军机处初设时，所掌仅限军务。《清史稿·军机大臣年表序》说：“初只承庙谟商戎略而已。”但以后事权逐渐扩大，军国大计，罔不总揽。自雍、乾后百八十年，威命所寄，不於内阁而於军机处。其具体职掌有如下几方面：
一、负责皇帝下达谕旨的撰拟和参预官员上报之奏折文书的处理。
官员上报的文书，凡折奏“请旨”者归军机处，照例的题本归内阁，直到清末未变。雍正帝每天召见军机大臣，有时一天召见数次，像在西北用兵紧张之时，张廷玉“内直自朝至暮”，“间有待至一二鼓”。
二、办理皇帝交议的大政，凡遇重要政事，皇帝不能裁决的，或交军机处议奏，或密议，或交军机处会同关系衙门议奏。如大学士史贻直未入军机处，然在统一新疆战争中，乾隆每每与其商议，史载“公（史贻直）在政府，时从容承召对，移晷乃出，而公谨慎周详，虽子弟不得与闻。”[16]特交的，由军机处查议其可否，密拟办法上奏；会同议奏的，或由军机处主稿，或由所会衙门主稿，临时酌定。
三、某些重大案件，皇帝特交军机大臣审理拟定，或由军机大臣会同三法司审拟。军机大臣可在军机处提讯，也可使用刑讯。应刑讯时，选用内务府公所或于步军统领衙门进行。凡秋审案件，军机大臣也参预。
四、重要文武官员之任免及各部尚书、侍郎、各省总督、巡抚、以至道、府、学政、关差、盐政以及驻防将军、都统、驻各边疆地区之领队大臣、办事大臣等官员的补放，均由军机大臣负责开列应补人员名单，交皇帝选择任用。遇科考，也由军机大臣开列主考、总裁名单，奏请皇帝选用。复试或殿试，军机大臣负责核对试卷、检查笔迹或任命阅卷官。
五、考查行军之山川、道里与兵马钱粮：凡有行军，军机处根据有关图书，考查山川险要，道里远近，如系边远地区，图书中没有记载的，要考查新旧档案并加谘访。应用的兵马、钱粮，则由户部、兵部、理藩院等衙门取简明确数备查。遇有皇帝查讯的问题，即时呈递。
六、军机大臣可奉皇帝旨意，以“钦差”身分，往各地检查或处理一些政事。[17]如嘉庆十八年（1813年），钦差大臣、直隶总督那彦成镇压河南天理教起义有功，嘉庆帝大加称赞，加太子少保衔，赏三等子爵。
日常工作
发折：奏事处将官员奏折下发军机处。
接折：军机章京将奏折送军机大臣阅。
见面：军机大臣将奏折送皇帝处请旨。
述旨：将皇帝旨意拟成谕旨再交皇帝御览。
过朱：皇帝朱笔改定奏折。
交发：将谕旨下发有关衙门实施。
开面：谕旨以年月日为序抄录备案。
交折：将原奏折交内奏事处。
月折：将奏折复本每月一编。
随手：将谕旨、奏折重点二季一编。
封柜：将月折、随手档收柜题封。
