以黄帝为中华民族的始祖，是司马迁《史记》两千年来的巨大影响肇成的。此事要从孔子删书说起。
《尚书》是中国最早的一部史书，唐尧以前的远古洪荒史，被孔子删掉了，但洪荒之迹并未因此而消逝，《尚书》之外的典籍仍在，中华大地上的史迹和传说仍在。所以，战国时期的诸子百家，针对孔子的删削，纷纷补述远古史。例如：
《列子》和《吕氏春秋》对远古人的生活方式曾作这样的描述：“男女杂游，不媒不聘”，“聚生群处，知母不知父”。那么谁是最早的帝王呢《管子》说：“古者，封泰山、禅梁父者七十二家，夷吾所记者十有二焉。”七十二代帝王，我们只知道十分之二，于是《管子》列举出五家：“昔，无怀封泰山禅云云，宓羲封泰山禅云云，神农封泰山禅云云，黄帝封泰山禅云云。”《庄子》说：“古之人，在混茫之中……当是之时也，莫之为而常自然……及燧人、伏牺始为天下，故顺而不一……及神农、黄帝始为天下，是故安而不顺。”纵观如上诸子之说，至少在黄帝以前有燧人、无怀、伏牺、神农四代帝王。《论衡》中又说：“女娲之前，齿为人者，人皇最先。”谁是人皇有“三皇五帝”说。《周礼·春官》：“掌三皇五帝之书。”《吕氏春秋·孝行·贵公·用众·禁塞》四篇中，都提到了三皇五帝：“夫孝，三皇五帝之本务”、“此三皇五帝之德也”、“此三皇五帝之所以立大功名也”、“上称三皇五帝之业以愉其意”。这里的三皇，具体指何人虽有四种不同说法，但黄帝之前有先皇，这是无疑的。
从战国时期开始，对中华民族远古史的认识，便分成三大派。一派是坚执孔子的“尧以来”，不承认尧以前;对立的一派是坚信尧以前有着很多帝系，并且明确表示反对孔子滥删《尚书》，如韩婴说：“自古封禅者万有余家，仲尼观之不能尽识，”所以他就把尧以前的远古史一笔勾销了;另一派未必反孔，但取折中，如司马迁的始于黄帝说，以司马贞为代表的始于包牺氏说，他们既不赞成孔子的武断，也怀疑传说中渺芒的洪荒史。
司马迁是第一位突破孔子的“尧以前”说而部分采纳先秦诸子说的史学家，撰《史记》时，亲自考察史迹，躬身访问传说，证实了“他说”“其所表见皆不虚”，于是在尧以前补入了黄帝、颛顼、帝喾三代帝纪，与尧、舜并称为五帝，放弃了三皇说。
司马迁虽然比孔子进步了，但还是遭到了很多批评。如后汉的大科学家张衡就认为，司马迁不应该“独载五帝不记三皇。”唐代的司马贞批评道：“《史记》宜应上自开辟，下迄当代。”宋人刘恕说“包牺神农缺漏不录”，使后世“莫知是从”。
