“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中“。（在燕兵攻陷京师后，朱允炆）“遂阖宫自已焚燃。上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！“朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上亦曰：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃。“（《明实录·太宗实录》）
“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。”“上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫。因指烬中后骨以为上！”
湖南新田大观堡造假说
湖南永州新田县发现明代遗址大观堡，该古城堡工程规模宏大，建筑面积7000平方米，石头垒成的堡垒周长346米，城墙残高4米左右，疑为建文帝避难行宫。后经部分文物和史学专家多方求证，认为建文帝极有可能避难新田，在全国多处出现的建文帝‘下落说’中，有的是传说，有的只有族谱，而只有新田县有相关碑刻，经考证涉嫌造假。
该说主要的证据有（不完全统计）：
1、龙池寺遗址碑刻记载“夫山曰安昙寺曰龙池”、“自大明皇朝先师铁峯悟真流亡”、“剃本靖为僧‘燕师’”等；梅木塘碑刻记载“圣帝之寿诞，为同人之嘉节，首士齐集虔诚致祭……誓词惟皇上御极之年岁次月日等谨以……二帝神位前曰，惟二帝职司阴鉴”等。
2、大观堡遗址
3、其他文物：象牙朝笏；道教神仙人物长卷画；
4、《史氏族谱》记载
新田宁远两县文物研究人员在大观堡考察碑刻，发现碑刻中关于“二帝”的内容，怀疑“二帝”就是建文帝，但宁远本地历史研究人员欧阳元益认为“二帝”是指南明二帝，碑刻可能是反清复明余党留下的。经调查鲤溪镇和大观堡周边群众从来没有听说过有建文帝这个传说，石文庄之孙石午荣于明永乐年间从大观堡迁居石家洞也从来没有听说过建文帝。
经调查明初被明朝政府派遣到新田县屯田（军屯）建大观堡的那支后人就是石家洞石氏，著名明史协会专家商传教授回复了大冠堡根本没有建文帝，商传教授曾说：“我认为大观堡肯定不会是建文帝建的，说建文帝来过大观堡也没有任何依据，可能是一些曾经忠实于建文帝的人留下了一些痕迹”。
根据清嘉庆十六年《宁远县志》记载：“石玉生东乡石溪人，明初其父以都司守邑东堡，玉生弱冠袭职....."。正史上证实大观堡堡主是石文庄、石玉生父子”。
另外清康熙二十三年（1684）的宁远《石氏宗谱》也有记载石文庄和石玉生镇守大观堡的事实，距今已有330多年的历史，是目前宁远县发现最早的军事古堡记载。经专家考证，大观堡是明代建筑，是石文庄始建于大明洪武三年（1370）。明史协会专家商传教授曾实地考察过大观堡，最后得出了“大观堡根本没有建文帝”的结论。
东明寺说
万历《钱塘县志·纪制》记载：“东明寺在安溪大遮山前，建文君为僧至此，有遗像“。（《杭县志稿》卷八）“相传朱允炆遁迹至此，时旭日始旦，题曰东明。自归国后，方知为帝。今范其遗像。有手植牡丹，色白如银“。明代嘉靖年间《留青日札摘抄》、清代康熙年间《湖堧杂记》中也都有记载。
据2010年12月7日，余杭县史志办张炳林先生从上海图书馆发现《东明寺志》，翻开第一页，上面写着“东明寺志叙“五个大字。《东明寺志》（三卷）清释湛潜篡，清康熙十二年（1674年）版本。
寺志中是如此记载：“迨壬午金川变作，启箧得杨应能度牒及披剃具，佛知运数巳定，乃僧服出逊，由吴兴至钱塘遁栖东明山，亲灸旵祖座下，凡六载，迹渐彰乃辞去。”
由此可见，朱允炆到东明寺出家为僧不是空穴来风，是确有其人其事。当年众僧们皆尊称朱允炆为“应能问道老佛“，寺志中还特地将“应能问道老佛“排列在祖师堂的第二位置，仅次于东明禅寺的开法祖师慧旵，明白无疑确定了东明禅寺与朱允炆之间的密切。其中还披露了二个重要信息：所谓“静室“一是当年东明寺开法禅师慧旵禅师的闭关之处，二是朱允炆在东明禅寺出家为僧的居所，这是初闻。
东明寺大雄宝殿内右侧有朱允炆塑像，殿柱上刻有如下对联：僧为帝，帝亦为僧，一再传，衣钵相授，留偈而化；叔负侄，侄不负叔，三百载，江山依旧，到老皆空。
朱允炆亲手植之桂花，经过日寇焚烧，仅剩树干。但大难不死，第二年又绽新枝，现枝高叶茂，秋季花开，香溢四野，且金银双色各半，传为奇谈佳话。
孟将殿，原有座小庙现已毁，不知是否属实？民间称之“骂将殿“。相传明成祖派一位朱允炆当朝时的武状元出身将军追杀朱允炆。追至东明山，朱允炆痛斥其助纣为虐。他进退两难：逊帝有恩，今上难违。回京又无颜复命，终而自杀。因该将军姓孟，后人建孟将军庙以资纪念。
“自焚而死”说
据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，朱允炆继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役“。不到四年，燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，朱允炆求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。
朱允炆眼看大势已去，下令焚宫，顿时火光熊熊，朱允炆携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查朱允炆下落。宫内侍人都说朱允炆已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹。其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝“。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说。
“遁入道门”说
据有学者考证，朱允炆晚年化名詹碧云，隐踪在江西上饶玉山三清山任三清宫住持道士，在三清福地借修建道教宫观为掩护，巧妙修筑了“明治山詹碧云藏竹之所“的陵墓和其他相关石雕、楹联、三清山石刻260余处，留下了“风流建水翁承赞，樽酒论文千载同“、“方豪上“、“都俞脱生“、“壶市安井“等一系列可供考研的石刻隐逸文化密码。
此外，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对朱允炆自焚而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，朱允炆削发为僧外逃了。他就把朱允炆的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出朱允炆下落。并派郑和下西洋“欲寻踪迹“，派户科都给事中胡濙遍行郡、乡、邑长达16年，搜寻朱允炆下落，一直到朱棣死前一年的一个晚上，他已睡下了，但听说胡濙回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。
胡濙访得朱允炆离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江苏吴县普洛寺内，此后一心为僧，无复国之意。近年徐作生也通过查阅大量文献和实地考察后，指出：永乐二十一年（1423年），朱允炆死于江苏吴县穹窿山，终年46岁，葬于皇驾庵后的小山坡上。
也有人指出，朱允炆自焚身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，朱允炆想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。朱允炆也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里决无好下场，不如以死了之为上策。燕王朱棣也绝不会让朱允炆活下去，否则，他就不能当皇帝。朱棣为了不留下“杀侄夺位“之臭名，苦心寻找朱允炆下落，留下了历史疑案。
综上，朱棣在即位后，下令搜寻朱允炆，这是历史事实。朱允炆的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。有的学者认为，朱允炆并没有死，而是走了后门，到了山中去做了和尚，红崖天书就是他写下的。
