公元前37年，扶余人朱蒙建立高句丽于沸流水畔之纥升骨城（今辽宁桓仁五女山城，亦有观点认为在桓仁县城附近）。其建国传说最早见之于好太王碑碑文。其碑文第一部分称：“惟昔始祖邹牟王之创基也，出自北夫余，天帝之子，母河伯郎，剖卵降世，生而有圣德……命驾巡幸南下，路由夫余奄利大水，王临津言曰：‘我是皇天之子、母河伯女郎—邹牟王，为我连葭浮龟。’应声即为连葭浮龟，然后造渡，于沸流谷忽本西城山上而建都焉。”此外，中国史书《魏书》及朝鲜半岛史书《三国史记》等史料记载了更详细的高句丽建国传说。这些传说故事反映出朱蒙（邹牟）是扶余王室的庶出王子，其母可能只是个侍婢，朱蒙因权力之争从北扶余出走，可能带走了一个小部族，这构成了日后高句丽的王族（桂娄部），高句丽政权建立之初，合并了周边一些小民族和政权。
高句丽建国之初的国号可能不是高句丽，而是“卒本扶余”。公元14年，卒本扶余占领了新朝玄菟郡高句丽县，由此改称“高句丽”。有学者认为在高句丽县曾有“句骊胡”，属于沸流部，与卒本扶余并非一部，王莽政权所杀的高句丽侯騊即属于此部。騊被杀后，朱蒙之子琉璃兼并了高句丽县的“句骊胡”，借用其名，改称“高句丽”。
中央集权与早期扩张
公元3年，高句丽把都城迁到了今天吉林省集安市境内的“国内城”。此后400多年，高句丽政权一直定都于此。东汉建立后，高句丽不断兼并周围边疆政权，逐渐强大起来。
到魏晋南北朝后，中原地区长期战乱，使高句丽得以更加发展。其间，高句丽向中原各王朝称臣，还受到过曹魏和慕容鲜卑政权的两次打击。公元427年，高句丽再次迁都，建都平壤。
东汉末年，辽东郡被公孙度控制。高句丽主动与曹魏联盟攻打辽东郡。曹魏攻下辽东后，高句丽终止了与曹魏的合作并发兵袭击了辽东西部。正始五年（244年）曹魏反击，摧毁了丸都城。高句丽东川王逃到沃沮。
