1216年，约翰得到了第五次十字军发动的消息，他与穆斯林的和约在1217年到期。
1217年8月23日，安德鲁二世率领十字军开始登上威尼斯人准备的舰队。鉴于第二次十字军的失败与第三次十字军的部分成功，走海路的模式已经得到了一致认可。这样就可以避免效率低下的陆地进军，回避小亚细亚半岛上的尼西亚希腊人与罗姆突厥人袭击。
为了不再因资金不足而被威尼斯商人要挟，教廷在谋划阶段就动足了脑筋。不仅宣布参与者将会得到救赎，连出资捐助者也享有同样的期许。当然，包括匈牙利国王在内的大小贵族，也在肉身参与的同时，自掏腰包支付了一部分费用。
同时，为了避免威尼斯人与骑士领主们再次变卦，作为教皇全权代表的加尔瓦尼大主教也一并前往。他不仅是教廷派驻十字军部队的监军，也具有重大决策方面的一票否决权。
这年10月9日，十字军来到了作为中转站的塞浦路斯岛。在英王理查一世出售该岛的所有权后，这里大部分地方就成为了前耶路撒冷国王盖伊（吕西尼昂的居伊）的领地。同时，著名的医院骑士团和威尼斯共和国，也在岛上设有独立的分支机构。
因此，塞浦路斯就成为了十字军在东方的最重要基地。一行人在那里得到了宝贵的休整时间，并补充了淡水等补给品。已经是塞浦路斯国王的盖伊和岛上的医院骑士，也自动加入了这支十字军。他们的经验是军中大部分士卒所缺乏的。
此后，重新起航的舰队抵达了当时的耶路撒冷王国首都——阿克港。当地已经是新国王约翰的自留地，并有坚持战斗的圣殿骑士和条顿骑士支持。一次重大会议也在当地召开，连安条克公国的博希蒙德四世也赶来参与。在大局面前，原本已经分崩离析的各圣地势力，暂时又联合到了一起。所有人都同意主动出击，抓住不可多得的战略机遇。
在天主教欧洲忙于内部倾轧的时候，他们在圣地的传统对手也每况愈下。由萨拉丁亲手建立的阿尤布王朝，已经在他死后出现了地区分化。当第五次东征的十字军在黎凡特登陆后，阿尤布势力仅仅依靠着萨拉丁的后继者阿里-阿迪尔在维持。
阿迪尔在其统治的大部分时间里，享受着同十字军势力的脆弱和平。他主张与阿克等港口城市通商，以降低十字军王国的战争欲望。同时，因为十字军势力的长期存在，叙利亚地方派们也必须仰仗开罗的宫廷支持。并非阿尤布嫡系的各叙利亚穆斯林势力，则尝试两头要好处。同十字军贸易换汇，并享受埃及苏丹的军事保护。三方在20年里保持着微妙的平衡，但教皇主导的第五次东征，终究在1217年打破了这个局面。
11月，安德鲁二世指挥着大部分十字军开始朝着耶路撒冷方向前进。厉兵秣马的他们，拥有超过1万人的骑士和各类骑兵，以及至少同等数量的步兵。有了哈丁之战与阿尔苏夫战役的前车之鉴，十字军沿途都靠着约旦河的水源前进。重步兵被要求组成数个硕大的空心方阵，将弓弩手、骑士和辎重都保护在当中。叙利亚本地的轻骑兵和突厥雇佣兵，则策马在四周警戒。这种做法虽然会影响行军速度，但保证了大军的安全。
10日这天，十字军抵达了约旦河与加利利海边上的重镇--贝特赛达。这是阿尤布王朝在当地的众多堡垒之一。苏丹阿迪尔的军队也已经完成集结，准备拦截行动迟缓的对手。但他们的数量不足以压制数万十字军，承平日久也消磨了他们的战斗技能和意志。当阿尤布人使用萨拉丁时代的经典突厥战术时，发现大量的弓骑兵对于严阵以待的十字军没有太大效果。后者的远射部队，在前方的人肉盾墙掩护下，展开从容不迫的还击。数目有限的古拉姆重骑兵和城市步兵，也无法撼动步兵阵线与骑士集团的反击。觉得局势不妙的他们，迅速放弃了正面抵抗，撤退到城市和附近的要塞中固守待援。
十字军原本有希望扩大战果，但后勤的调度失误还是葬送了野战成果。长期的战乱，已经让巴勒斯坦地区的树木资源变得非常有限。制作攻城武器的木料，都需要从后方运输。但这一工作的缓慢，让十字军无法攻克黎巴嫩和泰伯山上的穆斯林要塞。长期的围困和集中驻扎，反而引起了疾病的流行，安德鲁二世也因此病倒。
1218年年初，安德鲁二世萌生了退意。他带着击败穆斯林军队的威名和从战区附近搜罗来的古代文物，返回了匈牙利。匈牙利人为主的十字军部队，也一并踏上了回乡之路。知道无法继续下去的塞浦路斯和安条克人，也只能无功而返。第五次东征的第一阶段就这样草草结束。
作为对偏离了正道的第四次十字军后果的态度，英诺森三世最终宽恕了洗劫君士坦丁堡的骑士们，恢复了他们的教籍，但对于收复圣地的大业，他并没有善罢甘休。接下来的时间里，他忙于指导对异端阿尔比派和在西班牙的十字军，直到1215年，这些运动告一段落，他在自己权力的顶峰、第四次拉特兰会议上宣布发动新的十字军。然而第二年，他还没来得及看见十字军的发动就去世了。
他死后3天，选出了新教皇洪诺留三世（Honorius III）。霍诺留斯立即写信给各国君主，一些法国和德国骑士响应了号召，弗里斯兰人同意派舰队参加。1217年，这支十字军在意大利集结过冬。
本应宣告结束的东征，在原班人马离开后又迎来了第二批执行者。1218年4月，神圣罗马皇帝派来的小股援军抵达了阿克，随行的还有荷兰伯爵威廉带领的低地部队和弗里斯兰舰队。除了德意志地区的骑士外，不少是来自自由城市的雇佣军骑兵和步兵。
这支新生力量，并未立刻重复前人的尝试路线。考虑到军中的大部分成员，已经从擅长策马冲锋的武士，变为了适宜防御作战的城市雇佣军。他们也不准备冒风险再直接进攻耶路撒冷。阿尤布的军队在前一波人撤走后，已经加强了对黎巴嫩等地的控制。强行闯关的结果，不会有多么好看。
威廉等人便向耶路撒冷国王约翰和安条克公爵博希蒙德，兜售起自己的战略创新。十字军即便拿下耶路撒冷也难以坚持防御。阿尤布人一面调集军队增援北方，一面开始拆除圣城的所有防御工事。所以，不如由海路另辟蹊径，直到近东穆斯林势力的大后方埃及。如果摧毁了阿尤布在开罗的宫廷，叙利亚地方派便群龙无首。政治、经济和意志力上的摧残，将比军事打击本身更有成效。
当然，为了在远征时期保护圣地的基督教地盘，他们还需要新的人手。但奇里乞亚的亚美尼亚人，暂时无法提供足够的支援兵力。高加索地区的格鲁吉亚人也坦言，自己在遭到花剌子模与蒙古人的持续突袭下，无力出兵。
于是，通过安条克公国与亚美尼亚人的帮助，十字军联系到了往日的对头——罗姆苏丹国。后者开始厌倦了同十字军的冲突，并非常忌惮阿尤布王朝的扩张。因此，突厥人同意南下叙利亚，主动劫掠阿尤布王朝的城市。十字军的首次入侵埃及计划，便得以顺利实施。
5月24日，他们离开阿克驶往尼罗河三角洲。1218年5月27日，从阿克港起航的十字军部队，突然抵达了埃及的尼罗河口。
他们并不准备攻打更大规模的亚历山大港，而是直接瞄准了东面的港口杜姆亚特（达米埃塔）。因为这样所需的兵力更少，但位置更靠近圣地。
虽然因为天气原因，意大利人驾驶的船只是分散抵达的，但埃及的阿尤布王朝对此更加缺乏防范。持续了好几天的漫长登陆，就在几乎毫无阻拦的情况下完成。当后续部队抵达时，白天上岸的小规模先锋，已经建立了一个建议的设防阵地。他们在6月的大部分时间里，都忙于构筑更大规模的营地，并准备下一步的战斗。零星的守军骚扰，在万人级别的十字军看来并不是什么问题。
6月24日，十字军开始向内陆的杜姆亚特城挺进。大部人沿着尼罗河的支流前进，其余人则通过水路进发。阿尤布人在河口位置建立的防御高塔，挡在了他们面前。除了这座要塞和安装在顶层的配重投石机外，还有一条铁链封锁了水道。十字军在尝试从水上接近塔楼时，发现水位太浅，会让海船搁浅。于是，原计划的快速挺进，就成为了漫长的围困。已经有所准备的阿尤布人，用各种远射武器抵抗，挫败了数次强攻。
一直到8月24日，十字军才将改造好的攻城船开到高塔要塞附近。他们将2艘柯克帆船做了改造，合并成一个浮动的木质平台，平台之上有新建的塔楼和云梯。即便在守军火力覆盖的浅滩处被击沉，也足以起到致命效果。十字军还在上层的木质结构外，覆盖了浸湿的兽皮，预防守军的火攻之策。终于，坚守了两个月的高塔，在第二天宣布投降。
接着，十字军继续逆流而上，攻打已经得到了阿尤布动员力量增援的杜姆亚特主城。城中的60000-80000居民，大部分都已经撤离。数千守军则进驻了不大的城市。阿尤布人的机动力量，则在城市外待机而动。城市本身由一条护城河包围，内侧还有三道城墙保护，28座前后交错的塔楼，为守军提供了极佳的火力覆盖。
由于萨拉丁时代开始用外族部队替换本地的阿拉伯军事力量，所以阿尤布军队在战斗力提升的同时，也在规模上有了缩减。在大量野战军赶往叙利亚作战时，阿迪尔只能通过动员民兵组织和自己留在开罗的精锐应付。杜姆亚特则成为了非常关键的棋子，足以拖住规模庞大的十字军部队。他甚至下令将船只拖到港口处自沉，以便堵塞敌人的水路通道。所以十字军在正式攻城前，需要花不少精力来疏通水域。在发现这种做法会遭到守城部队的火力覆盖后，他们就转而疏通一条已经废弃的运河，用作通向城市的新路线。
十字军也在等待意大利舰队的增援，弗里斯兰人这时候等不及回家了，引起了大家的不满。
9月，当瘟疫和补给品精确问题浮现后，来自教廷的监军也一并抵达。新来者以阿尔巴诺主教[红衣主教佩拉吉乌斯（Pelagius）]为首，开始准备接管耶路撒冷国王约翰的指挥权。由此引发的各种扯皮，大大拖累了正在进行的土木作业。
9月，十字军开始向城墙发动进攻。10月，尼罗河西岸的阿尔-卡米勒两次企图打破对岸十字军的营地，均遭失败，不得不修筑工事、在河里沉船以自保。
11月，十字军无法过河，于是他们重新清理了一条久已废弃的运河，企图用船沿河而上进攻达米埃塔的另一侧。
但等到11月的冬季临近，运输补给的船队又遭遇了风暴袭击。总攻被迫推迟到了第二年春季。期间，他们得到了苏丹阿迪尔病死的消息。后者的军队也因为长期扎营而受到了疾病侵袭。
1219年2月初，新继位为苏丹的阿尔-卡米勒得到了情报，他的一个握有实权的埃米尔、库尔德酋长Imad-ad-Din正在策动库尔德部队阴谋反对他。他在叛军营帐里当场破获了这次阴谋，但他怀疑开罗的局势也不稳定，于是2月4日当晚，他赶回开罗了。
撤退的另一个原因是因为他知道自己的军队在静态对峙中的作用太过有限。不如用骑兵为主的野战力量，攻击需要进一步移动位置的对手。然而，在十字军主力依然建制完整的情况下，这种萨拉丁时代留下的突袭战术也不太管用了。
但撤退显得毫无秩序，5日晨，埃及人发现他们的库尔德统帅被抓了起来，苏丹本人也不在了，立即陷入混乱，四散奔逃。布里恩的约翰外出侦察，发现情况，于是十字军欢快地占领了埃及营地。埃及军队在上游重新组织起部队，但无力反击了。佩拉吉乌斯以这场胜利和早先的预言为根据，成了与约翰平起平坐的统帅。
不久，苏丹的使节来到十字军营寨议和，提出了优厚的条件：归还全部耶路撒冷王国，缔结30年的和约，换取十字军撤离埃及。阿尔-卡米勒的弟弟al-Mu'azzam已经在1月拆毁了圣地所有的堡垒，所以他可以把没有防御能力的地区送给十字军。约翰国王和当地及法国骑士愿意接受这一条件，但佩拉吉乌斯和意大利人、两大骑士团则拒绝接受。双方争执不下，佩拉吉乌斯利用自己的教会代表身份压倒了约翰。苏丹又派了使节来，另加30000bezant作为补偿，但仍被拒绝了。
尽管依靠骑兵的机动性优势，阿尤布军队又将十字军的进展延缓到了夏季，但他们还是在以龟速推进。
3月，苏丹的军队获得了增援。十字军仍然拿不下达米埃塔，包括奥地利公爵利奥波德在内的一些人回国了。然而5月，另一批援军来到，十字军又从南部在埃及军队的威胁下发动了新的进攻。6月，他们的3次进攻都失败了。埃及人也进行了反攻，31日他们甚至打到了圣殿骑士团的营寨里。
佩拉吉乌斯不顾骑士们的反对，坚持攻城。8月中，埃及进入旱季，河水下降，战船开不到城边去架攻城梯了，十字军中开始怨声载道，统帅们决定对城外的埃及军队发动一次总攻来扭转局势。
8月29日，疲惫不堪的十字军也放弃了原先的沉稳，进行了一次对阿尤布军队新营地的突袭。但急躁的心情让来自五湖四海的十字军出现了协调混乱。当部分骑士冲到卡米尔的营地时，还有很多人没有及时跟进。阿尤布军队利用这个机会，靠步兵逼退了数目有限的骑士。接着，包括早期的马穆鲁克骑兵在内，大部分阿尤布野战军发起了迅速反扑。队形散乱的十字军被击溃，吃到了第五次东征以来的第一场败仗。
但卡米尔却已经不愿意在有限的地域内，继续消耗自己的部队。他主动再次提出了和平解决方案，希望用耶路撒冷作为交换，让十字军退出尼罗河口。他还将归还在哈丁之战中夺取的圣十字架，并愿意出资为耶路撒冷修建新的城墙。
十字军也在长期的征战后，感觉精疲力尽。他们对杜姆亚特的进攻已是强弩之末。但以阿尔巴诺主教佩拉吉乌斯为首的教廷监军，开始动用自己的否决权。意大利人则希望拥有一个在埃及的港口基地，联合了骑士团一起支持监军们的决议。在他们的逼迫下，和谈无疾而终。
这场漫长的对峙，就这样又持续到了1219年的11月。达米埃塔城内的情况也恶化了，城市被围半年多，粮食耗尽。苏丹的军队向城内送粮的企图也失败了。这种情况一直延续到10月底。
卡米尔苏丹首先耐不住性子，撤出了城内外的守军，将一座空城留给了敌人。后者在进城后，又开始了教权与世俗权力的争斗。教廷的监军有意大利海商和骑士团撑腰，在数量上压倒了约翰国王，在道义上压过了神罗皇帝派来的德国士兵。结果，约翰也就带着耶路撒冷军队返回圣地。
在整个1220年，第五次十字军东征的闹剧还没有结束。教廷依靠有限的兵力，控制了尼罗河口的基地。但因为他们的态度，根本不可能与阿尤布王朝达成任何休战决议。这就让以贸易为生的城市，失去了一切生机。所有补给还需要意大利人从海上为他们输入。
已经退回南部的阿尤布军队，也放心大胆的对这队入侵者弃之不顾。主力部队开始重点解决叙利亚的漫长战争。先前南下的罗姆突厥人，大部分已经离开了叙利亚。这让阿尤布王朝在北方的势力得到了保全和稳固。他们利用这个空窗期来休养生息，并为之后的战争做好了准备，将曼苏拉（Mansourah）的冬营建成了一座坚固的堡垒。
阿尔巴诺主教这才预感到局势发展的诡异。他开始不停地向罗马的教廷求援，并要求弗雷德里克二世履行参加十字军的承诺，带着更多生力军到杜姆亚特来换防。后者显然更乐于见到教廷的失败，自然以沉默是金的手法，进行着低调的拆台。
在1221年5月，腓特烈二世象征性地派来了一部分军队和巴伐利亚的路易公爵。路易建议立即发动进攻，获得了一致同意。6月29日，十字军出城安营，准备出征。
倒是身处耶路撒冷的约翰，知道形势的危机。他只能赶在危机爆发前，抢先发起下一轮进攻，在7月7日赶回。但他能带到埃及的军队实在太少，还是要依靠杜姆亚特城里的守军作为军队主力。这些人的宗教情结与战斗士气，早已被漫长的服役期给消磨殆尽。
1221年7月，第五次东征的十字军，自己走上了命运的审判席。约翰带着大部分十字军强行南下，希望继续之前的好运，让他们能够威胁到开罗。但已经不用两线作战的阿尤布人，开始出动更多骑兵对其进行骚扰。在缺乏水路支援的情况下，十字军中的德国士兵开始拒绝前进。
埃及人在Sharimshah遭遇他们，立即撤退。十字军追击到Bahr as-Saghir河边，安营扎寨。这里是埃及人选择的战场。十字军已经进入了给他们安排的死亡陷阱。当他们来到尼罗河与Bahr as-Saghir河构成的夹角地带时，他们穿过了一条干枯的运河，他们不会想到这条河是可以注水的。而且，佩拉吉乌斯认为开罗在望，没有带足够的给养。十字军无法拿下Mansourah，于是在这块夹角地带筑城。
几周时间过去了，佩拉吉乌斯不理会当地人对他们的警告，继续驻扎在这块死地上。约翰再次建议接受苏丹的和约，但这次根本没人听他的。8月，尼罗河水涨了起来，灌进了那条运河里。几天功夫，埃及舰队就开进运河，截断了十字军的退路。整个军队都被包围了，而给养只够20天的。8月26日，在众人的催促下，佩拉吉乌斯终于下令撤退，但已经晚了。士兵们在出发前喝光了剩下的酒，迷迷糊糊上路了。条顿骑士团烧掉给养，火光给了埃及人信号。苏丹下令淹掉十字军的退路，使他们立即发现自己陷入了沼泽和汪洋的壕沟中，这时，埃及人进攻了。
骑士团和约翰手下的骑士英勇抵抗，挽救了一部分军队。但多数醉醺醺、在夜里陷入泥泞的步兵被消灭了。十字军残部只好又回到营地，此时给养已经被条顿骑士烧没了。佩拉吉乌斯坐着一艘船和其他一些船突破了埃及的封锁，回到达米埃塔。
约翰和数千残兵一起成为了阿尤布人的俘虏。这也是王国历史上第二位被阿尤布王朝俘虏的国王。
由于军事上的彻底失败，十字军方面完全失去了讨价还价的资本。在卡米尔同意释放所有俘虏的情况下，只能乖乖交出占据近两年的杜姆亚特。第五次东征也就此宣告彻底失败。这不仅对圣地的十字军国家有很大打击，也进一步损害了教廷对世俗势力的干预威权。
