努尔哈赤和他的继任者姓爱新觉罗，这似乎是一个不争的事实。在满族语中，爱新觉罗为“像金子般高贵神圣的觉罗族”之意，“爱新”意为“金子”，“觉罗”是地名，在今天黑龙江省依兰一带，是清太祖努尔哈赤祖先最早居住的地方。也就是说所谓的爱新觉罗，即是指发祥于觉罗，也就是依兰这个地方的一个部落。
但据传说，爱新觉罗的始祖布库里雍顺出生于长白山一带，即今天的吉林省境内，他所起家的鄂多理城即今天的敦化，亦属于吉林，与依兰这个地方在地理位置上毫无瓜葛。这也可以当作布库里雍顺并不是爱新觉罗氏始祖的一个佐证吧。
换句话说，如果布库里雍顺的始祖之说是真的，那么，努尔哈赤其实并不姓爱新觉罗，这就是一个矛盾所在。如此便产生了一个疑问，努尔哈赤到底姓什么?
1、爱新觉罗
清太祖努尔哈赤姓什么？一般人可能会毫不犹豫地说出姓爱新觉罗。其实关于努尔哈赤的姓氏，文献记载，稗官野史，杂说纷纭，莫衷一是，成为一团历史之谜。据文献记载就有六种说法：认为努尔哈赤姓佟、童、崔、雀、觉罗、爱新觉罗。清朝皇室祖先以神话为名，认为其姓氏“爱新觉罗”原系天赐。
努尔哈赤的姓氏之所以谜团重重，原因在于，满洲初期没有文字，没能留下原始的满洲文献记载；据《清太祖实录》记载，清朝皇帝都认为自己姓爱新觉罗，其中还有一个美丽的传说，相传有三个仙女在池中沐浴，一只神鹊衔来一枚果子，落在三仙女的衣服上，仙女爱不释手，把果子放入口中，吞进腹中，从而有了身孕，生下一个男孩，男孩相貌奇异，而且刚出生就能说话，仙女告之，他姓爱新觉罗，名叫布库里雍顺。布库里雍顺也就是清朝皇帝的祖先。
清朝在《清太祖实录》之后，官修的“会典”、“宗谱”、“通志”等，以及皇帝的御制诗文，凡属清代的官书，都来自努尔哈赤及其后裔一方所编造的所谓记载，都是“钦定”、“御制”，也都是说自己姓爱新觉罗。
2、“童”或“佟”
在明朝、朝鲜的文献记载中，努尔哈赤姓“童”或“佟”。
刚开始满洲并没有满文，当时明朝、朝鲜的官私书籍里，关于清朝先世的姓氏又是怎样记载的呢？
据阎崇年考证，明朝和朝鲜的文献均有记载，清太祖努尔哈赤姓佟或童。努尔哈赤曾作为明朝的建州卫官员，先后八次骑马到北京向明朝万历皇帝朝贡。明人或明清之际的学者，做了大量的记载，都说努尔哈赤姓佟而且努尔哈赤曾同朝鲜打交道数十年，朝鲜文献也留下大量记载。申忠一《建州纪程图记》有如下记载：万历二十四年（1596年）正月，努尔哈赤向朝鲜国王回帖云：“女真国建州卫管束夷人之主佟努尔哈赤禀”等等。
努尔哈赤自称姓佟。申忠一作为朝鲜南部主簿到达佛阿拉，受到努尔哈赤的接见，并在那里住了一段时间。他回国后将见闻写成《申忠一书启及图录》即《建州纪程图记》，资料珍贵，相当可信；而那篇《回帖》是努尔哈赤本人让他转给朝鲜国王的。这是努尔哈赤亲自审阅过的正式公文，应当算是第一手资料。但是，朝鲜文献更多的是把“佟”写作“童”。
“童”和“佟”实际上是女真人的普遍姓氏，是假借汉人的姓氏。佟姓或童姓，不但是辽东的显著大姓，也是当时女真人的普遍姓氏。谁做了部落的酋长，谁与明朝发生关系，这人便以佟或童为姓，通过“四译馆”，转给明政府。
章炳麟的《清建国别记》中提到一种说法，佟姓原来是汉人的姓氏，后来常被夷人袭用，以假冒汉人。清朝皇室的祖先在名字前面冠以“佟”姓，可见女真酋长，可以随时姓佟或童，佟姓或童姓，也就成为他们的公姓。
3、“雀”或“崔”
努尔哈赤的姓氏除了佟或童的说法之外，朝鲜人还有记载称他姓雀或姓崔。
阎崇年认为，有一种解释是来源于努尔哈赤的母亲因为吞下雀卵才生下了他，不过清朝人并没有如此记载，《清太祖实录》的《武录》、《满录》、《高录》三书，仅记载其母怀孕十三月而生努尔哈赤之事，并无吞卵而孕之说。
第二种解释则来源于仙女吞服神鹊留下的果子而生下清朝皇帝祖先的神话，因此传闻努尔哈赤姓雀。而且满洲先人曾把乌鹊作为图腾，这些都能把清朝皇室姓氏同“鹊”或“雀”相联系。当然也有学者提出了新看法，认为努尔哈赤姓“崔”是由于朝鲜语中，崔的发音介乎于汉语缺和吹之间，与“觉罗”中“觉”字音相近，于是怀疑崔姓是来源于“觉罗”的误读。
