更加让盟军高层震惊的是，据相关文件表明，就在日本即将投降之际，东京陆军大本营曾秘密发布一道命令：杀掉所有幸存战俘。盟军总部随即命令美军太平洋舰队制定营救方案，并实施行动。
太平洋战争初期，盟军约35万人被日军俘虏。为支撑侵略战争，日军打算充分利用这些战俘的人力资源，想出了“以战养战”的军事策略。
1942年6月25日，总理大臣东条英机发布训令：“在日本，我们对于俘虏既然具有自己的观念，那么在待遇上自然也多少要与欧美各国不同。在处理俘虏时，你们自当遵守各种有关规定，以期处置得当……但同时应不使他们有一天不劳而食。应充分利用他们的劳力和技术来增加我国的生产，并应努力使其有助于大东亚战争的实行而不让有任何人力的浪费。”
实际上，日军战俘集中营是一个不折不扣的“死亡战俘营”。
其中，战后被远东国际军事法庭判定为与“南京大屠杀”齐名的“巴丹死亡行军”和“泰缅死亡铁路”虐俘暴行，广为人知。
日本联合舰队偷袭珍珠港后，日本陆军开始疯狂进攻菲律宾，在菲律宾巴丹半岛上，与美国及菲律宾的联合军激战达4个月，最后因缺乏支援与接济，美菲守军于1942年4月9日约7.8万人向日军投降，投降人数约有78,000人，这些战俘近8万人被强行押解到100公里外战俘营，一路无食无水，沿路又遭日寇刺死、枪杀，总共死了约1.5万000人。
二战期间，日本为占领缅甸修建连结泰国曼谷和缅甸仰光的铁路，工程使用盟军俘虏6.2万人，战争结束前1.2万人死亡。由于建设时工人的死亡率超高，被冠予“死亡铁路”。 一位幸存战俘曾回忆，同伴一个接一个地倒在地上，整个工地尸横遍野，惨不忍睹。而当时一位亲身经历的日军士兵在回忆录，曾描述：“火车穿过丛林，丛林里的战俘，没日没夜地干活。他们都光着身子，白种人特有的粉红色皮肤上尽是血污。日本军官在后边挥舞着鞭子驱赶他们。”
