东晋末年孙恩、卢循领导的农民反晋斗争，史称孙恩、卢循起义。这次起义是东晋南朝时期规模最大、历时最长的一次农民起义。
起义军坚持斗争达十二年之久，转战长江中下游以南的广大地区。起义虽然失败了，但却对东晋门阀士族造成了沉重的打击。
在阶级矛盾尖锐、统治阶级内乱爆发之时，琅玡人孙泰用五斗米道组织群众，准备发动起义。398年，孙泰被诛，其侄孙恩逃到海上。
399年，东晋实际统治者、晋简文帝之孙、会稽王太子司马元显下令征发江东八郡“免奴为客者”，以充兵役，结果引起骚动。孙恩便率领百余人登陆，很快发展到数万人，遂攻陷会稽，这时，各地应征的奴客和广大破产农民纷纷响应；占有奴客的江东八郡地主因利益受到损害，也乘机“一时俱起”。
江东八郡很快为起义军所占有。东晋政府见起义军声势浩大，急忙派北府兵前往镇压。为了避免损失，孙恩率领群众二十多万人退回海岛。以后，孙恩先后三次登陆，大败晋军，曾兵逼建康。
402年，孙恩最后一次登陆，攻临海，不幸失利，投水自杀。余众由其妹夫卢循率领。转战各地。404年，卢循率领义军由水路占领广州。
402年春，占据长江中游（今湖北省）的桓玄兴兵作乱，攻入建康，杀司马道子、司马元显父子和北府兵将领刘牢之等，掌握东晋大权。次年，桓玄称帝，国号楚。又次年，刘裕讨灭桓玄，东晋政权落到了刘裕手中。
410年，刘裕率军北进，攻击南燕，后方空虚。卢循乘机从广州出发，分两路北伐，起义军直逼建康。当刘裕率军南下镇压时，卢循接连失败，最后赴水而死。
孙恩、卢循起义，坚持斗争达十二年之久，转战长江中下游以南的广大地区。起义虽然失败了，但却对东晋门阀士族造成了沉重的打击。
孙恩、卢循领导的反晋斗争主流是农民起义性质。这一斗争虽带有宗教色彩，但斗争双方并非按宗教划分，笃信五斗米道的王凝之（王羲之之子，谢道韫丈夫）等人被杀，就是证明。
孙、卢是北来失势士族，起义初期也确有不少地主分子参加，但义军的基本成员无疑为会稽三吴地区的贫苦农民和奴客。起义席卷东晋大部分地区，东晋王朝业已名存实亡。起义还沉重打击了南北士族，特别是谢琰（谢安之子）被杀后，北府兵为寒人掌握，极端腐朽的门阀士族从此失去军权。
所以这次起义又是门阀衰落，寒人兴起的一个重要标志。这次起义迫使刘裕采取一些减轻人民负担和抑制豪强大族的措施，从而为刘宋初期江南经济的繁荣创造了有利条件。
