宋高宗即位后便设立御营司来统帅军队,取代枢密院总管军政大权,但在短短两年后的建炎三年（1129）,御营司所控制的军队便开始发生分化,最终于建炎四年（1130）取消了御营使管兵的体制。
建炎年间的南宋朝廷根基十分不稳且处于战争之中,为应对严峻的军事形势,南宋王朝设立了作为最高军事指挥机构的御营司,以宰相兼领御营使,总领全国的军政大权。御营司的设立打破了自宋初以来的统兵体制。但因其自身存在着诸多问题,建炎四年宋高宗赵构领导的南宋朝廷安定下来后御营司便被废除。御营司有着总管御营五军,掌管御营军的日常事务,责对军队日常训练等职能。虽然存在时间极短,但建炎年间的御营司在拱卫皇室、对内镇压叛乱、对外组织抗金方面都起到了巨大的作用。
御营司的长官御营使由宰相兼任,集统军、指挥权于一身,权限很大。但建炎年间的御营司毕竟只是一个紧急时期设立的机构,内部明显存在诸多问题,最终御营司于建炎四年被撤销。
南宋建炎元年（1127） 五月,宋高宗即位,为加强自身防卫同时为了达到有效驾驭和控制自发聚集在新建流亡政权麾下的军队,特设御营司来统领诸军。同年八月,“命御营副使大阅五军人马,自是执政皆有亲兵”。御营司成立后,集军事指挥权、统军权于一身,权限很大,由宰执兼领、皇帝总辖,实际上成为南宋初期的最高军政指挥机构。此时,枢密院依然存在,但其职权以被御营司分割,御营司“遂专兵柄,枢密院几无所预”。
御营司权限的大大增强,使得南宋初中枢体制变化为三省、枢密院、御营司制。且在这一体制中御营司的地位要高于三省和枢密院。但在建炎三年（1129年）二月,朝廷下令： “御营使司止管行在五军,其边防措置等事,并依祖宗法厘正,归三省、枢密院”,御营司的军事管理权力开始被削弱。和此同时,御营司掌控的军队也发生了分化。
建炎三年（1129）四月,刘光世因苗刘之变有功而晋升太尉、御营副使,由此他所统帅的军队从御营军中脱离出来,称为御营副使军。之后韩世忠、张俊纷纷不服新任御营使司都统制辛企宗的管理,分别脱离为御前左军都统制,御前右军都统制。从此刘光世、韩世忠、张俊三人所帅部署全部离开御营司,御营司权限受到极大的削弱,统领的部队人数急剧下降。
建炎四年（1130年）六月,赵构君臣结束了海上逃亡,安定下来的高宗君臣对御营司的存留问题进行讨论,最终决定撤销御营司及其官员,“以宰相范宗尹兼知枢密院事,罢御营使及官属,以其事归密院,院为机速房”。和此同时,诏 “御前五军改为神武军,御营五军改为神武副军,其將佐并属枢密院”,至此御营司被废除。
御营司被撤销之后，其职能重新回归枢密院，与此同时御营司改为机速房并入枢密院中。虽然此后在金海陵王入侵时宋高宗开设了御营宿卫司，并设立“御营宿卫使”（习惯上仍称之为“御营使”），但此时的御营宿卫司已远不能和建炎年间的御营司相比，并且很快御营宿卫司又被撤销，并最终从历史舞台上谢幕。
