河豚身上最毒的部分是卵巢、肝脏两个部位，其肾脏、血液、眼、鳃和皮肤的毒素次之，河豚的肌肉中不含毒素，但河豚死后其内脏中的毒素会深入到肌肉，这时鱼肉中也会含有少量毒素，河豚的生殖周期会影响其毒性大小，晚春初夏季节时，怀卵的河豚毒性最大。
河豚中毒症状
胃肠症状：食后不久即有恶心、呕吐、腹痛或腹泻等。
神经麻痹症状：开始有口唇、舌尖、指端麻木；继而全身麻木、眼睑下垂、四肢无力行走不稳、共济失调，肌肉软瘫和腱反射消失。
呼吸、回流衰竭症状：呼吸困难、急促表浅而不规则紫绀，血压下降，瞳孔先缩小后散大或两侧不对称，言语障碍，昏迷，最后死于呼吸、回流衰竭。
河豚毒素毒理作用的主要表征是阻遏神经和肌肉的传导。除直接作用于胃肠道引起局部刺激症状外，河豚毒素被机体吸收进入血液后，能迅速使神经末梢和神经中枢发生麻痹，继而使得各随意肌的运动神经麻痹；毒量增大时会毒及迷走神经，影响呼吸，造成脉搏迟缓；严重时体温和血压下降，最后导致血管运动神经和呼吸神经中枢麻痹而迅速死亡。TTX可选择性地抑制可兴奋膜的电压，阻碍Na+通道的开放，从而阻止神经冲动的发生和传导，使神经肌肉丧失兴奋性。
此后，多数研究工作都是围绕着TTX阻断可兴奋组织的Na+通道而展开。河鲀对TTX具有抵抗力和免疫性。河豚毒素的结合位点位于钠离子通道内高度保守的成孔区域（P-loop），该区域有与TTX高度亲和的芳香性氨基酸。如果该区域出现由芳香性氨基酸向非芳香性氨基酸的氨基酸置换，就会显著影响它与TTX结合的灵敏度。在对河豚毒素没有免疫力的生物体内，钠通道的α-亚基上存在河鲀毒素的受体，河鲀毒素与α-亚基门孔附近的氨基酸残基结合，阻止钠离子进入细胞内，引起河豚毒素中毒。
