药方洞在龙门西山奉先寺和古阳洞之间，开凿于北魏晚期。窟门两侧所刻之古代药方，共一百四十多个。药方中提到了治疗癌症的方法和治疗传染病的方法。这是我国现存最早的石刻药方，是唐代初年我国医疗学、药物学的珍贵遗产。而药方洞还流传着许多传说故事呢。
传说公元650年的一天，洛阳龙门寺院中一群僧人正在商议着什么，原来，他们想把大家千辛万苦搜集来的民间药方永久的保存下去，就决定把这些药方刻凿在石窟中。但是，就在即将动工前，他们又碰到了一个难题，这就是该把这些药方凿刻在哪个洞里呢。
就在大家议论纷纷的时候，一个小和尚站了起来，大声说道，“前几日我偶然在一个石窟中看到一块石碑，碑中这样写道：自非倾珍建像，焉可炻彼遗光，若不勤栽药树，无以治滋聋瞽。意思是说，出资开龛造像，就好像勤种药树，可以解除耳聋眼瞎等疾病的痛苦，我看这洞中石碑的寓意和咱们刻药方救人的善意刚好吻合，干脆就把药方刻在这个洞口的石壁上”。
听完小和尚这一番话，其他的和尚点头称是，一致决定把药方镌刻于小和尚说的那个洞中，并且将其取名为“药方洞”。就这样几个和尚背起药方、刻刀，登上石窟一连数月，他们吃住在龙门石窟不曾下山，终于将140多个药方完完整整地刻好了。
自此以后，许多无钱看病就医的贫苦百姓都纷纷来此寻找药方，而药方洞也开始慢慢被人们熟知。
明年还有一传说，北魏孝文帝时期，洛阳一王姓人家，世代以买鹿肉为生，一日王母得病，服药无效，日见沉重，遍寻中原良医，皆不见好。
王氏为孝子，发大愿救母，于是至东郊伊厥（龙门）山上拜神求签，行至半山，忽见一母鹿卧于树下，正于搭弓射箭，却见鹿不惊亦不走，于是好奇近前，原为一病鹿，遂动恻隐之心未伤害。
刚出一箭之地，又见一小鹿，口衔一圆盖长茎赤色之草，朝母鹿方向奔去，王氏好奇，返回偷看，见小鹿以口衔之草喂母鹿，第二天，第三天，每日如此，早晚不断，及至四日，母鹿病愈，站立可走，王氏躲于树上偷看四天，大为感叹，人说鹿为神物，可通人性，果不其然。
王氏忽悟，若能以此赤草医母，定然有效？于是，第五天，王氏带箭上山，隐于树后，欲射鹿夺草，却不见二鹿再现，等至天黑，正于彷徨离去之际，只见小鹿出现，口衔赤草，朝树奔来，弃草于树下，而后飞奔远去，王宝遂下树拾草，星夜回家。将赤草分5份，每日一份，煎汤喂母，日见好转，未及一周，母病转轻，及至10日，可下地行走；半月不到，已完全痊愈。
王氏感恩鹿衔神草救母之恩，遂关掉祖传鹿馆，终身不再杀鹿，专心采药行医，救助更多病人，三十余年于民间搜集上百奇效偏方，救助当地无数百姓。为永传后世，王氏发愿，在东郊伊厥山石崖之上建一药方洞，将所搜集民间验方刻录其上，并叮嘱后人，世代不断补充。
王氏家族后人历经二百余年，至唐武则天年代，方才填满，共载药方147个，且皆以1、2味药的单方或简方为主，许多无钱看病的百姓闻之，纷纷来此寻方，且用后皆有效验，故此药方洞名闻天下，为世人熟知。为此后人留下，宝神鹿衔芝救母，药方洞普度众生。
