盟旗制度是清朝为分化蒙古族，控制其上层贵族而实行的政治制度。天命九年（1624）后金统治者对归附的蒙古部众，按八旗组织原则在其原有社会制度基础上编制旗分，后复以此办法陆续安置归附的蒙古诸部。至乾隆三十六年（1771年），土尔扈特部蒙古返归中国后，全蒙古部众悉数被纳入盟旗体制。
盟（蒙语：аймаг）为旗的会盟组织，合数旗而成。每盟设盟长一人、副盟长一人，原由盟内各旗札萨克在会盟时推举，后改由理藩院就盟内各旗札萨克中签请皇帝派人兼摄。喀尔喀蒙古各盟是在部的基础上建立的，所以部长又是盟长。
旗（蒙语：хошуу）是清廷设在蒙古地区的行政、军事单位，也是清朝皇帝赐给旗内各级封建主的世袭领地。旗是经过编织佐领，安置属民，分给牧地，划定旗界，任命札萨克形成的。任命札萨克时，不但要考虑在部内的影响及地位，而且还要考虑对清廷是否忠顺有功。
发展历程
渊源
清代盟旗制度的渊源，是蒙古族原有的鄂托克、艾马克社会组织，“楚固拉干”的集会，以及努尔哈赤时期创建的满洲八旗制度。
明清之际，我国蒙古族正经历着封建领主制发展阶段。蒙古族居住地区形成的各部，实际上就是大小不一、规模不等的各个封建领主集团。每个封建领主都拥有一定的领地和“阿寅勒”（牧户）。
大领地叫做“兀鲁思”，由大的部落集团构成，并以该集团中强大部落名称为该兀鲁思名称。兀鲁思可以分成若干互相联合的、大的阿寅勒群，这些阿寅勒群在一块共同的土地上游牧，由这块土地的世袭领主做首领，该首领隶属于兀鲁思领主，人们称这种阿寅勒联合体为“鄂托克”。
所以，鄂托克是一块小领地上的地缘结合体，是明清之际我国蒙古族社会中的基层组织，所有蒙古人都必须加入。在鄂托克中，一家一户的阿寅勒是基本的经济单位，他们要提供赋税和兵役。鄂托克又是一个军事组织单位，由鄂托克成员中的壮丁组成的武装集团叫“和硕”。每一个鄂托克根据人口多少，提供人数不等的和硕队伍。
兀鲁思除了分成若干鄂托克外，还可以分成若干“艾马克”。爱马克是游牧于同一地区的同族“阿寅勒”（牧民）集团，是部落的分支，是近亲家族的结合。爱马克也必须要有共同的牧地，否则某一集团就不能称为爱马克。爱马克和鄂托克的主要区别是：爱马克不仅以地缘关系为基础，而且必须属于同一的亲族集团。
鄂托克则只以地缘关系为基础，阿寅勒之间不一定存在着亲族关系。爱马克本身的大小，彼此之间可以相差十分悬殊。有时，一个爱马克就是一个鄂托克，甚至是一个兀鲁思；有时，几个爱马克才构成一个鄂托克。由于鄂托克经常以处于支配地位的爱马克命名，所以，在实际中，爱马克和鄂托克两词常常互相代用。
明清之际我国蒙古族社会中，在大小封建主之间，还存在一种集会叫“楚固拉干”。这种集会不是一种常设机构，集会地点、参加人员也都不固定，而是由参加集会的封建领主根据彼此间的关系事先商定。集会规模的大小也不尽相同，有时在一个兀鲁思内部进行，有时在几个兀鲁思之间召开。
楚固拉干盟会解决的主要问题，或是调解彼此间的关系，或是商讨重要的行政、立法事项，或是建立军事和贸易方面的盟约。蒙古族社会中鄂托克、爱马克和楚固拉干的存在，为清朝在蒙古地区建立盟旗制度奠定了基础。
建立
1636年，后金改元为清，是蒙古各部从后金的盟友变为清朝的属臣的开始。林丹汗的覆灭，表明蒙古社会政治核心的崩溃，清朝的迫切任务是迅速填补这个空白，代之以自己的制度和秩序，把蒙古的力量重新组织起来。清朝在蒙古的制度建设方面必须要考虑三个因素：
其一是必须建立社会秩序，建立行政区划和各级行政管理组织；
其二是制度的建设必须与蒙古社会传统保持一定的延续性，以避免不必要的麻烦；
其三是蒙古地方组织只能属于中央，而不能产生与中央相抗衡的新的政治核心的基础，因而在制度设计上要采取必要的分割和羁縻措施。于是就有了盟旗制度在蒙古的实施。
旗分两类：
①清中央委派大臣、都统、将军直接节制的总管旗，统称内属蒙古，共61旗。
②清中央理藩院监督的札萨克旗，统称外藩蒙古，共201旗。札萨克旗又有内、外之分。
废除
盟旗制度使蒙古族人民不能越旗游牧、耕种及往来、在明代封建主长期内讧之后，对稳定蒙古社会秩序起过一定作用外，基本上妨碍了蒙古族的进步和发展。1949年后，盟旗制度已彻底废除，仅保留盟旗称谓。盟相当于专区，旗相当于县，内蒙古自治区采用盟旗称谓的有3盟、49旗以及3个自治旗。
