1370年（至正三十年），昭宗即位时，元廷仍据有岭北行省、甘肃行省及辽阳行省大部，南面的云南行省仍奉北元正朔。沿边军民虽被迫降明,但大多居于原驻地观望形势的变化。
1372年（宣光二年），自岭北之役后，元明双方虽有小规模冲突，但南北对峙的局面暂时稳定，随之也形成了新的边界。在1387年（天元九年）明军迫降纳哈出之前，除奉北元正朔的云南行省于1381年（天元三年）被明军攻取，以及北元与高丽之间疆界后来发生了变动外，双方所守疆界大体稳定。
以1377年（宣光七年）为标准年代，北元辖地东至高丽，西至中亚，在天山以南还有哈密等地，尽有元朝岭北行省及辽阳行省、甘肃行省的部分地区。其疆域四至,北、西、东三面基本与元朝相同，只有南面与明朝形成了新的疆界。
1438年（明正统三年），岱总汗和太师绰罗斯·脱欢重新统一蒙古。1449年（明正统十四年），北元的势力所及长城以北、东至女真、西抵哈密以及哈密以西的裕勒都斯河流域、北到叶尼塞河的广袤地区，明史记载“漠北东西万里，无敢与之抗者”。
1451年（明景泰二年），北元实际控制面积达379万平方公里；1627年（明天启七年）四月，鉴于后金的压力，呼图克图汗率部西撤归化城。至此东起辽西，西至甘肃的蒙古各部都受呼图克图汗的节制。
行政区划
元廷北徙之后，惠宗退守上都，仍控制着由中书省所直辖的冀宁分省、晋宁分省、大同分省，由宣政院所管辖的三个宣慰使司都元帅府，以及五个行中书省，分别为岭北行省、辽阳行省、甘肃行省、陕西行省、云南行省。
岱宗汗统治时期，太师淮王绰罗斯·也先于沙州、罕东、赤斤蒙古三卫重置甘肃行省。
达延汗统治时期，划分东蒙古为察哈尔兀鲁思、兀良哈兀鲁思、喀尔喀兀鲁思、鄂尔多斯兀鲁思、永谢布兀鲁思、土默特兀鲁思。西蒙古为准噶尔兀鲁思、杜尔伯特兀鲁思、和硕特兀鲁思、土尔扈特兀鲁思。科尔沁兀鲁思和兀良哈三卫并立于东西蒙古。
藩属国
1369年（至正二十九年），占城、安南、高丽入贡明朝，北元与三国的宗藩关系正式结束。但高丽国并未完全同北元断绝关系，而是采取了“骑墙”的政策，实行两面外交。1377年（宣光七年）二月，元昭宗诏封王禑为高丽国王，高丽国开始使用北元“宣光”年号。1378年（宣光八年），高丽又停“宣光”年号，复行“洪武”年号。[37-38]直到1384年（天元六年）明军切断北元与高丽之间的交通前，高丽国一直首鼠两端。
