国内驻军为6个师团，分别配属于北部、东部、中部、西部、朝鲜、台湾等六个军管区。各军管区司令部直属于大本营陆军部，并在其下设有防卫总司令部，对各军营区司令部行使指挥权。
太平洋战争期间国内驻军的兵力编成与部署的变更
1.调出五个师团转隶南方军。1942年6月，美军在太平洋战场上开始了对日反攻作战。随着战局的发展，日本大本营不断从其他三个战略策群抽调兵力以加强南方军。从1943年12月起，先后将国内驻军中的五个师团调往太平洋战场，转隶南方军参加对盟军作战，到1944年11月，原驻本土的兵力只剩下第7师团.原驻朝鲜的两个师团均已调走。
2.调部分师团回国与组建新师团以加强防卫本土的兵力。
(1)加强台湾冲绳方向的兵力。日本大本营最初判断，美军对日进攻作战的一个可能的方向就是台湾冲绳方向。1944年2月，美国机动舰队飞机空袭特鲁克岛以后，日本大本营开始重视这一战略方向，着手加强防务，于同年3月22日下达了台湾军(第10方面军)战斗序列命令，使之成为作战军。随后在西南群岛组建了第32军，归大本营直辖，7月10日转隶策10方面军。该方面军隶下的八个师团，有五个是从关东军抽调转隶过来的，另三个师团是在1944年5月至7月由其他独立兵团改编组建的。
(2)加强北部方向的兵力。1943年夏季以后，日本大本营判断美军有可能从阿留申群岛和千岛群岛方向进攻日本本土，对北部战略方向十分担心，急于加强北海道和千岛群岛方面的防务，于1944年3月16日将北部军管区所属部队改为作战军，其战斗序列为第5方面军，并在其隶下组建第27军，下辖第42、91两个新建师团。(3)加强本土防卫的紧急措施。1944年7月6日，日本大本营采取了所谓加强本土防卫的紧急措施，其中包括动员九个步兵师团和一个坦克师团。以步、骑、炮、工各兵种军事学校与教导队为主体，组建了第81、93两师团，由留守师团改编，组建了第44、72、73、77、84、86、近卫第3等七个师团和坦克第4师团。7月21日下令组建第36军，下转第82、93、坦克第4三个师团，以主力集结于关东地方，以备万一。(4)续调精锐师团回国。1945年1月16日，日本大本营下令调关东军隶下之第11、25、57、坦克第1等四个师团转用于国内。
3.1945年的三次兵备动员计划。1945年2月28日，日本大本营下达第一次兵备动员计划，以各留守师团为基础，动员组建了十八个新师团，担任沿海防卫。4月20日又下令进行第二次兵备动员，组建了八个所谓“决战精锐师团”，师团长以下尽量选用年轻军官，士兵的现役率也比较高，夸称为“年轻的师团”。5月23日再下令进行第三次兵备动员，组建了十九个新师团，其中八个机动师团有较好的火力装备，设有卫生与补给机关，能进行长距离作战，其他十一个师团配置于沿海地方。同时下令组建东京防卫军，加入第12方面军战斗序列。
4.改变指挥统帅体制。1945年1月22日，日本大本营下令设立指挥作战军的方面军司令部和以军事行政为主要任务的军管区司令部，其战斗序列是第5(北部军管区)、第11(东北军管区)、第12(东部军管区)、第13(东海军管区)、第15(中部军管区和四国军管区)、第16(西部军管区)、第17(朝鲜军管区)、第I0(台湾军管区)方面军。4月5日又下令改变统帅体制，组成两个总军。以东海地方为其作战地域的第一总军，统领第11、12、13等三个方面军，以包括近畿、四国地方在内的西日本为其作战地域的第二总军，统帅第15、16两个方面军，北海道的第5方面军和台湾的第10方面军直属于大本营(后隶属第二总军)，朝鲜的第17方面军后来编入关东军战斗序列。
综上所述，在太平洋战争期间，日本法西斯陆军国内驻军的兵力编成与部署发生了重大变化。原有六个常备师团中的五个调往太平洋战场，参加对盟军作战，后来的国内驻军(含驻台湾，不合侵驻朝鲜)是由原有的一个常备师团，加上从关东军隶下调回七个常备师团和两个新建师团，以及在本土通过改编留守师团、动员各兵种军事学校、教导队与预备役军人组建的五十七个师团(另有四个高炮师团)，从南方军向本土复原与转隶各一个师团，共计六十九个师团的兵力编成的。这些就是日本法西斯准备用以同美军进行所谓“本土决战”的全部兵力，约占战争结束时日本陆军作战师团总数一百七十二个的百分之四十。
到1945年8月为止，日本陆军的本土防御部队共拥有2350000名士兵和人员，组成53个步兵师团(不包括北海道和东北地区岛屿的5个师团)及25个旅，而且还有2个坦克师团和7个坦克旅，以及4个要地防空师团。这55个陆军师团按照如下的方式部署在本土：本州地区35个师团，2个坦克师团;四国地区4个师团;九州地区14个师团。除此之外，还有2250000名陆军非战斗人员，1300000名海军非战斗人员，250000名特别守备部队，以及2800万名民兵和准军事组织成员。
日本陆军终于将其控制下的陆军航空部队和海军航空队合并，此时陆军在本土约有1000余架普通飞机和1600余架自杀飞机，将全部用于九州、四国的防御，以及在力所能及的情况下兼顾关东地区。从朝鲜，东北和华东也紧急调来了200架常规飞机和500架自杀飞机。另外，预计8月份还能在本土生产500到1000架自杀飞机。航空总军还控制5225架海军飞机，包括1000架战斗机，4000架专用的自杀轰炸机，和一些侦察飞机。
1936年兵力：12个师团
近卫师团 中将 香月清司
第3师团 中将 伊东政喜
第5师团 中将 林桂
第6师团 中将 谷寿夫
第7师团 中将 三毛一夫
第8师团 中将 下元熊弥
第9师团 中将 山冈重厚
第10师团 中将 松浦淳六郎
第11师团 中将 多田骏
第14师团 中将 末松茂治
第16师团 中将 儿玉友雄
关东军第1、第2、第4、第12师团留守部队。
1937年国内兵力：
近卫师团
第11师团
1938年国内兵力：
近卫师团
日本内地防卫军 1945年2月6日下令组建，同年4月撤销。
司令官 东久迩宫稔彦
规定在本州、四国、九州撤销东部军、中部军、西部军司令部。
第十一方面军防卫指导东北军管区(仙台)，
第二方面军防卫指导东部军管区(东京)，
第十三方面军防卫指导东海军管区(名古屋)，
第十五方面军防卫指导中部军管区(大阪)，
第十六方面军防卫指导西部军管区(福冈)。
军管区司令官由方面军司令官兼任。
此外还统辖第一航空军、第六航空军，
并对朝鲜方面的第十七方面军进行防卫指导。
1945年4月撤销日本内地防卫军，组建第一总军、第二总军、航空总军。
第一总军在东京组建，由陆军元帅杉山元指挥，防守整个东日本，下辖三个方面军(北海道地区由帝国最高统帅部直接指挥)。
第十一方面军(仙台，东北军管区)
司令官： 吉木贞一
大将 藤江惠辅
第50军 司令官 中将 星野利元
第157师团 中将 宫下健一郎
第308师团 中将 朝野寅四郎
独95旅团 少将 石黑岩太
第72师团 中将 千叶熊治
第142师团 中将 寺恒忠雄
第222师团 中将 深掘游龟
混113旅团 少将 龟川良夫
第十二方面军(东京，东部军管区)
司令官： 大将 田中静壹
第36军 司令官 中将 上村利道
第81师团 中将 古闲健
第93师团 中将 山本三男
第201师团 少将 重信吉固
第202师团 少将 片仓衷
第214师团 中将 山本募
坦克第4师团 中将 名仓桀
坦克第1师团 中将 细见惟雄
第51军 司令官 中将 野田谦吾
第44师团 中将 谷口春治
第151师团 中将 白银义方
第221师团 中将 永泽三郎
混115旅团 少将 相叶健
混116旅团 少将 岩根清夫
坦克第7旅团 大佐 三田村逸彦
第52军 司令官 中将 重田德松
近卫第2师团 中将 山崎清次
第147师团 中将 石川浩四郎
第152师团 中将 能畸清次
第234师团 中将 永野龟一郎
坦克第3旅团 少将 田畑与三郎
第53军 司令官 中将 赤柴八重藏
第84师团 中将 佐久间为人
第140师团 中将 物部长鉾
第316师团 中将 柏德
混117旅团 少将 平樱政吉
坦克第2旅团 大佐 佐伯静夫
东京防卫军 司令官 中将 饭村穰
警备第1旅团 少将 重松吉正
警备第2旅团 少将 矢个崎节三
警备第3旅团 少将 原田栋
近卫第1师团 中将 森纠
第321师团 中将 矢崎勘十
混66旅团 少将 中村三郎
混67旅团 少将 木原义雄
高射第1师团 中将 金冈峤
东京湾兵团 司令官 中将 大场四平
第354师团 中将 山口信一
混96旅团 少将 惠藤第四郎
混114旅团 少将 筑懒真琴
第十三方面军(名古屋，东海军管区)
司令官： 中将 冈田资
第54军 司令官 中将 小林信男
第143师团 中将 铃木贞次
第224师团 中将 河村参郎
第355师团 中将 武田寿
混97旅团 少将 根岸四
混119旅团 少将 伊东说
混120旅团 少将 加治武雄
直辖：
第73师团 中将 河田末三郎
第153师团 中将 稻村丰二郎
第229师团 中将 石野芳男
坦克第8旅团 中将 当山弘道
高射第2师团 中将 入江莞尔
第二总军在广岛组建，由陆军元帅畑俊六指挥，防守整个西日本和四国，包括两个方面军。
第十五方面军(大阪，中部军管区和四国军管区)
司令官 中将 内山英太郎
第55军 司令官 中将 原田熊吉
第11师团 中将 大野广一
第155师团 中将 岩永汪
第205师团 中将 唐川安夫
第344师团 中将 横田丰一郎
混121旅团 少将 横井忠道
第59军 司令官 中将 谷寿夫
第230师团 中将 中西贞喜
第231师团 中将 村田孝生
混124旅团 少将 石井信
直辖：
第114师团 中将 高野真满
第225师团 中将 落合鼎无
混123旅团 少将 金冈正忠
高射第3师团 中将 河合洁
第十六方面军(二日市，西部军管区)。
司令官 中将 横山勇
第40军 司令官 中将 中泽三夫
第77师团 中将 中三政康
第146师团 中将 坪岛文雄
第302师团 中将 石田荣熊
第206师团 中将 岩彻秀
混125旅团 少将 仓桥尚
第56军 司令官 中将 七田一郎
第145师团 中将 小原一明
第312师团 中将 多田保
第351师团 中将 藤村谦
坦克第4旅团 大佐 生驹林一
壹歧要塞 少将 千知波幸治
第57军 司令官 中将 西原宽治
第86师团 中将 芳仲和太郎
第154师团 少将 二见秋三郎
第156师团 中将 樋口敬七郎
第212师团 少将 樱井德太郎
混98旅团 少将 黑须源之助
混109旅团 中将 千田贞雄
坦克第5旅团 大佐 高泽英辉
坦克第6旅团 大佐 松田哲人
直辖：
第25师团 中将 加藤怜三
第57师团 中将 矢野政雄
第216师团 中将 中野良次
高射第4师团 中将 伊藤范治
混64旅团 少将 高田利贞
混107旅团 少将 久世弥三吉
混118旅团 少将 内山隆道
混122旅团 少将 谷口元次郎
混126旅团 少将 林勇藏
对岛要塞 中将 长懒武平
第五方面军(扎幌，北部军管区)：
司令官 中将 樋口季一郎
第7师团 中将 鲤登行一
第42师团 中将 佐野虎太
第88师团 中将 峰木十一郎
第89师团 中将 小川权之助
第91师团 中将 堤不夹贵
混101旅团 少将 桂朝彦
混129旅团 少将 仁保进
航空总军，由河边正三大将指挥，
下辖三个空军集团军。计四个航空军及八个航空师团。计划中登陆的美军将在本土具有战略意义的地区被消灭，尤其是九州和关东地区。上百个飞行中队匆匆建成，主要是战斗机部队。此时神风自杀机部队已颇具规模，在6月底，已经制造约2000架自杀飞机。
第1航空军 司令官 中将 安田武雄
第10飞行师团 中将 近藤兼利
第11飞行师团 中将 北岛熊男
第2航空军 司令官 中将 原田宇一郎(属关东军)
第5航空军 司令官 中将 下山琢磨
第13飞行师团 中将 吉田喜八郎(中国派遣军)
第6航空军 司令官 中将 菅原道大
第12飞行师团 中将 土生秀治
第1飞行师团 中将 佐藤正一(第5方面军)
第51航空师团 中将 石川爱
第52航空师团 中将 山中繁茂
第53航空师团 中将 广田丰
第20战斗飞行集团 中将 青木武三
第30战斗飞行集团 少将 三好康之
驻守在日本本土的部队共240万人。
