第1军 ：1937年8月26日组建，日军大本营为扩大华北作战决定组建华北方面军及下属第1、第2军，原中国驻屯军司令任第1军司令。日军攻陷山西后驻太原统辖山西部队，1941年4月指挥中条山作战。历任军司令香月清司、梅津美治郎(1938.5)、筱冢义男(1939.9)、 岩松义雄(1941.6)、吉本贞一(1942.8)、澄田赉四郎(1944.11)。
第2军(Ⅰ) ：1937年8月31日组建于天津，隶属华北方面军，参加攻占济南，1938年指挥徐州作战，7月调华中派遣军，武汉会战期间指挥北路部队。12月8日调回日本后撤销，原属部队改隶第11军。军司令西尾寿造、东久弥宫稔彦王(1938.4)。
第2军(Ⅱ) ：1942年7月在本土重建，派往西部新几内亚指挥第5师团等，驻北海岸马诺夸里，后移驻西里伯斯岛，历任司令上月良夫、七田一郎(1943.5)、丰岛房太郎(1943.10)。1943年11月编入第2方面军，1945年6月直属南方军。
第3军 ：1938年1月在关东军编成，1942年7月隶属第1方面军，驻延吉，担任东部防卫，历任司令山田乙三、多田骏(1938.12)、尾高龟藏 (1939.9)、河边正三(1941.3)、内山英太郎(1942.8)、根本博(1944.2)、村上启作(1944.11)。
第4军 ：1938年7月编成，直属关东军，驻齐齐哈尔，远东战役发起后移至哈尔滨，担任北部防卫，历任司令中岛今朝吾、后宫淳(1939.8)、鹫津鈆平 (1940.9)、横山勇(1940.10)、草场辰巳(1942.12)、西原贯治(1944.2)、上村干男(1945.3)。
第5军(Ⅰ)： 1937年12月7日在台湾组建，由台湾军司令古庄干郎兼任，预定用于华南作战，因计划变更于次年2月15日撤销。
第5军(Ⅱ)： 1939年5月19日在关东军序列另组建，驻掖河，后隶属于第1方面军，担任东部防卫，历任司令土肥原贤二、波田重一(1940.9)、饭村穰(1941.10)、上村利道(1943.10)、清水规矩(1944.6)。
第6军： 1939年诺门坎边境作战期间，于8月4日在海拉尔组建第6军司令部并担任战场指挥。1945年1月25日调入中国派遣军，驻杭州，远东战役 发起后又紧急北调满洲，“8.15”时中止于南京直至缴械投降。历任司令荻洲立兵、安井藤治(1939.11)、喜多诚一(1941.10)、石黑贞藏 (1943.3)、十川次郎(1944.1)。 第10军：1937年10月20日为增援淞沪作战在本土组建，指挥第6、第18、第114师团 于11月5日登陆杭州湾金山卫即隶属华中方面军，担任南线作战。12月24日攻占杭州，12月参加攻打南京。日军南京暴行遭国际舆论谴责，1938年2月 14日第10军被撤销，军司令柳川平助回国转入预备役再未征召。
第11军： 1938年6月23日组建，隶属华中派遣军，武汉会战期间指挥南路 部队，后驻武汉。1939年9月直属中国派遣军，1944年8月隶属新设立的第6方面军。第11军统率日本陆军在华中战场担任进攻任务的野战集团，自武汉 会战起在湖北、湖南、江西地区的作战均由其指挥：1939年2-4月攻占南昌、9-10月第一次长沙作战、1940年5-10月枣宜作战、1941年9月 -1942年1月第二与第三次长沙作战、1942年4-9月浙赣作战、1943年11-12月常德作战、1944年5-9月长衡作战、1944年9-12 月桂柳作战。长衡作战时第11军所辖部队达9个师团。桂柳作战期间第11军司令部推进至广西，湖南方向作战改由第20军担任。1945年6月日军收缩战 线，第11军仅辖1个师团2个独立混成旅团。远东战役发起后奉调满洲，8月14日与中国军队交战再次攻入广西全县，16日从全县退入湖南，再遵中国战区令 移至九江地区缴械投降。历任军司令冈村宁次、圆部和一郎(1940.3)、阿南惟几(1941.4)、冢田攻(1942.7)、横山勇 (1942.12)、上月良夫(1944.11)、笠原幸雄(1945.4)。
第12军： 1938年12月7日组建，隶属华北方面军，驻济 南。1944年7月前出河南指挥豫中作战后移驻郑州。1945年3-5月指挥老河口作战。历任军司令尾高龟藏、饭田贞固(1939.9)、土桥一次 (1941.3)、喜多诚一(1943.3)、内山英太郎(1944.2)、鹰森孝(1945.4)。
第13军 ：1939年9月4日组建，直属中国派遣军，驻上海。1942年5月指挥浙赣作战。历任军司令西尾寿造、藤田进(1939.10)、泽田茂(1940.12)、下村定(1942.10)、永津佐比重(1944.3)、松井太久郎(1945.2)。
第14军 ：1941年11月编成，在南方军序列担任菲律宾进攻作战，12月从高雄港出发登陆仁牙因湾，攻占菲律宾。1942年6月改为大本营直 辖，1944年3月恢复南方军序列。历任司令本间雅晴、田中静壹(1942.8)、黑田重德(1943.5)。1944年7月在马尼拉升格为第14方面 军。 第15军：1941年11月在大阪编成后移驻西贡，12月8日进入泰国，次年1月攻打缅甸，后编入缅甸方面军。1942年10月 -1943年8月设军政监部管理缅甸军政事务。历任司令饭田祥二郎、牟田口廉也(1943.3)、片村四八(1944.8)。牟田口廉也指挥第15、第 31、第33师团攻打印度英帕尔，是南方军在西方方向最远的攻击，惨败后于1944年8月退入泰国转隶第18方面军。
第16军 ：1941年 11月在本土编成即前出台湾，预定担任荷属东印度进攻作战。12月参与菲律宾作战攻占棉兰老岛达沃、和乐岛，1942年1月攻占爪哇、塞兰、巴厘、帝汶等 岛屿，后驻雅加达。1943年3月始管理当地军政事务。历任司令今村均、原田熊吉(1942.11)、长野佑一郎(1945.4)，1944年3月编入第 7方面军。
第17军 ：1942年5月在菲律宾达沃组建直属大本营，初以南海支队、步兵第41联队、一木支队、步兵第35旅团、青木支队等约 13个步兵大队为基干，预定实施攻占斐济群岛、萨摩亚群岛、新喀里多尼亚岛的作战。该计划取消后指挥东部新几内亚、所罗门群岛方面作战，军司令部7月到达 拉包尔、10月进驻瓜达卡纳尔岛。1943年2月失败撤出瓜岛后驻布干维尔岛隶属第8方面军，历任司令百武晴吉、神田正种(1945.4)。
第18军 ：1942年11月在拉包尔组建，司令安达二十三，从第17军接受指挥东部新几内亚巴布亚半岛作战，1943年6月进攻莫尔斯比港失败后驻新几内 亚中部韦瓦克一线。初期隶属第8方面军，1944年3月改隶南方军第2方面军，7月艾塔佩作战失败损失惨重，韦瓦克失守后退入内陆山区，第2方面军撤销后 直属南方军。
第19军 ：1943年1月组建，直属南方军，担任帝汶岛以东、东经141度以西的西部新几内亚南岸一带防御，驻塞兰岛安汶，1943年10月编入第2方面军，历任司令富永信政、北野宪造(1943.10)，1945年3月撤销。
第20军 ：1941年9月10日在关东军序列组建，1941年7月编入第1方面军，驻黑龙江东部。因华中第6方面军战线过长，于1944年9月28日调 关内专任湖南地区作战，隶属第6方面军。1945年4月驻衡阳指挥芷江作战，“8.15”后在长沙缴械投降，历任军司令关龟治、本多政材 (1943.3)、坂西一良(1944.4)。
第21军 ：1938年9月19日为华南作战而组建，直属大本营，10月12日登陆大亚湾、攻占广州。1939年9月编入中国派遣军，11月指挥桂南作战攻占南宁，次年2月9日撤销，历任军司令古庄干郎、安藤利吉(1938.11)。
第22军 ：1939年桂南作战时以第5师团长今村均任今村兵团长指挥本部及近卫混成旅团，台湾混成旅团，次年2月9日在南宁正式组建第22军指挥桂南地区部队，桂南作战后曾策划进入法属印度支那，11月9日撤销，司令久纳诚一。
第23军 ：原直属大本营的华南方面军所属部队相继调出，于1941年6月26日撤销，改而在广州组建第23军，8月转为直属中国派遣军。太平洋战争初指 挥攻占香港作战，1944年12月11日兼任香港占领地总督部。参加1944年桂柳作战，指挥1945年粤汉路南段作战。历任军司令今村均、酒井隆 (1941.11)、田中久一(1943.3)。
第25军 ：1941年7月组建，直属大本营，8月进驻西贡预定攻占马来，11月隶属南方军。 第25军部队以三亚为集结地，12月7日登陆马来哥打巴鲁，1942年2月15日占领新加坡。后担任马来、苏门答腊防务，1943年3月起专任苏门答腊岛 防务驻武吉丁宜，在石油产地巴邻旁、邦加兰布兰丹设有防卫队。1944年3月编入第7方面军。自1941年11月设军政监部，管理马来、苏门答腊军政事 务。历任司令饭田祥二、山下奉文(1941.11)、斋藤弥平太(1942.7)、田边盛武(1943.4)。
第27军 ：1944年3月组建编入第5方面军，司令寺仓正三，驻泽捉岛担任北方岛屿防卫，次年2月撤销。
第28军 ：1944年1月在缅甸方面军序列组建，辖第2、第54、第55师团负责孟加拉湾沿岸防御，1945年4月缅甸作战失败，7月全部撤往锡兰河以东毛淡棉地区，司令樱井省三。
第29军 ：1944年1月组建直属南方军，驻马来太平，司令石黑贞藏。3月编入第7方面军，设军政监部管理马来军政事务。
第30军 ：1945年7月25日在长春组建日本陆军最后一个军司令部，编入第3方面军。征召预备役中将饭田祥二任司令，司令部尚未配齐即遇远东战役爆发。
第31军 ：1944年2月组建于塞班岛，受海军联合舰队司令指挥，3月后实由新组建的中太平洋方面舰队指挥。初期辖有特鲁克集团、北马里亚纳集团、南马 里亚纳集团、小笠原兵团、帕劳地区集团，马里亚纳作战时军司令小畑英良在关岛战死，两任参谋长井桁敬治、田村义富先后战死。后以特鲁克岛第52师团长麦仓 俊三郎兼任司令，未再任命军参谋长。中太平洋方面舰队撤消后直属大本营，“8.15”时辖1个师团3个独立混成旅团，约34000人。 第32 军：1944年3月组建驻冲绳，原隶属本土西部军，7月纳入外战体系改隶第10方面军，历任司令渡边正夫、牛岛满(1944.8)。1945年6月冲绳作 战守军与军司令部均覆灭，但未明令撤消番号也没有任命新的军司令官，第32军余部尚有驻宫古岛、石垣岛等处的第28师团、独立混成第45、第59、第60 旅团。
第33军 ：1944年4月在缅甸方面军序列组建，司令本多政材，统辖第18、第53、第56师团担任缅北、云南方面作战，滇西、缅甸作战失败后撤往锡兰河以东毛淡棉地区。
第34军 ：1944年3月中国派遣军下令组建武汉防卫军司令部，在第11军前出湖南时指挥武汉地区守备部队，7月大本营授予该军正式番号第34军，8月 26日隶属新组建的第6方面军。老河口作战时曾派第39师团部队从荆门进击襄阳方向牵制，1945年6月18日调入关东军驻朝鲜咸兴。历任军司令佐野忠 义、栉渊鍹一(1945.1)。
第35军 ：1944年7月组建于莱特岛，指挥吕宋岛以外的南部菲律宾日军，次年3月迁驻宿务岛，4月再迁棉兰老岛途中军司令铃木宗作死亡，以参谋长友近美晴指挥残部。
第37军 /婆罗洲守备军 ：1942年4月组建(英属)婆罗洲守备军驻古晋，仅辖两个独立守备队。1944年3月隶属第7方面军，9月改制为第37军驻沙 巴，直属南方军并加强到两个独立混成旅团。军司令前田利为(预备役)、山胁正隆(预备役，1944.9)、马场正郎(1944.12)。
第38军/印度支那派遣军/印度支那驻屯军 ：1940年9月组建印度支那派遣军，司令官西村琢磨，1941年6月撤销。1942年11月恢复并改称印度支那 驻屯军，司令町尻量基，隶属南方军。后再改称法印驻屯军，1944年12月改制为第38军驻河内，司令土桥勇逸曾任驻法国武官，是日本陆军的法国通。
第39军/泰国驻屯军 ：1943年1月在曼谷组建泰国驻屯军，1944年12月改制为第39军，1945年7月升格为第18方面军，司令中村明人。
第40军 ：为对抗美军登陆于1945年1月在台湾嘉义组建，辖4个师团2个独立混成旅团，担任台湾南部防务，司令中泽三夫。5月司令部调往本土担任九州南部防卫，所辖部队改为直属第10方面军。
第41军 ：1944年12月第14方面军为组织菲律宾吕宋岛防御，以第8师团为基干设振武集团，负责马尼拉附近东、南部防守，隶下包括马尼拉防卫司令部。1945年3月振武集团正式改编为第41军，司令横山静雄，日本战败时退缩在马尼拉东部山区。
第43军 ：1945年3月在济南组建，取代前出河南作战的第12军司令部，隶属华北方面军，军司令细川忠康。
第44军/关东防卫军 ：1941年7月组建关东防卫军，驻长春，历任司令山下奉文、草场辰巳(1941.7)、木下敏(1942.12)、吉田惪 (1943.12)、本乡义夫(1945.3)，辖第1、2、3、5、9独立守备队，负责整个东北治安。1945年5月关东防卫军改制为第44军编入第3 方面军驻辽源，后移奉天，负责满洲南部防卫，司令本乡义夫。
第58军 ：1945年6月在第17方面军序列组建，驻济州岛，司令永津佐比重，预定对抗美军登陆进攻。
上海派遣军 ：1937年8月15日本土组建，即率领第3、第11师团登陆吴淞投入淞沪战场，11月7日隶属新成立的华中方面军，12月攻占南京，次年2月14日撤销，历任军司令松井石根、朝香宫鸠彦王(1937.12)。
蒙疆驻屯军 ：1938年1月4日组建蒙疆驻屯兵团直属大本营，置于关东军与华北方面军作战地域之间，7月4日改制为蒙疆驻屯军，驻张家口，隶属华北方面 军。驻蒙军的作战、管辖地域为察哈尔、绥远及内长城以北的山西，历任军司令莲沼蕃、冈部直三郎(1939.8)、山胁正隆(1940.9)、甘粕重太郎 (1941.1)、七田一郎(1942.3)、上月良夫(1943.5)、根本博(1944.11)。
以上亚太战场各军在日本战败时尚存32个，其中第40军调回九州鹿儿岛县。
在本土三岛组建且从未调出的11个军是：第36、第50、第51-第57、第59军、东京防卫军。
