德里苏丹国瓦解造成的权力真空并没有持续很长时间，新的穆斯林征服者很快在西北方出现。1526年，突厥人帖木儿的直系后代巴卑尔从中亚进入印度，在第一次帕尼帕特战役中击溃了罗第王朝的最后一个苏丹易卜拉欣·罗第。巴卑尔占领了德里并被尊为“印度斯坦的皇帝”。
他继而在1527年击败拉其普特人，1529年又消灭了阿富汗人的残存力量。由巴卑尔建立的政权被称为莫卧儿帝国。
德里苏丹国瓦解造成的权力真空并没有持续很长时间，新的穆斯林征服者很快在西北方出现。1526年，帖木儿的直系后代巴卑尔从中亚进入印度，在第一次帕尼帕特战役中击溃了罗第王朝的最后一个苏丹易卜拉欣·罗第。巴卑尔占领了德里并被尊为“印度斯坦的皇帝”。
他继而在1527年击败拉其普特人，1529年又消灭了阿富汗人的残存力量。由巴卑尔建立的政权被称为莫卧儿帝国，意为“蒙古人的帝国”，因为巴卑尔的血统由母系可以上溯到成吉思汗。巴卑尔的统治只是莫卧儿帝国的肇始，他还未来得及巩固莫卧儿人在北印的地位便已去世。
行政、司法和财政制度都没有建立；这些关键事物实际上是由莫卧儿人的敌人舍尔沙缔造的。舍尔沙是南比哈尔地区的阿富汗人首领，他在1540年打败并赶走了巴卑尔的继承人胡马雍，短暂地恢复了阿富汗人在印度的统治。
舍尔沙的统治时期很短，但是却十分重要。他压服了孟加拉的叛乱，并把它分成19个小行政单位；征服瓜廖尔；打败了最强的拉其普特人领袖马尔德夫。在短短5年之内，几乎整个印度北部都被他征服了。
在舍尔沙于1545年阵亡之前，他已经在北印建立了自上而下的行政制度，举行土地清丈以确定税制，并进行了货币改革。舍尔沙的统治事实上为莫卧儿帝国的最终建成铺平了道路。
在舍尔沙死后，胡马雍得到波斯国王太美斯普一世的支持返回印度，不久夺回德里；但他在与主要敌人阿迪尔沙阿交锋之前突然死去，完成莫卧儿人伟业的任务归于其子阿克巴。
阿克巴最强大的敌人是阿迪尔沙阿的印度教将军喜穆。喜穆利用胡马雍之死夺取阿格拉和德里，并自称为“超日王”，可能在印度复兴起一个印度教的王朝。阿克巴在1556年关键的第二次帕尼帕特战役中打败了喜穆，于是在印度再也没有可以与莫卧儿人抗衡的力量了。
阿克巴是莫卧儿帝国的真正建立人和最伟大的皇帝。他在漫长的统治期间征服了印度北部全境，并把帝国的版图第一次扩展到印度南方。
由于对拉其普特人采取怀柔政策，大多数好战的拉其普特部族都归顺了帝国的统治。对异教的宽容是阿克巴的显著特点，他不仅免除了非穆斯林的人头税，还企图倡导一种融合印度教与伊斯兰教的宗教改革。以苏巴（省）为单位的全国行政制度形成了，印度教徒也被允许担任政府官员。阿克巴时代的印度是伊斯兰世界最强大的帝国之一。
阿克巴去世后，莫卧儿帝国先后由贾汉吉尔和沙阿·贾汉统治。这是两个才能较为逊色的统治者，沙阿·贾汉终于被自己的儿子奥朗则布推翻失去了皇位。
奥朗则布是莫卧儿王朝最重要但也最具争议的皇帝。他放弃了莫卧儿帝国初期尤其是阿克巴时代的宗教宽容政策，加强伊斯兰教的宗教地位，企图使印度完全伊斯兰化。奥朗则布恢复对非穆斯林征收人头税，将印度教徒逐出政府，并大举拆毁印度教庙宇与神像。
这些短视的政策导致帝国境内的非穆斯林与政府的矛盾突然尖锐起来，并很快演变成武装斗争。坚持自己信仰的锡克教徒和拉其普特人成为莫卧儿帝国公开的敌人；奥朗则布虽然多次打败他们，却无法彻底消灭其反抗力量。
最危险的国内敌人是新兴的马拉塔人国家，它后来发展出可与莫卧儿帝国匹敌的军事能力。另一方面，由于奥朗则布力图消灭他的政治对手，莫卧儿帝国帝国的疆域在他在位时扩张到最大限度。
他长期驻留在德干指挥对该地区各穆斯林小国的征服，这些国家是16世纪初德干的伊斯兰教强国巴赫曼尼王朝分裂后形成的。其结果是奥朗则布取得了胜利，将德干地区并入帝国版图，成为印度南方的最高统治者。除了次大陆极南端和马拉塔王国以外，奥朗则布统一了整个印度。
奥朗则布去世后的莫卧儿帝国称为“后期莫卧儿”。这一时期的特点是，皇帝大都昏庸无能，马拉塔人愈战愈强，大有取莫卧儿而代之的趋势。但是，决定印度命运的因素是欧洲列强。
