整部辞典按照历史的时间顺序分为上、中、下三卷，分别是南京大屠杀前、南京大屠杀期间、南京大屠杀后。上卷包括南京大屠杀历史背景、日机轰炸南京与南京空战、日机攻击南京、南京安全区及其难民营的成立、南京保卫战、南京沦陷等6篇；中卷包括集体屠杀、零散屠杀、劫掠、纵火与破坏、性暴行、南京安全区及其难民营的救援、南京伪政权、伪组织、南京军民的抗争、焚尸灭迹与尸体掩埋、中外媒体的报道等9篇；下卷包括战时及战后的调查、日本投降与战后审判、南京大屠杀的证人与证据、南京大屠杀历史研究、南京大屠杀遇难者纪念等5篇。每一篇按照事件、机构、相关文献、人物等内容列有词条。
“1937年8月15日，日本飞机就开始轰炸南京城，轰炸也炸死了很多无辜的平民。”高晓星表示，特别是9月以后，日机轰炸的频率非常高，有时候一天来几十架，多的时候有上百架。“将主要军事设施摧毁完毕后，日机开始了无差别轰炸。”他说，当时日军航空队军官下令，不要以击中目标为目的，而要让中国人恐惧。“日机不仅仅是轰炸南京的军用机场，商店、学校、医院、平民居住区、水厂、电厂、公交枢纽等等都无一幸免。”他表示，南京老百姓饱受空袭之苦，一听到防空警报整个心都悬起来，急急忙忙跑到防空洞。
“南京大屠杀不仅仅是日本士兵用枪、刺刀杀害市民，那些空中的强盗也成为第一批刽子手。”高晓星告诉中江网记者，自己看过很多历史照片，在日本轰炸过后的地方，树上挂着破碎的肢体、内脏，惨不忍睹。抗战八年里，一共有6000多名航空烈士献出了宝贵的生命。“在南京的抗日航空烈士纪念碑上镌刻了3304名英雄名字，后续名单正在收集中。”他说，这其中还包括了原苏联、美国等国家的志愿航空队飞行员。“我们今天的生活来之不易，站起来的中国人会越来越坚强。”他说，一定要牢记国耻、牢记苦难历史，珍惜和平，创造更好的未来。
“和解需要正义、真相，正义力量团结是为了和平。”南京大学历史学系教授刘成表示，南京作为世界四大殉难城市之一，重任在肩。“人们应该牢记战争对人类的残害，而去珍惜和平，这才是最好的纪念。”他说，此次国家公祭日的设立，是以国家之名表明正义立场。据中江网记者了解，南京大学也在全国率先开设和平学课程。
