陈寅恪在燕大授课的日子里，由于住居条件糟糕，生活贫苦，陈寅恪已经高度近视的左眼视力急剧下降，致使学生的考试卷阅毕，要把分数登记在成绩表上，因表格较小，印刷质量又极度糟糕而无法看清。为免登记错格，只得叫女儿流求协助完成。
稍感幸运的是，后来上课地点由陕西街改到华西大学文学院，陈家搬入华西坝广益宿舍，住居条件得到改善，上课也无需再跑远路，陈氏身心才得到些许安顿。从陈流求的回忆中看到，陈寅恪仍然每学期从开学第一天起就准时夹着他的布包袱走出家门，步入教室。而这个时候，唐筼的心脏病不时复发，又整日为柴米所困，一家老小仍旧是苦不堪言。
1944年2月25日，陈寅恪再次致信傅斯年：“别后曾上一书，千头万绪，未能尽其一二也，现又头晕失眠，亦不能看书作长函，或可想像得之，不需多赘。中央研究院评议会三月初开会，本应到会出席，飞机停航，车行又极艰辛，近日尤甚，此中困难谅可承知我者原宥。唯有一事异常歉疚者，即总办事处所汇来之出席旅费七千零六十元到蓉后，适以两小女入初中交学费，及幼女治肺疾挪扯移用，急刻不能归还。”
“现拟归还之法有二：（一）学术审议会奖金如有希望可得，则请即于其中在渝扣还，以省寄回手费。（二）如奖金无望，则请于弟之研究费及薪内逐渐扣除，若有不足，弟当别筹还偿之法，请转商骝先先生，并致歉意为感，弟全家无一不病，乃今日应即沙（淘？）汰之人，幸赖亲朋知友维护至今，然物价日高，精力益困，虽蒙诸方之善意，亦恐终不免于死亡也。言之惨然，敬叩。”虽“言之惨然”，但陈寅恪的教学仍一丝不苟，全身心地投入其中。
1944年8月，教育部核定西南联大罗常培、吴宓休假进修一年，去向自愿。罗常培前往美国进修学业；吴宓由于对陈寅恪的牵挂，与燕大代理校长梅贻宝联系，取得了到燕大讲学的机会。吴氏整理行装由昆明出发，于同年10月27日来到成都燕大，得以与老友陈寅恪相聚一校。
对于二人相见后的情形，吴宓之女吴学昭在《吴宓与陈寅恪》中这样记述道：“父亲与寅恪伯父四年多不见，感到寅恪伯父显得苍老，心里很难过。使他更为担心的是寅恪伯父的视力，右眼久已失明，唯一的左眼劳累过度，而战时成都的生活又何其艰难！寅恪伯父有‘日食万钱难下箸，月支双俸尚忧贫’的诗句，说明物价飞涨，货币贬值的严重。”
“从父亲当时《日记》中的片言只字，也可看出一二：‘晚无电灯，早寝’，‘无电灯，燃小菜油灯’，‘窗破，风入，寒甚’，‘晚预警，途入驰奔’，‘旋闻紧急警报，宓与诸生立柏树荫中，望黯淡之新月，远闻投弹爆炸之声’……”又说：“父亲很清楚，对于寅恪伯父来说，视力是何等的重要。然而，使父亲最为忧虑和担心的事，不久还是发生了。”
所谓最担心的事，便是陈寅恪眼睛失明。这年冬季的某个上午，陈寅恪来到课堂满含忧伤地对学生们讲：“我最近跌了一跤后，唯一的左眼也不行了，说不定会瞎。”众人听罢，大骇，但又不知道该做些什么，只有在心中暗暗祈祷：这样的大不幸万万不要降临到面前正处于苦难中的大师身上。但祈祷终究成为徒劳，就医学角度言，凡高度近视者若眼睛受到磕碰，或自身用力过猛，皆可造成视网膜脱离，并导致失明的严重后果。
这年的11月23日，陈寅恪在给傅斯年与李济二人的信中写道：“弟前十日目忽甚昏花，深恐神经网膜脱离，则成瞽废，后经检验，乃是目珠水内有沉淀质，非手术及药力所能奏效，其原因是滋养缺少，血输不足（或其他原因不能明了），衰老特先，终日苦昏眩，而服药亦难见效，若忽然全瞽，岂不大苦，则生不如死矣！现正治疗中，费钱不少，并觉苦矣，未必有良医可得也。”此征兆当为双目失明前的预警，陈寅恪已深知后果之严重，遂心有恐惧，感伤至极，发出了若果真如此则生不如死的悲鸣。
就在绝望之时，陈寅恪仍没忘记替求助自己的后学尽一份绵薄。他在致傅、李的信中接着写道：“兹有一事即蒋君大沂，其人之著述属于考古方面，两兄想已见及，其意欲入史语所，虽贫亦甘，欲弟先探尊意，如以为可，则可嘱其寄具履历著述等，照手续请为推荐，其详则可询王天木兄也。弟不熟知考古学，然与蒋君甚熟，朝夕相见，其人之品行固醇笃君子，所学深浅既有著述可据，无待饶舌也。”
陈寅恪信中所言是客气和得体的，以他的性格和知人识物的洞见，所述当与事实不会出入太大。尽管由于诸种原因，这位蒋大沂君最终未能入主史语所，但就陈寅恪对德才兼备之人才理想与前途的瞻念，颇令人感喟——尤其在如此不幸的际遇之下。当然，除蒋大沂外，陈寅恪在抗战前后，曾向教育科研机构荐举后学若干人，如于道泉、戴家祥、张荫麟等，皆得到过陈氏的提携荐举。尤其在举荐吴其昌时，可谓不遗余力，颇具感情和血性。
他在给北平师范大学校长陈垣的信中，曾急切、热忱地说道：“吴君高才博学，寅恪最所钦佩，而近状甚窘，欲教课以资补救。师范大学史学系，辅仁大学国文系、史学系如有机缘，尚求代为留意。”又说：“吴君学问必能胜任教职，如不胜任，则寅恪甘坐滥保之罪。”其用力之深，感情之厚，肝胆相照之人格魄力，令后人观之不禁为之欷歔。
然而历史竟是如此地无情，生命中的不幸际遇，并没有因陈寅恪的向善向真和拳拳之心而改变，相反的是进一步加剧了这种不幸。12月12日晨，陈寅恪起床后感到眼前一片漆黑，左目已不能视事，世间的光明将要永远离他而去。而这时夫人唐筼心脏病复发，幼女美延也已患病，陈氏强按心中的恐慌与悲情，急忙把女儿流求喊来，让其立即到校通知自己不能上课了，请学校另作安排。
14日，在仍不见好转的情况下，陈寅恪只好住进陕西西街存仁医院三楼73室求治。经检查，左目视网膜剥离，瞳孔内膜已破出液，必须立即施行手术。而医生私下对前往探视的燕大教授马鉴与吴宓等人说，如此糟糕的情形，“必将失明”。马、吴二人听罢恐慌不已。
18日，医院决定为陈寅恪施行手术，若顺利或许还有一线希望。手术过后，陈氏的头部用沙袋夹住，不许动弹，以免影响手术效果。孰料术后效果极差，吴宓于次日前去探望，“仅得见夫人。筼言，开刀后，痛呻久之。又因麻醉药服用过多，大呕吐，今晨方止。不能进食云云”。
手术12天后，医生私下对唐筼言：“割治无益，左目网膜脱处增广，未能黏合。且网膜另有小洞穿破等。”病中的陈寅恪虽未知细节，但有所感，一时大为忧戚，焦躁不安。夫人唐筼每日守候寅恪身旁，既要顾家，又需照料病人，不久因劳累过度引发心脏病卧床不起。作为陈寅恪在燕大唯一的研究生石泉，出面邀集并组织燕大学生轮流值班，女生值白班，男生值夜班，如此跑前跑后的忙碌，令陈氏夫妇在心灵上得到一丝抚慰，陈寅恪的情绪也慢慢稳定下来。
时任燕大代理校长的梅贻宝前去探望，陈寅恪大为感动，对其曰：“未料你们教会学校，倒还师道有存。”许多年后，已是80高龄的梅贻宝在其回忆录中写道：“我至今认为能请动陈公来成都燕京大学讲学，是一杰作，而能得到陈公这样一语评鉴，更是我从事大学教育五十年的最高奖饰。”想来陈氏之语是出于本真，而梅氏之言也是发自肺腑的吧。
