东汉的地方官制与西汉相比较，在郡、县两级是基本相同的，不过郡的重要性和权力较西汉下降很多。在州一级，则有根本性的差异，东汉的州已经演变成为一级地方，凌驾于郡之上。至此，中国古代的地方行政区划由郡县制转变为州、郡、县三级制，一直延续到隋朝“废郡”为止。
东汉将京师洛阳之外的地区划分为十二个州，各遣刺史一人为长官。另以京兆、左冯翊、右扶风、河东、河南、河内、弘农七郡为司隶校尉辖区，称司隶部。司隶校尉是京官，本职为监察在京百官诸不法事。东汉时，每每退罢三公均由司隶校尉纠劾所致，所以司隶校尉号为“雄职”。
皇帝召集朝会的时候，司隶校尉与御史中丞、尚书令三人有单独的席位，称“三独坐”。司隶校尉秩比二千石，属官有从事、假佐等，另统领一支由一千二百名奴隶组成的武装警察部队，司隶校尉的官名也由此而得。
诸州沿西汉汉成帝制度，设州牧一人，秩二千石。建武十八年（42年）改刺史，秩六百石。汉灵帝中平五年（188年），再改州牧，秩二千石。东汉刺史有固定的驻地和官署，纠劾所部太守县令不必如西汉制度上三公按验，可以直接罢免之。
改州牧后，兼领军政，位高权重，有点类似于唐朝的节度使，而管辖地域的广阔，又不是节度使所可以相比的。与西汉相同的是，刺史也要周行郡国，刺探政情，年终回京复奏。不过东汉的刺史不必亲自回京，而是派遣属吏向司徒府报送文书而已。
东汉共设郡国一百零五：王国二十七，司隶部属郡七，列郡七十一。除司隶部所辖七郡外，王国与列郡均分隶诸州，其中豫州领郡国六，冀州领九，兖州领八，徐州领五，并州领九，幽州领十一，青州领六，荆州领七，扬州领六，益州、凉州各领十二，交趾领九郡。 [148]
东汉制度，皇子封王，以郡为国。每国置傅、相各一人。傅主王府事，职如汉朝的太傅；相如郡太守，主政务；相有长史一人，职如郡丞。另置中尉一人，秩二千石，职如郡都尉，是主管军政、缉捕盗贼的军官。
王府置郎中令一人，秩千石，职务和汉朝的郎中令相类似，主管王府的大夫、郎等；仆一人，秩千石，负责王府的车马训练与驾驭；治书数人，秩六百石，职如尚书；谒者数人，秩四百石，职务是奉王命出使；另有礼乐长、卫士长、医工长、永苍长、祠祀长等，秩皆比四百石。
郡太守秩皆二千石，只有河南郡因京师所在，长官称河南尹，位比九卿，秩中二千石。诸郡各置丞一人，位次太守，秩六百石，负责民政事务；边郡另置长史一人，秩六百石，负责军政事务。长史之下有司马一人，负责具体军事指挥。
东汉内地不设郡都尉，以太守领兵。边郡置都尉或属国都尉领军并辖县，地位略与内地较小的郡相仿。如汉和帝永元元年（89年），置西河属国都尉、上郡属国都尉；永和十五年（105年）置辽东西部都尉；汉安帝置右扶风都尉、京兆虎牙都尉等。
东汉的县级地方建制与西汉相同。列侯以县为封地则称侯国，侯国置相一人，相当于县令或县长（以侯国大小为异），相不隶属于列侯，但负责为列侯征收租税。封国户数在千户以上的，置家丞、庶子各一人，是侯府官，不管理民政；不满千户的，只置庶子一人。
东汉的侯另有乡侯、亭侯，所封之地各为一乡、一亭，这样的封地辖于所在县，与乡、亭相等。皇后、皇太后、公主的封地称邑，置令、长，邑的体制与侯国相当。少数民族聚居地设道，隶属于郡，多设于巴、蜀等西南地区，以少数民族部落首领为道的长官。
万户以上的县置县令一人，秩千石；县丞一人，掌民政、文书、仓库；县尉二人，掌治安。万户以下的县置县长一人，秩三百石或四百石；县丞、县尉各一人。东汉诸县出产盐的，置盐官，负责管理盐场、盐矿，征收盐税。出产铁的县置铁官，负责冶炼、铸造。在手工业发达的县置工官，负责管理工匠、征收工商税赋。
在水产发达的县置水官，负责管理渔场、征收税赋。以上这些官吏不隶属于郡县，均隶属于少府，属于派出机关。东汉在县以下的官制与西汉无异，具体可以参见西汉官制。
