政治影响
主权丧失
《辛丑条约》的签订，使列强得以控制了清廷除田赋之外的主要财政来源，并进一步强化了对清廷政治和军事控制；其中，对义和团肇事者的惩罚，则体现出国家司法主权丧失殆尽。在这种情势下，以慈禧太后为首的晚清政府，则成为帝国主义势力统治中国的工具。尤其是，《辛丑条约》规定了清政府必须承担镇压中国人民反帝斗争的义务，有观点认为，这充分说明清政府通过《辛丑条约》的签订完全成为列强的“守土官长”和“洋人的朝廷”。
义和团运动后，列强各自均无实力独吞中国。由于美国提出“门户开放”政策并得到各帝国主义国家的同意，遂形成了各侵略者在华“利益均沾”的格局。《辛丑条约》签订后，各帝国主义国家在中国许多地方划分了各自的“势力范围”，使中国变成了被共管的半殖民地。这个过程中，列强时有冲突，日俄战争就是一例。这场发生在中国土地上的帝国主义战争，给中国人民造成了巨大的灾难，而清政府则屈辱地宣布中立，并在事后承认了日俄所签条约的分赃规定。
晚清新政
《辛丑条约》签订后，清廷统治出现了严重的危机。清廷需要缓和矛盾，延续统治。与此同时，由《辛丑条约》谈判而展开的惩罚涉事官员的行动，客观上也打击了清政府中最顽固保守的势力，为“新政”扫清了道路。其他一些条款也对旧制度形成了冲击，例如暂停科举就对科举制的最终废除产生了影响。1901年（光绪二十七年），清廷宣布“变法”，即清末新政，其内容包括提倡民族工业、废科举、设学校、派留学生等、练兵筹饷等等。
反抗运动
清廷在《辛丑条约》前后镇压义和团运动，受到义和团的反抗。此后，帝国主义势力的侵略和清廷的对外卖国、对内压榨，使广大劳动人民的生活更加困苦，各地民变此伏彼起，据不完全统计，1902—1911年（光绪二十八年至宣统三年），全国各地民变多达1300余起。这削弱了清皇朝的统治，使它陷入了四面楚歌的困境，为辛亥革命的爆发创造了客观的社会环境和群众基础。具有反帝爱国性质的拒俄运动、收回利权运动和抵制美货运动也纷纷展开，一些参与者进而懂得只有推翻清廷才能挽救民族危亡。如拒俄运动失败后，黄兴、陈天华等一部分留日学生就立即组成了革命团体军国民教育会。他们抛弃了以往“乞怜于满洲政府”的做法，从此走上了反清革命的道路。
经济影响
《辛丑条约》确定的巨额赔款，是列强对中国空前的大规模勒索，清政府不堪负担，只得允许各地增加各种税捐，把赔款负担转嫁到全国人民头上，并指定各省分摊赔款数目，最多的江苏、四川、广东分别摊赔250万、220万、200万两，其次江西、浙江各摊140万两，湖北、安徽也分摊到120万、100万两，其余的省分摊30万至90万不等，最困难的贵州也摊到20万两，总计各省每年共摊赔1880万两。
《辛丑条约》签订后，在赔款之外，帝国主义各国也加紧了对中国其他形式的掠夺和控制。它们除继续在中国遍设各种工厂外，还进一步夺取筑路和开矿的权利，用直接投资和高利贷两种方式把持中国铁路、矿山。到1911年（宣统三年）为止，中国已修成的铁路总长为9292公里，其中有40%是控制在列强手中。另据统计，至清末，帝国主义国家已经控制了中国煤矿机器开采量的90%以上，而中国的铁矿生产则全部被帝国主义所控制。在航运业、棉纺业、造船业、烟草业、金融业等方面，帝国主义的投资也迅速增加。帝国主义对中国社会政治经济的渗透和控制，把中国进一步推向了殖民地的深渊。
