棕色大熊猫是一种较为罕见的大熊猫变种个体。截止2019年，有科学记载以来世界上一共仅发现过六只棕色大熊猫，发现地点均为大熊猫的重要栖息地之一陕西秦岭山脉核心地区。关于棕色大熊猫产生的原因，科学家对这种现象有下面几种推测：
第一种认为棕色大熊猫的出现可能是由于影响毛发色素合成的微量元素在秦岭地区的土壤、水源中含量异常，因而影响它的毛发中的黑色素的合成。但如果是这个原因，该地区所产的大熊猫种群中似乎应该有从黑色到棕色变化的各种毛色的中间类型，但迄今为止尚未发现这样的居间类型；
第二种认为棕色的体毛是由于基因突变所引起的，但在自然界由于基因突变而影响毛色的现象出现的概率很低；
第三种认为棕色毛色是一种原始的性状，即返祖说；
第四种认为这是一种隐性基因纯合的结果，假设体毛的颜色由一对基因来控制，则控制棕色体毛的基因为隐性。只有当亲本双方同时携带有这种基因的时候，它们的子一代才可能出现隐性基因纯合，从而生长出棕色的体毛。第四种解释虽然似乎比较圆满，但由于人们掌握的有关资料还很少，所以要揭开棕色大熊猫之谜还有待于进一步的研究。
1986年4月，大熊猫丹丹发情期间，分别通过利用冷冻精液进行人工授精和与饲养在佛坪自然保护区的雄兽“弯弯”交配的方法使之怀孕，并于当年9月13日产下2个幼仔，但都没有成活。1989年4月丹丹再次发情时，又与弯弯交配，受孕后于当年8月31日产下1个雌性幼仔，经过精心护理，幸运地存活下来，但生长发育比较迟缓，取名“秦秦”。不过，丹丹所生育的幼仔的毛色均为黑白相间，没有任何棕色。
据居住在秦岭的一位老猎人说，他曾经早在1954年就在野外见到过一只毛色与丹丹相同的大熊猫。此外，还有其他人也曾在野外见到过棕色大熊猫的1只成体和1只幼仔。所以，在秦岭很可能一直同时存在着具有两种不同毛色的大熊猫，但棕色大熊猫并不是一个独立的种群。棕色的体毛被科学家们认为是很多动物的一种原始性状的表现，那么在秦岭发现的体色为棕色与白色相间的大熊猫很可能是它的一种返祖现象。
2015年8月科学家认为棕白相间的熊猫是拥有遗产基础的，可能是双隐性基因的结果，这是一种基因或稀释因子基因的结合。中心的科学家们认为继续探索棕白大熊猫出现的秘密是很有必要的。秦岭山脉的大熊猫数目少并且很封闭，数量估计在200到300之间。有一些专家认为熊猫的棕毛可能跟当地独特的地理气候条件有关，当地的土壤和水源可能对熊猫的毛色有影响。
