从八旗制度诞生之初，其自身就掩藏着致命的弊病，而且这些弊病几乎是无法克服的，随着社会的发展逐渐显现直至导致这一制度的最终崩溃。
弊病一
八旗制度的军事效能仅依赖游猎民族的风俗习性为基础，地方性强，而外部的军事适应能力极差。
八旗制度毕竟产生于简单的自然经济阶段，其战斗力必须依赖满洲人游猎尚武习俗的保持。在清朝建立之初，满族刚刚从长期的混战与游猎生产方式中走出，在那个时代对于白山黑水间的北方民族而言，弓弩战刀就是个人的谋生工具，骑射征战就是他们平素生活手段，强健的体魄与剽悍的民族性格都是在日常生活中逐渐养成，成年男子往往就是天生的职业军人。八旗制度只须将他们有效的进行组织调派通过非常简单的方式即可以创造军事上的奇迹。从这一角度看八旗制度本身的建制实际是十分简陋原始的，它缺乏更高层次社会经济的支撑，也无法适应高层次的社会经济环境。
清朝入关以后，驻防关内的八旗军面对的是纯粹的农业社会以及繁华的市井生活，他们与游猎驯牧生产逐渐疏远。因此旗人失去了平素维持训练的生活模式，在平淡的农业田园与五花八门的城市喧闹环境中长大的年轻旗人自幼就无法接受艰苦环境的磨练，而简陋的八旗军事组织又无理长久维持有效的军事训练，久而久之八旗子弟的军事素质急剧下降。清中期以后关内八旗军的训练废弛，尤其是生活在城市内的旗人由于没有分配田地耕种，旗内任职又有限额，造成大量八旗子弟闲散终日，无所事事。于是他们就以养鸟逛街，唱曲听戏打发时光。朝廷发放的月饷经常被拿去赌博，有的甚至人还未到家饷银就全部花光。
后来更有甚者竟然出入烟馆吸食鸦片，不但个人身心残废，家庭也因此破产无以度日。乾隆帝第四次南寻于南通检阅当地驻防八旗训练，结果是“射箭箭虚发，骑马人坠地”，皇帝主持的检阅尚且如此，那么一般的军备松懈到何种程度也就不难推测了。到了晚清时期，关内的八旗军队已彻底丧失了战斗力，鸦片战争时清廷调派前线的部队尚未遇见英军就已混乱一团，以至将找不到兵，兵找不到将。定海一战由各省抽调的三万‘八旗劲旅’居然一触即溃，战死者不到千人，逃跑的却有万人以上。
光绪年间平定阿古伯叛乱时由于西北各省旗兵‘皆不能战’，清政府不得不舍近求远从满洲留守八旗中调拨尚存战斗力的部队前往新疆前线。正是由于八旗制度本身并不是一个以高阶段经济模式为基础的制度，其军事建制缺乏适应近代社会环境的能力，故而无法保持军队的持久性建设。在八旗子弟长期脱离艰苦环境军事素质与精神斗志均已消磨以后，战斗力无法再恢复，逐渐变成老爷兵、公子兵，八旗制度也随之成了战场上的花架子。
弊病二
八旗制度自身缺乏长期维持军事财政的功能，经济支出不能有效用于军事建设，军队丧失财政基础。
八旗制度在入关以前实行兵民一体有机结合，这个前提是必须有旗人从事经济生产的土地。东北地区是满族故地，这里的土地分配个各旗的“旗产”没有任何争议。旗产平时分配由旗人耕种交纳产品后又由八旗组织进行分配供养军队，入关初期清朝八旗部队仅有10余万，生产一定的农副产品再用于并不庞大的军队，作到自给自足以耕养战，当时的清政府是有能力进行这种财政运作的。旗人们有稳定的经济来源养家糊口，即分担相应的军事任务无后顾之忧。
但，八旗部队入关之后关内土地原本属于汉族小农，远离满洲故乡的八旗军失去了供养的来源。起初清政府以圈占土地的方式来保证军队的补给，但很快引发汉族农民的不满社会矛盾尖锐。无奈之下清政府只得撤消了对关内土地的圈占，改以直接由朝廷财政供养所有旗人的方式进行维持，这便严重增加了中央政府的军费负担。驻防关内的旗人占八旗人口的一半以上，其中绝大多数没有土地，而清政府规定所有旗人不得经商、不得做手工业、不得私营土地、不得出卖劳动力、不得从艺为伶，这些规定严重限制了旗人自谋生路的途径，使他们几乎完全依靠朝廷的救济过活。
清代的军备制度又是复合形的，军队里除一般兵器：枪、炮、军刀、火药、旗帜、口粮是朝廷分发以外，其余的军备如：马匹、军装、盔甲、箭支、子弹等则完全由旗人们各自自行筹备。到清中期以后随着人口增长八旗军队增加至30万以上，除此之外还有大量的闲散旗人，而此时清政府的财力却日渐枯竭，这便造成军费的入不弥出。旗人们的唯一生活来源必须出自军费，当时清政府发放饷银已经捉襟见肘，日常训练即无法保证就更无力强化八旗军备了。
而旗人本身的贫困也使他们无力购买军需必备品，部队的装备不但没有进步反而大不如前。清朝中期以后这样的现象且越来越严重，试想一支连武器都装备不起的军队又怎能作战呢。
到了清晚期，清政府的财政常年亏空，军队上层严重腐败贪污军饷成风，加之西方列强屡屡对清政府进行巨额战争勒索，用于八旗部队的军事财政彻底枯竭。据清咸丰11年(1861年)兵部档案统计，当年全国有20个省首府的八旗部队欠发军饷，其中山东一省首府拖欠驻地八旗军饷就有银16200余两，米30500多石 ，这个数字是当时山东省府所有旗人三年静收入的总合，而这还不是拖欠最严重的。清同治初年北京香山驻防八旗2000余户竟长达六年分文未发。
不许从事营生，军饷又长期的拖欠，这使得晚清时期的绝大多数旗人限于贫困，有的甚至在生死线上挣扎。清光绪年间北京周边宛平通州等地驻防旗营一片萧条，十室无六七，大量的旗人或饿死或逃散，留在城里的只能靠典当家产赊帐度日。这样连饭都吃不饱的部队在西方列强频繁入侵的时代又要承担作战卫土的任务，其结果必然是一败涂地。
