的外衣罢了”。
毛泽东根据中日双方的不同特点进行科学考察，预测中国抗日战争必然经历战略防御、战略相持、战略反攻三个阶段。事实证明，这是富有洞察力的真知灼见。他对持久战特别是战略相持阶段的种种特点的论述，对指导抗日战争的胜利起到了重要作用。
