日本与南宋之间并没有直接建交，但是民间贸易却往来频繁。南宋初期因忙于宋金战争，双方贸易很少往来，日本史籍记载仅有宋商刘文仲一例。
外贸
但宋金战争结束一段后，日本方面政局也发生了改变。保元平治之乱后，平家崛起，武士开始掌握政权，平清盛掌权时大力鼓励对宋贸易，修建大轮田泊，拓宽濑户海峡，将贸易中心将九州博多迁往离京都较近的福原（今神户），并在掌权晚期一度迁都福原。日本承安二年，公元1172年，宋明州刺史送来方物文书。次年，后白河法皇回赠金橱（内装彩革三十张）一个，金提箱（内装砂金一百两）一只，平清盛赠剑一把，提箱（内装武具）一个。此后双方开始交流频繁。源平合战结束后，平家灭亡，镰仓幕府建立。因不堪幕府权力斗争，三代将军源实朝一度试图逃亡南宋。双方这种关系一直持续到蒙古袭来，元世祖忽必烈两度攻打日本，双方关系迅速恶化，民间贸易由此中断。双方贸易的物品，来自南宋输入日本的物品以香药、书籍、织物、文具、茶碗等为主，另外宋钱也大量流入日本。日本输出到南宋的大宗物品以黄金、沉香、硫磺、药材、木材等为主，此外一些工艺品如刀剑、扇子、水晶也都享誉海外。
建筑
南宋时“唐样”和“大佛样”传入，完全有别于此前传入日本的中国南北朝和唐朝建筑风格做法，成为日本建筑史上重要的建筑类型。
唐样建筑（这里的“唐”只是中国的泛称，并非指中国的唐朝），又称禅宗样，来源于南宋时期今江浙地区的禅宗佛寺建筑。
外观上，枓栱制作细腻且排列细密，补间铺作最多达两朵，形制与柱头铺作一致，采用重栱计心造，这是中国木构建筑在宋朝新出现的突出特征，明显有别于唐朝木构建筑和日本和样建筑（“和样”是日本另一重要的木构建筑形式，为盛唐建筑做法经过日本化后的式样）。内部结构上，“串”的运用，梁、铺作穿插连接、咬合一体的有机构成形式，体现和反映了江南厅堂作法的一些特征。
外檐装修小木作的睒电窗、欢门造门窗（日本称为华头窗、火灯窗），虽然在中国南北方佛寺皆用，但宋元尤盛行于江南。
日本中世“唐样”带有典型宋元江南木构建筑迹象之处还有很多，不详述。具体可参见张十庆教授的《中国江南禅宗寺院建筑》。
渡宋日僧还有一项重要遗物——《五山十刹图》，这是日本僧人对南宋今江浙地区佛教禅宗寺院的绘图，内容丰富，涉及伽蓝配置、寺院建筑、各类家具、法器等等，既是实录，又是回国兴建禅宗寺院的重要蓝本。由于南宋建筑存世稀少，今天更是研究南宋江南佛寺建筑、家具至为重要而珍贵的资料。
南宋向日本输出的东西，比如尺八（现在学术界普遍认可日本当前传承的尺八不是继承自唐尺八，而是继承自南宋尺八）还有“点茶”饮茶法，在两宋很流行。
总体来说官方并没有什么交流，但民间交流频繁，南宋繁荣的海外贸易更是促进了民间交流。
