纵容皇后干政
李存勖在位期间，皇后刘氏权力极大，所发布的教令与皇帝诏敕具有同样效力，各地官府都必须执行。刘氏生性贪婪吝啬，不但和李存勖一同聚敛钱财，还派人到各地经商，连柴火果蔬之类都要加以贩卖，从中获利。四方贡献的钱财都据为己有，却吝啬不赏，只用于供养伽蓝。降将如袁象先、温韬、张全义，都通过厚赂刘氏而得到重用。
同光四年（926年），国内饥荒，洛阳府库空竭，禁军军士都不发军粮。亲族家眷只能以野菜充饥，以致冻饿而死者无数，很多军士甚至被迫典卖妻儿。而这时正逢邺都兵变，军中流言四起，形势非常不利。在这种情况下，宰相率百官上表，请李存勖开内库赈灾。李存勖应允，但刘氏却不肯答应，称生死有天命决定，非人力所能挽回。后来，宰相又在便殿议论。刘氏躲在屏风后面偷听，竟然将自己的梳妆用具、两口银盆，以及三个年幼的皇子，送到宰相面前，称宫中只剩这些，让他们拿去卖了以筹备军饷，吓得宰相惶恐而退。
疏忌功臣
李存勖在位期间，对功臣宿将多有猜忌之心。李嗣源是后唐灭梁第一功臣，曾表奏义子李从珂为北京内牙马步都指挥使，希望李从珂能就近照顾家中。李存勖却恼怒异常，认为李嗣源“握兵权，居大镇”，却插手军政人事，因此将李从珂贬为突骑指挥使，远戍石门镇，并多次驳回李嗣源的入朝请求。[64]而在李嗣源入朝后，李存勖又命朱守殷暗中监视。
而在李存勖晚年，更是变本加厉，对功臣宿将无罪诛戮。郭崇韬在灭梁、平蜀战役中，战功显赫，但与宦官不睦。前蜀灭亡后，蜀人曾请郭崇韬留镇西川。李存勖对此非常不满，又听信宦官向延嗣的谗言，以为郭崇韬截留蜀地财货，更是怒形于色。他任命孟知祥为西川节度使，让其到成都斩杀郭崇韬，被孟知祥劝止。刘皇后却私自下达教命，密令李继岌在成都处死郭崇韬父子。李存勖非但不予追究，还下诏给郭崇韬定罪。[66]河中节度使朱友谦及其部将史武等七人皆因此案牵连而被诛杀灭族。康延孝为郭、朱复仇，起兵反唐，很快也兵败身死。
