军机大臣由皇帝在满汉大学士，尚书、侍郎，京堂中选任，没有定员。从《清史稿·军机大臣年表》看，军机大臣最初设了三人，即怡亲王允祥、大学士张廷玉、蒋廷锡，后来逐渐增加，少则三、四人，多则六、七人，最多时达十一人。
军机大臣，具体名目甚多，例如：（1）雍正间的“办理军机事务”；（2）办理军机大臣；（3）“军机处行走”、“在军机处行走”或“在办理军机处行走”，“军机处行走”名目从嘉庆朝后期起即极少使用，仅恭亲王奕䜣以议政王入值军机时使用过一次；（4）“在军机大臣上行走”，等等。
各军机大臣的名次都有一定，大致以官位高低及行走先后为序，也有经皇帝指定的，其中资历最深者为“首席军机大臣”，或称“领班军机大臣”、“揆席”，但没有正式的名义。初入军机者，前期称“军机处学习行走”，后来有“大臣上学习行走”，属于见习军机大臣的性质，任职一、二年方去掉“学习”字样，为一般军机大臣。
职权设置
职权差异
在军机大臣中，领班军机大臣具有特殊地位。他每日入值，随时准备皇帝召见，即使皇帝外出巡幸也不例外。初期，凡应皇帝召见议商政务、承皇帝旨意起草谕旨以及寄给各官员之谕旨的署名等，均为领班军机大臣专责。乾隆时，傅恒任领班，经皇帝批准改为军机大臣共同面君承旨，发出之寄信谕旨，亦改用军机处名义。
如前所述，初入值军机处者，因资历或能力尚浅，则命在“军机大臣上学习行走”。加“学习”二字，意示见习，其地位低于一般。一二年后，再由领班的军机大臣奏请去其“学习”二字。各军机大臣之间，因资格、品位之高低而有差别，除视秩排班外，权力亦有不同。如：有的满洲军机大臣只准阅办满文奏报；新任之军机大臣不准阅办皇帝朱批过的奏报。这些等级差别，均不见有“则例”、“章制”，而是由皇帝亲定。
具体工作
军机处职能原为承命拟旨，参与军务，随着时间的推移和条件的改变，军机处已不再是单纯的军事机构，逐渐演变为清代全国政令的策源地和统治中心，其地位远高于国家行政中枢的内阁。
军机大臣的职务是“掌书谕旨，综军国之要，以赞上治机务。”即秉承皇帝的旨意办理军政事务，实际上是为皇帝作侍从秘书工作。下设军机章京，从内阁和六部中抽调中书，即中等官充任，协助军机大臣处理文书，对一般奏章票签处理意见，根据皇帝的意图起草谕旨以及“记载档案”等。官品不高，但接近机密，俗称“小军机”。分满、汉两班，各以一人为领班，一人为帮领班。处下还有两个机构：负责修纂的“方略馆”和掌翻译的“内繙书房”。
①、负责皇帝下达谕旨的撰拟和参与官员上报之奏报文书的处理；
②、凡国家之施政方略、军事谋略以及官员的重要陈奏意见，或对官员的惩处、弹劾事件等等，皇帝批交军机大臣议，或会同各有关衙门议，并著提出处理意见，奏报皇帝裁夺；
③、某些重大案件，皇帝专交军机大臣审理定拟，或会同三法司审拟；
④、文武官员上至大学士、各部尚书，各省总督、巡抚，以至道府、学政、关差，以及驻防将军、都统，驻各边疆地区的参赞、领队、办事大臣等的补放，均由军机大臣开列应补人员名单，呈皇帝择用。遇科考，亦由军机大臣开列主考、总裁官名单及考试题目，请皇帝选用。复试、殿试，军机大臣负责核对试卷、检查笔迹或任阅卷官；
⑤、军机大臣常侍皇帝左右，以备顾问；
⑥、军机大臣可奉皇帝之命，以“钦差”的身分，往各地检查或处理政务，稽查各省、各部院之汇奏事件。此外，军机大臣还兼任方略馆的总裁，内阁书房管理大臣及总理各国事务衙门大臣。
工作流程
1、发折；奏事处将官员奏折下发军机处。
2、接折：军机章京将奏折送军机大臣阅。
3、见面；军机大臣将奏折送皇帝处请旨。
4、述旨：将皇帝旨意拟成谕旨再交皇帝御览。
5、过朱：皇帝朱笔改定奏折。
6、交发：将谕旨下发有关衙门实施。
7：开面：谕旨以年月日为序抄录备案。
8、交折：将原奏折交内奏事处。
9、月折：将奏折复本每月一编。
10、随手：将谕旨、奏折重点二季一编。
11、封柜：将月折、随手档收柜题封。
