公元70年，罗马军队攻破耶路撒冷，摧毁第二神殿，把犹太人驱逐出以色列地，犹太人从此流散欧洲。由于巴勒斯坦土地贫瘠，缺乏自然资源，两千年来，只有极少数犹太人和阿拉伯人生活于此。20世纪初随着欧洲各国反犹势力驱逐犹太人，特别是纳粹德国和苏联尤甚。
欧洲各国的犹太人开始逐渐移民巴勒斯坦，早期到来的犹太人以农业拓荒为主。当时的巴勒斯坦地区为奥斯曼土耳其帝国的殖民地，在第一次世界大战后，英法从奥斯曼帝国手中抢走了对当地的统治权，英国人许诺犹太人可以在巴勒斯坦的土地上建立自己的国家。
随着移民巴勒斯坦的犹太人逐渐增多，当地阿拉伯人感到了威胁。阿拉伯人向英国政府进行抗议，由于担心阿拉伯人投靠纳粹德国，英国政府开始限制犹太人移民巴勒斯坦。并且把约旦河东岸土地划分给阿拉伯人建立国家外约旦。而犹太人只能采取偷运的方式把欧洲犹太难民带到巴勒斯坦地区，该组织在建国后成为以色列情报机关摩萨德。
截止1920年统计数据显示，巴勒斯坦地区犹太人数为6万人，阿拉伯人有60万。从1920年到1948年以色列建国，共有48万犹太人从欧洲各国移民至以色列。
1947年，英国政府把巴勒斯坦问题移交联合国处理，联合国通过表决将巴勒斯坦分割为一个阿拉伯国家和一个犹太国。在联合国通过表决过后，巴勒斯坦阿拉伯人就和犹太人打了起来，这是独立战争的第一阶段。
1848年5月14日以色列宣布独立，第二天以埃及为首的阿拉伯多国部队进攻以色列，以色列独立战争进入第二阶段，至1949年战争结束，共计70万巴勒斯坦阿拉伯人成为难民。由于埃及、叙利亚、黎巴嫩等阿拉伯国家想把这部分难民作为谈判的筹码，不愿意接收难民，并要求以色列全部接收，以色列断然拒绝。
以色列于1950年颁布“回归法”，给予全世界犹太人移民以色列的权利。从1948年到1972年，大约有82万犹太人被阿拉伯国家驱逐。大部分都被以色列接收。从1990年至今，超过100万犹太人从苏联移民至以色列。
六日战争后，基于自身安全考虑，以色列占领约旦河西岸和加沙地带，而这些区域生活着大量的巴勒斯坦人，并且该地区经济落入，这大大加重了以色列的军事和经济负担。
当后来以色列单方面退出加沙后，巴勒斯坦极端分子通过该地区向以色列发射火箭弹，三年不少于一万枚。
由于以色列从未正式兼并耶路撒冷以外的西岸，生活在这些地区的巴勒斯坦人不能享有以色列阿拉伯公民一样的权利，激起不满，导致该地区暴乱不断。后来以色列又鼓励在这些地区设立犹太人定居点，这更加惹怒了巴勒斯坦人。
六日战争过后，巴勒斯坦人发现阿拉伯国家靠不住，还是要靠自己推进该地区的独立，随即成立了巴勒斯坦解放组织，阿拉法特为他们的精神领袖。巴解组织发动了一系列针对以色列的包括劫持飞机在内的恐怖活动。
巴解组织在黎巴嫩不断扩充自己的军事实力，并且频繁潜入以色列实施袭击。1982年，以色列国防军入侵黎巴嫩驱除巴解组织。阿拉法特以及巴解组织成员被驱逐至突尼斯。
1993年，以色列总理拉宾同巴解组织主席阿拉法特进行和谈并签署原则宣言，希望双方能够推进和平，睦邻友好，共同发展。
双方因此获得诺贝尔和平奖。但实际结果并不理想，双方依然冲突不断。巴以和谈一直持续至今。
