历时四年的“楚汉战争”，最后以项羽兵败自刎终结，刘邦终于像秦始皇一样，成了至尊至贵的皇帝。
接下来便是论功行赏了。
文臣武将一个个睁大眼睛，争说自己功劳如何如何，闹得不可开交。刘邦快刀斩乱麻，先封萧何为酆侯，食邑八千户。翘首以盼的众将领议论纷纷，说这个封赏太不公平，最后去找皇上说理：“我们披坚执锐，多的身经百余战，少的也有数十合，攻城略地，大小有差。萧何不曾有汗马之功，留在关中，操持文墨，发发议论而已。如今却先封了他八千户，是何道理？”
刘邦冷笑一声，问：“你们知道打猎吧？”
众将摸不着头脑，你看我，我看他，末了，说：“知道。”
“知道猎狗吗？”
“知道！”众将又是一声呐喊。
“打猎，逐鹿捕兔的是猎狗，指挥猎狗追捕的是猎人。”刘邦话锋一转，指向诸将，“你们只能逐鹿捕兔，一群功狗而已。人家萧何，谋略策划，是一个功人。况且，你们一般都是一人追随我，多的也不过两三人。而萧何让他的家族数十人跟我出生人死，这份功劳，我是不会忘的。”
众将虽心中不服，但也不敢再说什么。
过了不久，刘邦与群臣讨论勋臣的位次，众将都说曹参勇冠三军，身上的箭伤刀疤就有七十多处，战功最为显赫，应排在第一。曹参战功卓著，刘邦是知道的，但在心里，他还想以萧何为第一，只是不便说出口。这时，有个叫鄂千秋的，人很机灵，看出了刘邦的心思，站出来替萧何争功，说曹参野战略地，只不过一时之功，少几个像曹参这样的人物，也无碍汉家帝业；萧何坐镇关中，筹措粮草、兵马，供给前线，使皇上能放手与项羽角逐，此乃万世之功，应以萧何为第一，曹参第二。众将面面相觑，刘邦却高兴得心花怒放，趁机宣布萧何为功勋第一，特赐他人朝不趋、剑履上殿、赞拜不名。这种殊荣，后来的霍光、王莽、梁冀、曹操、司马懿等等，也曾荣膺。但是，他们已是不臣之臣。刘邦意犹未尽，又增封萧何两千户，以报答当年萧何多送他二百钱盘缠；又封了萧何父兄子弟十余人食邑不等。
公元前197年九月，陈稀举兵反，刘邦御驾亲征，命萧何协助吕雉留守长安，淮阴侯韩信试图与陈稀里应外合，在长安举事。翌年正月，萧何帮吕雉擒杀韩信，然后派人北上，报告远在邯郸前线的刘邦，刘邦夸赞了萧何一番，接着派人赶回长安，宣布他的嘉奖令：晋升萧何为相国；益封五千户；增派五百名卫士，由一名都尉率领，加强对相国的保卫。与丞相相比，相国的职权没有什么变化，所不同的只是印绶不一样，丞相是金印紫绶。相国是金印绿绶；从名称上说，相国更尊贵一些。加上新封的五千户，总数已达一万五千户。经过长期的战乱，汉初人口锐减，曲逆(今河北完县)昔日有数万户，却后余生者仅五千户，刘邦见了还惊叹不已，说除了洛阳，就数曲逆富庶了。萧何的食邑，至少在三四个县。相府有卫士，人数不详，现在又加派五百人，对一个臣子来讲，这是难以想像的殊荣。消息传出，留在京城的大小官员纷纷来道贺。
就在相府一片喜庆时，召平却前来吊唁，此君秦时是东陵侯，富贵一时，秦亡，他的侯爵也没了，以种瓜为生，种的瓜很有名，人称“东陵瓜”。萧何活得好好的，为何却来吊唁？他解释说：“相国大难临头了!您想一想，皇上征战在外，您留守京城，没有枪林矢雨，却给您增加卫士，这是何故？那是因为淮阴侯谋反，皇上对您也放心不下。增派卫士，不是来保护您的，是来监视您的。如果相国上书辞谢封赏，再把家产全部捐出来，以助军用，皇上就会转忧为喜。”
萧何依言而行，果然博得刘邦的欢心。
不过，仅仅过了七个月，萧何又遇上了一次“信任危机”。这年七月，淮南王英布举兵造反。消息传到长安，刘邦正在病中，此时他已六十一岁了，多年的戎马生涯，使他的健康受到了损害，这次他不打算御驾亲征，准备让皇太子刘盈挂帅。
此时的刘盈，地位不稳，刘邦最宠爱的戚夫人大吹枕边风，要刘邦立他的儿子刘如意为皇太子。有人告诉吕雉，刘盈挂帅出征，一旦失利，便会给戚夫人以可乘之机。吕雉便跑到刘邦病榻前，说那英布乃一代枭雄，太子岂是对手，必须皇上亲自出马才行，皇上龙体欠安，可以躺在车上指挥作战。她一边哀求诉说，一边痛苦流涕，哭得刘邦心烦，遂决定御驾亲征，让萧何和吕雉留守长安。车驾东进，刘邦越来越担心萧何：此番抱病出征，凶多吉少，他会不会趁机搞些小动作？果真如此，刘氏江山就危如累卵了。刘邦越想越后怕，只好不断地派人回去侦探萧何的动向。
不久，萧何就发觉有密探在监视他。为了取信于皇上，萧何只好加倍小心，努力工作，安抚百姓，又像上次一样，捐献家产助军。“相国离灭族不远了。”一个慕僚对萧何说，“您位居相国，勋臣第一，还能再往上提升吗？相国一人关中，就得人心，如今已十多年了。百姓都拥戴您，而您还在做一些争取民心的工作。皇上之所以多次派人探视，就是怕您有什么动作。您为什么不买地买房放高利贷，自己搞臭自己？如此，皇上才能放心。”确实，萧何越克尽职守，名望就越高，刘邦就越不放心。
萧何采纳了这个幕僚的高见，用低价强买百姓田宅数千万亩，价格之低，如同强取豪夺，百姓大骂“贪官”，怨声载道。
刘邦镇压了英布的叛乱，回到阔别十多年的故乡。他的车驾一过潼关，就不断有人拦驾告状，说萧何如何如何强夺他们的田宅，恳请皇上严惩那个大贪官。刘邦越听越高兴，萧何来迎驾，他大笑着说：“相国这样做才是有利于百姓。”说完，把那一大捆百姓控告萧何的竹简都交给萧何，让他自己去处理。
萧何“自污”，暂时让刘邦放宽了心，君臣相安无事。
过了两个月，萧何看到长安周围地区人多地少，民生艰难，就奏请刘邦把上林苑中的空闲土地分给无地少地的农民耕种，免收租税。本来，这是一桩既对贫苦百姓有利，又对稳定刘氏皇朝统治有益的建议，作为当国丞相，萧何提出这样一个建议是职权内的一件小事。谁知，刘邦听后大发雷霆，指着萧何大骂：“你收受了商人的贿赂，竟然来替他们要我的花园！”当即下令逮捕萧何。
一桩小事，何以惹得刘邦如此大动肝火？
这年，刘邦六十二岁，病情日重。久经枪林矢雨的刘邦对生死还算看得开，不讳疾忌医，更不像秦始皇那样梦想长生不老。刘邦为什么逮捕萧何，文献未详，我们推测，刘邦有意杀掉萧何。萧何德高望重，群臣惟他马首是瞻，很可能刘邦担心他一咽气，懦弱的儿子难以震慑众人，若萧何再有二心，刘氏江山难保。为了子孙家天下，他自然就要除掉萧何。
有生以来，萧何第一次入狱，且进的是自己作为开国第一勋臣的皇朝的大狱。他没有作任何申辩，一副听天由命的样子。
与萧何同辈的老臣们也无一人替他说话。
萧何大难不死，靠的是一个姓王的卫尉。
卫尉乃九卿之一，统领卫士，把守宫门。这位王卫尉名字叫什么，文献失载。从这一点来看，他不是战功显赫的开国元勋。一天，他在殿中执勤，刘邦找他说话，他小心地问：“相国犯什么罪，陛下把他投进了大牢？”
“我听说李斯相秦始皇，好事都归皇上，坏事一人担下来。”刘邦说，“相国拿了商人的金子，来要我的花园，献媚百姓，所以把他抓了起来。”
这话多少透露了刘邦逮捕萧何的原因：萧何献媚百姓，与他争民心。说穿了，刘邦还是担心萧何的威望太高，危及刘氏江山。他时时处处提防的，就是这一点。越到晚年，他对萧何越加猜忌。
王卫尉不是那种落井下石的人，尽管他人微言轻，还是替萧何分辨了几句：“有便民之事而奏请皇上，那是宰相职权内的事，陛下怎能怀疑相国收受了商人的金子！”这话戳到了刘邦的痛处。他说萧何受贿，纯是“莫须有”，可没个罪名，又怎能把一个当朝宰相投进大牢？王卫尉揭了他的伤疤，刘邦顿时拉下了脸。王卫尉全然不顾，仍按自己的思路往下说：“当年，陛下与项羽逐鹿中原，萧何留守关中，他若有个三心二意，关中就不是陛下的了。陈稀、英布反叛，陛下御驾亲征，也是萧何留守，他若有贰心，那也是大好时机。那时萧何忠心耿耿，不谋私利，现在怎会看上商人一点金子？秦始皇就是因为没有听到他的过失，最终导致秦朝二世而亡，李斯替皇上分过，又有什么可称道的！”刘邦沉思良久，最后下令释放萧何。这一方面是刘邦“良心”发现，另一方面，恐怕也是顾及此事给公卿大臣带来的影响。王卫尉对此事尚且如此考虑，那些与萧何一同出生人死的人不仅也会有同样的想法，而且还会担心步萧何后尘，他们的沉默只是表面现象，心中郁积的是怨恨、恐惧，一旦爆发，后果不堪设想。刘邦之所以放了萧何，这后一个因素起了更重要的作用。
用“悲喜交集”一词来形容萧何获释的心情，再恰当不过了。他赤着脚，一副罪犯的打扮，人宫谢主龙恩——萧何在演戏，演给刘邦看。果然，望着满头白发的老相国诚惶诚恐地跪在脚下，刘邦颇有悔意，说：“相国起来吧!相国为民着想，我不准，行同桀纣。相国是个贤相，我把你投进监狱，是想让百姓都知道我不是个好皇帝。”这后面几句话显然是开脱之辞，言不由衷。不过，这几句话也表明，刘邦意识到，即使要除掉萧何，自己也无能为力了。
五个月后，即公元前195年四月，刘邦病故。终年六十二岁。
皇太子刘盈承嗣大位，是为惠帝。一代枭雄刘邦撒手人寰，萧何仍做他的相国，他再也不必担心受猜忌了，年轻的皇帝和幕后的吕雉，对他信任有加。然而，他的人生之路也走到了尽头，重病缠身的他在刘邦死后第三年，也寿终正寝。
他给子孙留下了一个万户侯的爵位，还有几片薄田。他曾对人说：“如果子孙贤能，就会学习我的节俭；不肖，那几亩薄田有权有势的人也看不上，不会被他们强取豪夺了去。”
