三省六部是自西汉以后长期发展形成的制度。其中尚书省形成于东汉（时称尚书台）；中书省和门下省形成于三国时，目的在于分割和限制尚书省的权力。在发展过程中，组织形式和权力各有演变，至隋，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。
汉光武帝刘秀在尚书台设三公、吏部曹、民曹、客曹、二千石曹、中都官曹等六曹尚书，为六部前身。西晋时，有吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，属尚书省。南北朝亦有六部，然名称因王朝而异。隋初六部名为吏部、礼部、兵部、度支、都官及工部。
明朝胡惟庸案后，朱元璋下令“废除丞相，由六部分朝政”。为了加强皇权，明太祖朱元璋废除了沿用已久的三省制。从而完全实现君主专制稳固地位。使中央行政机构中直接对皇帝负责。
六部乃直接对皇帝负责，成为主管全国行政事务的最高机构。各部置尚书一人，总管本部政务，下有左右侍郎各一人，为尚书之副。
洪武五年（公元1372年）定六部具体职掌，并於岁终进行考绩，分其优劣，以行黜陟。六部官员相对稳定，不得轻易调动，凡有劳绩者，则在本部升用。自洪武十三年（公元1380年）罢中书省后，即升六部品秩：尚书为正二品（建文中曾一度提为正一品，永乐时复旧），侍郎正三品，郎中正五品，员外郎从五品，主事正六品。
六部尚书、侍郎都是堂官，由皇帝直接领导，其中吏部尤为重要，因为官吏的除授都必须经过吏部。洪武六年（公元1373年），吏部分三个属部，即总部，司勋部，考功部；十三年（公元1380年），增司封。二十二年（公元1389年）改总部为选部。二十九年（公元1396年），改定文选、验封、稽勋、考功四个清吏司。每司设郎中、员外郎、主事各一人。其中以吏部最为重要，户部人员最多。
吏部：被称作天官，掌管全国文官的任免、考核、升降、调动封勋。相当于现在的组织部。
户部：被称作地官，掌管全国土地、户籍、货币、赋税、俸禄、财政。
礼部：被称作春官，掌管全国典章制度、祭祀、学校、科举。
兵部：被称作夏官，掌管全国武官选用、兵籍、军械、军令、驿站。
刑部：被称作秋官，掌管全国法律、刑狱等事物。
工部：被称作冬官，掌管各项工程、水利、工匠、屯田、交通等政令。
永乐十九年（公元1421年），明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。南京所设立之六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。
所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。
明代六部所属各清吏司之郎中、员外郎、主事等司官，皆为实际任职之人，所以颇能上下其手，招降纳贿。
明代六部尚书往往不拘定额，可以添差，故有道士而任礼部尚书，工头而任工部尚书的现象。
