明朝治藏历史是指从朱元璋1368年建明朝于南京，至1644年清兵入关，于北京建立清朝前这段时期内与藏区的关系史。
明朝对藏政策主要形式为洪武年间在藏内设置羁縻性质的都司、卫所等军政机构，封授当地僧俗首领担任官员，永乐至正德以册封僧俗首领为主，受册封者定期朝贡，明朝则给予丰厚回赐。
治藏政策
一、行政规划
对于藏区的行政机构设置，明朝先后在西北藏区设立洮、河、岷、西宁四卫，在今甘、青、川部分藏区以及卫、藏地区设置“朵甘卫”和“乌思藏卫”。1374年，复于河州设置“西安行都指挥使司”，同时升“朵甘卫”为“朵甘行都指挥使司”，升“乌思藏卫”为“乌思藏行都指挥使司”。明太祖为此下诏晓谕诸部：
同时分别任命管招兀即儿和锁南兀即儿为乌思藏、朵甘都指挥使司同知，并赐银印。后又升“行都指挥使司”为“都指挥使司”，下设若干行都指挥使司、万户府、千户所、百户所等。1375年于阿里地区再置“俄力思军民元帅府”。各级官吏的官阶品第由明中央统一规定，颁给印信、号纸，令其“绥镇一方，安辑众庶”，并直接向明中央负责，事无大小，均可启奏“大明文殊皇帝”。
明朝在确定藏族地区的都指挥使司、卫、所的行政体制后，陆续委任藏族首领担任都指挥使司和卫所的官职。最初，明朝是封蔡巴、羊卓、止贡、嘉玛等故元万户府首领为乌思藏的行都指挥使或都指挥佥事等职，对帕木竹巴家臣中的内邬宗、桑珠孜宗的宗本则称为寨官。
后来在了解帕竹政权的情况后，明朝就开始任命帕竹政权的主要宗本为乌思藏行都指挥使司的官员，并且进一步在内邬宗和仁蚌宗这两个最大的宗设立了行都指挥使司。明朝在藏族地区封授的指挥使、都指挥使佥事、千户、百户等官职都准予世袭，但是重要官职的袭职要经过皇帝的批准，并换发敕书和印信。
二、朝纳贡赋
朝贡模式
明朝对西藏僧俗首领采取了定期、定员、定道、定制的进京朝贡模式。明朝规定“国师以下不许贡”，乌思藏贡使必须由雅州入的规定。1609年四月，因“番人混冒，方物滥恶，所奉敕书洗补可疑，而通使岁诱为奸”，明朝革除了乌思藏大乘法王、大宝法王、护教王、长河西、董卜韩胡等八番的入贡资格，只许阐教王、辅教王入贡。
朝贡路线
成都－新津－邛州－名山－雅州－碉门<荥经－黎州－飞越岭－化林坪－泸水－冷竹关>打箭炉－理塘－巴塘－馆觉－乍丫－昌都－恩达－洛隆－边坝－甲贡－嘉黎－江达－鹿马岭－乌苏江－墨竹－拉萨
茶马互市
茶马互市是起始于唐宋时期的一种汉藏之间古老贸易形式。由于藏地需要大量的茶叶，明朝便执行以茶叶换马匹的政策。而后，明朝逐渐发展出“以茶制番”的目的。
三、多封众建
明朝除在藏族地区设置卫所外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。当时藏传佛教在西藏派系颇多
，除控制卫藏地方政权的帕竹噶举派以外，尚有势力遍及川、康、卫藏的噶玛噶举派，以及势力仍强的萨迦派和后来居上的格鲁派等。明朝治藏政策的核心被概括为“多封众建，因俗以治”。“多封众建”与“因俗以治”互为表里、相互支撑，即“多封众建”为表，则“因俗以治”作为其政情民俗的基础和政策理念为里；若“因俗以治”为表，则“多封众建”作为其政策措施的支撑为里。
在明朝对这些藏传佛教的宗教首领人士的封授中，以永乐年间、宣德年间加封的“三大法王”和阐化王、护教王、赞善王、辅教王、阐教王等五个王最为重要，其次为大国师、国师及禅师等。
