主要内容
条款总述
《辛丑条约》是在1900年12月22日的《议和大纲》的基础上经过谈判而缔结的，按《议和大纲》的分款办法共列出12款，另加19个附件。附件是条约谈判过程中形成的文件，主要是清廷批准某项谈判结果的谕旨，还包括一些照会和涉及某款项的具体规定。
学者张海鹏指出，12款条目大略可分为四项内容：一、道歉，二、惩戒，三、修约，四、外交改制。
中国义务
道歉
道歉一项包括第一、第三、第四共三款，主要有：清廷派醇亲王载沣为头等专使大臣赴德国对克林德公使被杀一案表示道歉，派户部侍郎那桐为专使大臣赴日本对日本驻华使馆书记生杉山彬被杀表示道歉，在克林德被杀处所竖立铭志之碑，为各国被损毁之坟茔建立“涤垢雪侮之碑”。
惩戒
惩戒一项，内容最多，包括了第二、第五、第六、第七、第八、第九、第十共七款，集中体现了帝国主义列强侵略中国的目的，揭示了《辛丑条约》的性质。细分起来，惩戒一项又可分为三个子项：
对中国政府官员和中国人民的惩戒，涉及第二及第十款，规定对中央王大臣处死及永远监禁的有12人，对地方总督、巡抚以下官员处死及革职的百余人；规定“将诸国人民遇害被虐之城镇，停止文武各等考试五年”，附件开列的各省府县地名虽只有46处，由于停止北京会试及山西、顺天乡试，举人以上至进士的高层次考试涉及全国。前款是对现职官员的直接惩罚，后款是对准备进入官僚层的广大士大夫的间接惩罚。还规定永远禁止中国人民成立或者加入具有反帝性质的组织，违者一律处斩；地方各省督抚、文武大吏及有司各官，对辖区内发生的排外事件，必须立即弹压惩办，否则即行革职，永不叙用。所有各项惩处规定，须由清政府在全国各府厅州县布告张贴两年之久。这是针对中国全体人民发出的惩戒。
赔款，涉及第6款，规定赔款总额为45000万两海关银，年息四厘，自1902年1月1日起，至1940年止，39年内，需付本息银总计982238150两，各省地方赔款2000万两不计在内。
从政治、军事上保证帝国主义列强在华权力，使其对中国政府和中国人民的惩戒转变为物质的力量，这涉及第五、第七、第八、第九诸款，规定在北京建立使馆区并划定使馆区界址，禁止中国民人居住，使馆区由使馆自行管理，并由各国自主“常留兵队，分保使馆”。使馆区成为“国中之国”，成为在中国首都监视清政府的一支超级政治力量；规定削平大沽炮台及“有碍京师至海通道”之各炮台，并在黄村、廊坊、杨村、天津、军粮城、塘沽、芦台、唐山、滦州、昌黎、秦皇岛、山海关等12处驻扎各国兵队，“以保京师至海通道无断绝之虞”。禁运军火入境，为期二年，如有必要，亦可续展。
修约
修约一项，涉及第十一款一款，规定“将通商行船各条约内，诸国视为应行商改之处，及有关通商各他事宜，均行议商”，保证列强随时提出修改对华通商行船各条约的权力。
外交改制
外交改制一项，涉及第十二款一款，规定将总理各国事务衙门“按照诸国酌定，改为外务部，班列六部之前”，规定变通各国使臣觐见礼节。
列国义务
以上共12款，均为清政府应对其他签约国承担的条约义务；各签约国对清政府承担的义务则只有一项，即“除第七款所述之防守使馆兵队外”，于西历1901年9月17日（光绪二十七年八月初五日）全部撤出北京，“并除第九款所述各处外”，于西历1901年9月22日（光绪二十七年八月初十日）撤出直隶省。
