1593年6月，战况陷入僵局，加上朝鲜破坏过度，造成瘟疫流行，当地征发粮食不易，以及急于保全占据朝鲜南部四道的战果，遂派使节随同明使沈惟敬由釜山至北京城议和。
7月，朝廷宣诏退兵以进行日本封贡事宜，于是李如松大军撤退，只留刘綎及游击吴惟忠共七千六百人分别扼守要口。但兵部尚书石星一意主和，再撤吴惟忠兵，结果只留刘綎兵防守。
9月，朝鲜国王李昖虽上表答谢朝廷援救及助其复国，但是暗中对中日议和却排除朝鲜有所不满，此时日军仍然占据朝鲜南部四道，并牢牢握有釜山城。
12月，明朝命蓟辽总督顾养谦兼责打理朝鲜事宜，并召回宋应昌、李如松。神宗下令大兵尽撤，但同时强调，虽然撤兵，“但倭情狡诈，未可遽称事完”。
1593年（万历二十一年）5月8日，丰臣秀吉在名护屋会见了到达日本的明朝使团。由于语言不通，双方的会谈仍就在沈惟敬和小西行长之间进行。丰臣秀吉提出了“大明·日本和平条件”七条：
1、迎大明公主为日本天皇后；
2、发展勘合贸易；
3、明、日两国武官永誓盟好；
4、京城及四道归还朝鲜，另外四道割让于日本；
5、朝鲜送一王子至日作为人质；
6、交还所俘虏的朝鲜国二王子及其他朝鲜官吏；
7、朝鲜大臣永誓不叛日本。
沈惟敬答应了七条建议，但对同行的谢用锌、徐一贯等人却诈称丰臣秀吉已同意向明朝称臣，请求封贡，并退出侵朝日军。而小西行长则对丰臣秀吉汇报说，明朝使者已经同意了丰臣秀吉的七条建议，只需派日使与明使一道去北京请万历帝最后批准。就这样，在两方谈判者欺上瞒下的斡旋后，双方几乎要达成“协议”。1594年10月，日本议和使者小西如安与明朝使团一道去北京，小西如安也早已与小西行长达成了攻守同盟。
小西如安到了北京后，与石星进行了谈判，一口答应了石星提出的三项条款：
1、日军在受封后迅速撤离朝鲜和对马；
2、只册封而不准求贡；
3、与朝鲜修好不得侵犯。
当时兵部还和小西如安进行了详细的对谈，小西如安欺明朝人不懂日语信口答应。这时沈惟敬也递交了伪造的日本降表。明朝君臣大为满意。万历帝立即册封丰臣秀吉为日本国王，并按小西提供的名单册封了日本国大臣。
其后于1595年1月，明朝遣使封丰臣秀吉为日本国王，令沈惟敬一同前往。诏书内容如下：
“奉天承运皇帝，制曰：圣仁广运，凡天覆地载，莫不尊亲帝命。溥将暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，诞育多方。龟纽龙章，远赐扶桑之域；贞珉大篆，荣施镇国之山。嗣以海波之扬，偶致风占之隔。当兹盛际，咨尔丰臣平秀吉，崛起海邦，知尊中国。西驰一介之使，欣慕来同。北叩万里之关，肯求内附。情既坚于恭顺，恩可靳于柔怀。兹特封尔为日该国王，赐之诰命。于戏龙贲芝函，袭冠裳于海表，风行卉服，固藩卫于天朝，尔其念臣职之当修。恪循要束，感皇恩之已渥。无替款诚，祗服 纶言，永尊声教。钦哉！”
这封诏书现存于大阪博物馆，为惯用的御笔文体写就，俨然一副中央大国皇帝对蕞尔小邦降恩封赏的口气。据部分史书记载，丰臣秀吉对此勃然大怒道：“吾掌握日本，欲王则王，何待髯虏之封哉！”，摔诏书于地，并怒逐明使臣，不久后再次遣兵入侵朝鲜。
但另一种说法认为尽管丰臣秀吉十分不情愿，但表面上仍接受了明朝政府的册封，甚至对万历帝册封诰命中的“万里叩关，恳求内附”的话内心恼怒，但也只能忍气吞声的接受，第二天还“身穿明朝冠服，在大阪城设宴招待明朝使节”。但实际上早就在积蓄力量，酝酿再一次对朝鲜进攻。
而当时经办与日本谈判的石星、沈惟敬等人又一心欺瞒蒙混，竭力对万历帝掩盖丰臣秀吉的真实意图，妄图侥幸无事。接着丰臣秀吉便要将小西行长治罪，并把中朝使团驱逐出境。这样历时两年的议和彻底破裂。
沈惟敬归国途中，滞留朝鲜，不敢回京。他假造了一道丰臣秀吉的谢恩表由另一使臣递交朝廷。这道假冒的谢恩表被明廷识破，再加上朝鲜方面传来日本再度备战的消息，万历帝知道使臣和兵部没有把日本方面的真实意图动向报告朝廷，一心求和，竭力欺瞒。当即大怒，马上下令革去兵部尚书石星等人的职务，令邢玠以兵部尚书出任总督，都御史杨镐经略朝鲜军务，再次出兵援朝。
同时下谕旨声明石星罪状“倭奴狂逞，掠占属国，窥犯内地，皆前兵部尚书石星谄贼酿患，欺君误国，着锦衣卫拿去法司。而沈惟敬见事情败露，为了报复便将明军的作战部署泄露给日军。
