康熙皇帝即位后，三藩已经势成割据，严重威胁着清王朝的统治。在与自己同胞作战的时候他们表现出来的勇气、谋略和聪明才智，真令人叹为观止。真正打下汉族天下的是汉族人。
《康熙传》中指出：“满族人在征服中华帝国的过程中，几乎没有付出任何代价，而由汉人中最勇敢的人替满洲人为反对他们本民族而战。”吴三桂在宁远前线，并没有显出多么强的战斗力，可一旦易帜后，变得像豹子一样凶猛，对李自成军百战百胜。吴三桂一直从东北打到缅甸。
早在清世祖顺治皇帝去世时，吴三桂拥兵北上入祭，兵马塞途，居民走避，清廷恐吴三桂生变，命其在城外张棚设奠，礼成即去。康熙帝亲政数年，深知朝廷中外之利害和前代藩镇之得失，曾说：“朕听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜厪念，曾书而悬之宫中柱上。”康熙六年，吴三桂以目疾请解除总管云贵两省事务，以相试探。康熙帝命吴三桂将所管各项事务交出，责令云贵两省督抚管理。云贵总督卞三元、提督张国柱、李本深合词请命平西王仍总管滇黔事务。康熙帝以照顾吴三桂身体为理由，予以拒绝。
康熙十二年三月，平南王尚可喜疏请归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。经户、兵两部和议政王贝勒大臣集议，认为如果尚之信拥兵留镇广东，跋扈难制，康熙帝遂诏令尽撤全藩。吴三桂和耿精忠得知不能自安，在同年七月先后疏请撤兵，以试探朝廷意旨。经户、兵二部确议，吴三桂及所部五十三佐领官兵家口应俱迁移。疏下议政王大臣会议，大学士索额图、图海等多以为三藩不可迁移。
惟有刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等力请徙藩。康熙帝再命议政王贝勒大臣及九卿科道会同确议，画一具奏。诸王以下所见不一，仍持两议。康熙帝考虑到藩镇久握重兵，势成尾大，非国家之利；又以为吴三桂之子，耿精忠诸弟都宿卫京师，谅吴、耿二人不能发动变乱。遂下令三藩俱撤还山海关外。
三藩之乱及其覆灭吴三桂、耿精忠疏请移藩，实迫于形势，并非本意。吴希冀朝廷慰留，如明代沐英世守云南之先例。及撤藩命下，愕然失望，遂与其心腹聚谋，暗中部署兵马，禁遏邮传，只许入而不许出，并勾结他省旧部，又与耿精忠联络应和，准备叛乱。
康熙十二年八月清廷命礼部侍郎哲尔肯等赴云南，户部尚书梁清标等赴广东，吏部侍郎陈一炳等赴福建，各持敕谕，会同该藩及督抚商榷移藩事宜。九月，清廷命陕西总督鄂善总督云南军务，宁夏总兵官桑额提督云南军务。此时吴三桂与其党正日夜加紧密谋。侍郎哲尔肯、学士傅达礼等既至云南，催促起行。吴三桂表面拜诏，而屡迁行期，反谋益急，而难于举兵之名。欲立明朝后裔以号召天下，但缅甸之役及杀害永历帝无可自解；欲行至中原据腹心之地举兵，又恐日久谋泄。
是年十一月，吴三桂反，杀云南巡抚朱国治，拘捕了按察使以下不顺从的官员，发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。佯称拥立“先皇三太子”，兴明讨清，蓄发，易衣冠，传檄远近，致书平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移会台湾郑经，邀约响应。云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深等随吴三桂反。云贵总督甘文焜在贵州闻变，驰书告川湖总督蔡毓荣，急走至镇远，被副将江义以兵包围，甘文焜自杀，三藩之乱由此开始。
