1592年，平静多时的明朝北部边疆，爆发了震动不小的宁夏之役。从蒙古投诚而来的大将拜，因为利益问题而选择铤而走险。明朝为了将之镇压，而几乎动用了全国一半以上的机动部队。包括后来声名远播的悍将李如松，也依靠这次战争而迅速蹿起。
多重矛盾
作为中原与草原势力的长期拉锯战场，宁夏及附近的河套地区，从来都是容易爆发战乱的地方。该地南面直通中原腹地，东面连接晋兰山区，西边毗邻河西走廊，北面又是草原十字路口之一的鄂尔多斯。所以，也被明朝视为防御北方的重镇之一。
在15世纪，宁夏及附近的河套地区都成为了一个明朝与蒙古势力交锋的主战场。但由于多种原因，这个热点地区在16世纪后趋于沉寂。这并不是说边界两侧的明蒙势力达成了和解，而是其他地方的冲突逐步升级，将经常只是小打小闹的宁夏又比了下去。例如阿勒坦汗治下的蒙古主力，就经常在以东的山西活动，威胁北京与太原。辽东地区的女真势力逐步复苏，也吸引了大明王朝的更多注意力。
但明朝制度下的固有顽疾，却还是在宁夏当地发挥着解构性的破坏作用。首先便是明朝长期阻断贸易，让边界两头的农民和牧民都陷入生活困苦。其次，卫所兵制的迅速破落，让明朝军队不得不定期吸纳叛逃的外族武士为自己作战。原本是蒙古小部落首领儿子的拜，就因为在蒙古人的内斗失败而带着随从投奔宁夏。他这类规划武将的入职，又以速度更快的方式吸纳家丁作为自己是私人部队。
在长期意图削弱军权影响力的文官看来，是非常巨大的潜在威胁。双方在官场上的一系列明争暗斗，都朝着不利于拜的方向发展。最后的拙计的财政，让卫所军户的收入没有任何保障。这些矛盾交织在一起，促成了宁夏之役的爆发。
在1592年的2月，拜以自己的私家军班底为核心，怂恿了遭遇长期欠饷的4个营驻军叛乱。恰逢北方的蒙古势力在俺答汗死后也出现了分裂。拜便与附近的部落联系，组成了一个松散的攻守同盟，壮大自己的声势。
很快，叛军就从宁夏四处出击，占据了包括要地灵州在内的周边城市和众多要塞。由于明朝的防御重心，已经被南方和东北方向上的问题牵制，对于西北的防御非常薄弱。结果，叛军在不长的时间内就靠近了黄河。
拜更是向明朝官方提出自立为王的要求。他手里除了有4个营的边军部队，还招募了大量的边境部落和地痞流氓。麾下核心则是3000人的家丁苍头军。这些人只以他本人为效忠对象，装备着军中最好的盔甲与武器，并头裹青色的头巾，显得非常与众不同。
软弱的反击
面对突然爆发的叛乱，明朝方面显得措手不及。因为当时的朝廷，已经清楚自己的卫所兵不堪大用。经过一个世纪的缓慢改革，有限的募兵队伍就成为了明军倚重的对象。他们与边区将领的家丁一起，构成了明朝后期的主要作战力量。但绝不足以做到过去卫所兵那样的覆盖率。军饷与财政保障的不均，也让不同募兵队伍间的战斗力差距甚大。
首先被派来镇压叛乱的是兵部尚书魏学曾，他麾下的部队主要来自同为边区的宣府和大同，人数也不到万人。他的第一个任务是确保叛军无法向中原腹地进攻。在发现拜并无此意后，便开始漫长的堡垒争夺战。叛军则因为部队数量非常有限，不足以分散防御各夺取的城关。于是在这一阶段内，他们选择节节抵抗但绝不纠缠死战。魏学曾的部队尽管不够善战，却也在缓慢的进度中逐步收复了大部分地方。
到1592年的5月，明军逐步推进到宁夏镇城下，形成了合围之势。然而，面对收缩兵力防御的叛军和自己精心修缮多年的城池，明军拙计的攻坚能力也暴露无遗。由于明朝长期将北方边患视为最大威胁，有限的经费都用于长城沿线的工事修筑，使得宁夏拥有了远高于大部分内地城市防御水平。在16世纪中期，明军还将刚刚仿制出来的大分部弗朗机火炮都布置在北方沿线，又让叛军的火力比进攻他们的明军还要出色。因此，魏学曾麾下兵马的围攻，根本奈何不了宁夏。
这时，有人向魏学曾提议，挖开附近的黄河大坝，以便水淹宁夏城墙。但魏学曾却认为这样的做法过于不讲人道，会伤及城内的普通民众，所以没有同意。然而，无论是强攻还是招降，拜与对明朝失望透顶的叛军都不为所动。在朝廷的迅速剿灭压力下，魏学曾才最终同意进行水攻。
但叛军并非对此没有防备，他们同样在城市外构筑了新的堤坝，并随着水位上升而不断加高。结果，原本用于冲刷城墙的大水，开始反过来倒灌入明军的营地。同时，与叛军联合的蒙古骑兵也不时攻击明军的后方。这让围攻者不仅作战失利，自己的后勤补给也成了问题。
眼看大好局面，究竟演变成一场全面溃败。明朝方面将魏学曾撤职，换上了新任兵部尚书叶梦熊，同时抽调在东北和南方各地的部队加入围攻。其中既有回回出生的将领麻贵，也有名将李成梁的儿子李如松，甚至还有戚继光留在浙江的班底和西南山区的苗人土司武装。
艰难的取胜
虽然各路兵马陆续抵达，几位悍将也同期抵达，但宁夏镇的局面并没有马上出现改观。纵使援军带来了多达400门火炮，却依然奈何不了被黄河冲刷过一遍的城墙。无论是仿制的轻型弗朗机，还是用土法改造的各类将军炮，都不具备攻城能力。至于被当做主要火力输出的碗口铳，就更打不动宁夏的墙面。
城中的叛军则主动出击，与驰援的明军进行了一次规模有限的骑兵战。在双方互有伤亡的时候，明军骑兵撤退到了车营背后，让步兵大量释放火器攻击。叛军不得不撤回城中。而原本将从背后夹击明军的蒙古人，也没有如约出现，让叛军失去了一次获得大捷的机会。
7月，明军继续以大量的火炮攻城。但基于前面所描述的原因，这些攻击都没有获得任何效果。自恃兵力雄厚的他们，又尝试以攀爬的方式强攻。但在守军的复合弓与弗朗机炮射击下，这种没有意义的强袭也因损失惨重而告终。只是由于城内的物资供应告急，叛军才有了突围逃跑的念头。但拜的几次突围都被占据绝对数量优势的明军击退。
双方的对峙就一直持续到这年8月。决心突围的拜再次尝试联系蒙古部落的骑兵。但他的信使在半途中被明军抓获，整个计划也被李如松等人获悉。于是，熟悉地形与情况的前任宁夏总兵麻贵亲自出马，在半途中伏击南下的部落武装。依靠集中使用的精锐家丁与边军骑兵残余，将没有防备的蒙古人迅速赶跑。
李如松也决定再次水淹城市。由于守军的人员损耗和后勤困难，已经没有能力再构筑新的堤坝反击。明军的火器阵地，则可以用火力覆盖城墙以外的地方，让叛军工兵难以冒头。黄河的大水便在宁夏城附近慢慢升高，到9月时已接近3米多深。一些较为脆弱的城墙开始出现崩坏，让部分叛军企图坐船逃离城市。但这一企图还是没有能突破明军的包围圈。
事已至此，拜决心与明军谈判。但在他杀死了两位一同叛乱的主将后，没有得到任何回应。9月25日，他们在无奈中尝试了最后一搏。蒙古骑兵再次尝试了南下增援。但在早有防备的李如松和麻贵面前，不愿意损耗部落人口的他们，因作战不顺而轻易撤退。同日，宁夏城内的叛军则将少量火器半岛了城墙的箭楼中，轰击远处的明军。但他们手里的武器，同样和明军处在一个水平级上，发挥不了多达的效果。
漫长的围攻持续到10月，城市的北墙被大水冲垮，整片区域被没入水中。明军则集中兵力进攻南墙，终于将失去意志的叛军击溃。拜和少量扈从退到了自己家中，被李如松等人团团包围。由于不敢和他们发生正面冲突，明军选择防火焚烧房屋。最终，失去全部希望的拜在屋子被烧毁前上吊自杀。
叛乱的平息，让明朝上下都大喜过望。李如松与麻贵又被急匆匆的调往朝鲜，对抗丰臣秀吉的日军。他们将自己在宁夏之役中采用的兵种和战法，又搬到了半岛战场。
