全真教与玄教在元代都得到了长足的发展，其发展势头之劲，是其他道派所不可比拟的。考察其发展、变化所表现出来的特征，可以看出它们的命运是随着统治者的喜好而不同的。
首先来比较分析二教的相同之处：
一、时代背景相似
全真教、玄教的发展都处于蒙古势力逐渐扩张的时期。全真教处于金、南宋与蒙古三朝鼎立之时，北方处于兵火交炽地带，给当地人民带来了沉重的灾难。这时很多儒士纷纷加入全真教，给全真教带来了很大的发展，也使得全真教在人民心目中有很高的地位。丘处机于此时去山东招安，"所至皆投戈拜命，二州遂定。"①显示了其在群众中具有很强的号召力，同时也引起了统治者的注意，竞相派使前去召请。成吉思汗在长期的征服过程中，强烈地认识到宗教在箝固人心方面所起到的巨大的能动作用。他看到全真教发展迅猛，有很强大的群众基础，从而极力邀请当时的嗣教丘处机西行，在给丘处机的诏书上明确表示了他重视全真教，意图以其来征服人心的目的："来去从背，实力率之故，然久逸暂劳，冀心服而后已。"②成吉思汗用汉人来治理汉人的做法是非常明智的。丘处机对安抚蒙古后方的民众确实起到了很大的作用。
成吉思汗为了稳定北方，支持了在北方有广大影响的全真道的发展。全国大统一后，出于同样的目的，忽必烈利用了一直在江南传承发展的正一道。正一道从唐宋以后，就被皇室所尊崇，在民间有广泛的影响，符合忽必烈甄选思想工具的需要，以作为强权统治的补充。早在灭南宋前，他就遣使去江南寻访正一道第三十五代天师张可大。张可大预言其"后二十年，天下当统一。"③这对天师道的发展是一个契机。统一全国后，他就诏封正一道第三十六代天师张宗演，给予其很大的特权。玄教是正一道的一个支派，是正一道在京师的组织形式，其发展势头超过了正一道。
二、"甘为汉人师"
蒙古统治者进入中原后，统治的对象主要是汉族农民，原来统治游牧民族的漠北制度就不能适应了。汉族地主阶级积累了一千多年的统治经验，形成为一套严密的统治制度，历史上凡入主中原的北方民族，都必须利用他们的经验，采取这套制度，方能立国。蒙古人也不例外。但高深的儒学对蒙古统治者来说要比神佛的道理难懂得多，因此僧道很快就得到尊崇和优待。从成吉思汗时代起，为了适应统治中原人民的需要，就开始使用契丹、女真、汉人官员，并仿照金朝制度，设官命职。经过四、五十年的演变过程，到忽必烈时，才比较全面地推行汉法，建立汉族式的封建王朝。
金元之际的少数民族统治阶级在入主中原后，迫切需要一种适应其统治的思想来稳定政权，倡以三教合一的全真教就受到统治者的重视。耶律楚材在《玄庆风会录》中详细记载了成吉思汗与丘处机的相处。丘处机劝成吉思汗去暴止杀、济世安民的思想得到了成吉思汗的认同。丘针对成吉思汗希翼长生之心理，要他将追求"成仙"与行善结合起来，劝告成吉思汗，养生之道重在"内固精神，外修阴德"。内固精神就是不要四处征伐，外修阴德就是要去暴止杀。"凡将帅来谒，必方便劝以不杀，人有急必周之，士有俘于人者必援而出之，士马所至以师与之名，脱欲兵之祸者甚众。"《元史·丘处机传》记有"(太祖)问为治之方，则对以敬天爱民之本。"他还巧妙地借用雷震等自然现象，劝告成吉思汗及蒙古人要有行孝之心："尝闻三千大罪，莫大于不孝者，天故以是警之。今闻国俗不孝父母者，上乘威德，可戒其众。"④还特别向成吉思汗讲述了治理中原的重要性，他认为要治理好中原，首先要让百姓"获苏息之安"，减免中原地区百姓赋税，真正做到"恤民保众，使天下怀安"。无怪乎玄教嗣教吴全节这样来评价丘处机："丘真人之所以告太祖皇帝者，其大概不过以取天下之要在乎不杀，治天下之要在乎任贤，修身之要在乎清心寡欲，炼神致虚，则与于天地相为长久矣。"⑤
作为玄教创始人的张留孙是一个受儒学影响很深的道士。留孙与宗演(指第三十六天师)进见世祖，"及入见，有锡予，上独目公而伟之，于是宗演归公留。上时时召问，因及虚心正身，崇俭爱民以保天下之说，深合上意。"⑥"每进见，必陈说古今治乱成败之理，多所裨益。士大夫赖公荐扬致位尊显者数十百人，及以过失莸谴，赖公救解，自贷于死者亦如之。"⑦
玄教嗣教吴全节是一个典型儒学化了的道士。"真人虽游方之外，而事亲之孝，儒家子有不能及。其事君也恭顺，其事师也无违礼，盖在三如一矣，而又通儒好文，乐道人善，凡所尊所嘉所容所矜，一一各得其欢心，是以无贵贱，无长少，无长远，翕然称之曰贤。"⑧他曾自表心意："予平生以泯然无闻为深耻，每于国家政令之得失，人才之当否，生民之利害，吉凶之先兆，苟有可言者，未尝敢以外臣自诡而不尽心焉。"⑨因龙虎山紧邻陆九渊的家乡，受陆氏心学影响较深，吴全节曾积极地向统治者推荐过陆氏之学："至顺二年(公元1331年)，公进宋儒陆文安公九渊语录，世罕知陆氏之学，是以进之。"⑩"尝闻龙虎山尊崇吾圣人书，弦诵之声接于两庑。"11由此可以看出，玄教儒学化之深。从张留孙、吴全节身上，已经很少看到道家清静无为的余韵，更多的是看到强烈的政治参与，他们俨然是身居庙堂的谋略之臣，为元代统治者积极地出谋划策。
三、二教贵盛
丘处机际遇成吉思汗对全真教来说，是一个发展的契机。丘返回中原时，得到免除全真教徒赋税的圣旨。他利用成吉思汗授与"掌管天下道门大小事务，一听神仙处置，宫观差役尽行蠲免，所在官司常切护卫"这种特权，在黄河流域大建全真宫观，"自燕齐及秦晋，接汉沔，星罗棋布，凡百余区。"12他利用宫观广发度牒，安抚了大批无以为生的流民，使之加入全真教，从而免除了他们承担的苛捐杂税。《元史·丘处机传》载："处机还燕，使其徒持牒招求于战伐之余，由是为人奴者得复为良，与滨死而得更生者，毋虑二三万人，中州至今称道之。"各阶层人士纷纷涌入全真门下，文人、官吏以与全真教相交为荣。成吉思汗的诏书中明确地把全真教抬高到领导地位："丘神仙奏知来底公事是也%好，我前时已有圣旨文字与你来，教你天下应有底出家善人都管着，好底歹底，丘神仙你就便理会，只你识者，奉到如此。"13时人元好问在《修武清真观记》记有全真教之盛："丘往赴龙庭之召，亿兆之命，悬于好生恶死之一言，诚有之，则虽冯瀛王之对辽主不是过。从是而后，黄冠之人，十分天下之二，声焰隆盛，鼓动海岳……14以后的祖庭会葬、独家刊行道藏是对全真教实力的一次检阅。1241年，祖庭会葬，盛况如潮："时陕右虽甫定，犹为边鄙重地，经理及会葬者，四方道俗云集，常数万人。"15发展到一定规模时，全真道对其历史进行瞻顾，《金莲正宗记》、《甘水仙源录》等一大批记录、整理全真道过往历史的书籍出现。并以一派之力，独立搜集、编辑《道藏》，在历史上仅此一次，其他《道藏》的发行均为官方颁布。这一切都是全真道以道教领袖自命，隐然有接续道教正统命脉之感。以后的历代皇帝都继承了这一政策："我元自太祖圣武皇帝视丘长春有道，聘为玄门后，厥后太、定、宪三宗及今皇帝，皆禀孝自天，善继以述。"16以上数言，表达了元代皇帝对全真道的扶植，从而给全真道的发展提供了坚实的政治基础。
玄教是天师道的一个支派，在统治者的支持下得以发展。第三十六代天师张宗演苦于北方严寒，就令张留孙留侍京都："上时时召问，因及虚心正身崇俭爱民以保天下之说，深合上意。"17元建立后，久经战争及内耗，需要修养生息，发展生产，张留孙以黄老清静之术以进，无疑正投其所好，遂得以尊崇。书上记有世祖封其为天师，留孙婉拒之事："始从日月山，世祖即命公为天师，却立以谢曰：'嗣汉天师汉张道陵之裔，今居龙虎山，愿正其传。'由是三十六代天师宗演至于今，凡四传，皆公所匡翊。"18上赐其"上卿玄教宗师，总摄道教，服宝冠金织衣裳，玉佩珠履，执圭以奉祀事。"19从这可以看出，张留孙的地位高于天师。他还积极地参与到政治中去："是岁分翰林、集贤院为两，道教专掌集贤，始自公议。"20"二十八年，丞相桑哥败，上欲相完泽颜，卜之，得同人之豫。公曰：'同人柔得位而应乎乾，豫利建侯。同人为得位，豫为建侯，彖传之辞也。陛下所以拟为无疑。'未几拜完泽公为相，后卒受遗辅政。"21"武宗、仁宗之生也，公皆受命世祖为制名，兴圣宫记其事，是以赞书及之。"22仁宗的观点可为的评："上尝坐嘉禧殿，顾谓大臣近侍曰：'累朝旧德，今为谁乎?'未及对，上曰：'无逾张上卿矣。'"23皇上还为其过生日："以公生日，赐玉冠、上尊、良马，隆福宫、中宫皆有赐赉，自是岁以为常。"24在佛道三次论辩后，世祖下令焚毁道经，公进行了劝止。他历事五朝，荣贵四十七年，其封号达四十三字之多。正是张留孙的受宠，使得玄教的发展有强大的政治靠山，在江南地区得到很迅猛的发展。
二教之间有很多相同之处，但也存在着不同之处，具体表现为以下二点：
一、组织方式不一
全真道创始人王重阳是在金朝统治稳固后依附金廷而又被排挤出官场的一类地主阶级代表人物。他们和金女真贵族之间有很深的民族矛盾，心底里埋藏着亡国易服之辱，及对金廷民族压迫的不满，但其阶级利益，与女真贵族终归有一致之处，因此他们也愿意为金廷服务。但当仕途失意时，他们便无法遣除内心的种种抑郁愤懑，而宗教，正是一条既能安慰精神创伤、又对封建社会有所裨益的出路。王重阳自称甘河遇仙后，就在山东半岛开始传教，收了马珏、谭处端、丘处机等七人，是为"七真"。以"七真"为首的全真道骨干，经过近二十年的修炼、传教，在民间信徒渐增，教团力量不断发展，取得了一些中下层官吏的信敬和支持。先后得到金、元统治者的重视和尊崇。正是由于全真道起于民间，所以它更要借助于统治者的支持来发展它的势力。
玄教的建立是与全真道完全相反的。它是在统治者的关照下建立起来的。天师都住在远离京城的江西龙虎山天师府中，却留下张留孙及其后继者留居京都，张留孙及其后继者实际成为天师的驻京代表与合法代理人。于是张留孙就利用这个留居"禁近"、时常接近皇帝的机会，逐渐在自己周围集合起大批龙虎宗道士，形成既属龙虎宗，又有相对独立性的支派--玄教。玄教的名字在它成立时既已确定。元代授其首领为玄教大宗师，即是明证。虞集《陈真人道行碑》云："开府公(指张留孙)受知世祖皇帝，肇设玄教。身为大宗师，择可以受其传者，非奇材异质不与也。"25张留孙自己也说："钦惟圣朝治尚清静，乃崇道家之言，谓之玄教，实始命臣典领。"26从上述玄教产生的过程看，它有一个不同于一般道派产生的特点，即它不像一般道派那样，先在群众中宣传教义，吸收教徒，建立组织，然后再求得王朝的承认；而是相反，先取得王朝信任后，再往下派骨干发展徒众，建立组织。这个龙虎宗支派(玄教)，罗致了大批龙虎宗道士的精英，组织健全，规模巨大，成了元代龙虎宗的核心。就其组织规模，社会影响讲，较之当时北方的全真道也毫不逊色。
二、命运迥异
由于全真道的发展达到"东尽海，南薄汉淮，西北历广漠，虽十庐之聚，必有香火一席之奉"27，在群众中有很强的影响力，这种情况已经给元统治者造成了一定的威胁。如上文所述，全真道在祖庭会葬时显示出了强大的生命力，不仅在下层群众中有很大的影响，而且在上层士大夫中影响也很大。当时许多亡金士大夫投托其门，以求庇护，在尹志平、李志常掌教期间，踵其门者，日不暇给。全真教在群众中和社会上有如此大的影响，不能不引起统治者的猜疑。统治者对其采取一种限制手段，也是意料之中的事情。崇佛抑道，扶植力量较为薄弱的佛教，借此来压制全真道的发展，使其发展受到一定遏制，是较为妥当的方法。佛道的三次论辩，就是在这样的政治背景下展开的。在三次论辩中，统治者都是站在佛教一边，让道教徒归还佛寺，并对道教书籍进行了焚毁，给道教带来了巨大的打击。尤其是至元十八年(公1281年)的御前大论辩，元世祖明显偏袒佛教，认定"惟《道德经》系老子亲著，余皆后人伪撰，宜悉焚毁。"经此一炬之后，道教的许多经书都失传了，全真道在政治上受到很大的打击，鼎盛局面随之结束，进入其发展的低谷。直至成宗即位，方始步入正常发展的轨道。在这30余年中，教徒的发展受到限制，斋醮被禁止举行，其处境是很困难的。
如前所言，玄教是在统治者的支持下由上而下建立起来的。终元一世，它都得到了政治上的支持和统治者的优崇。统治者对玄教首领张留孙、吴全节等都另眼看待。"开府张公，际遇世祖皇帝，待诏阙廷，晨夕密勿，历事五朝，宠眷如一，秩号崇进而弥不自高，锡赉稠数而弥不自泰，天子视之如腹心，宰臣视之如宾友，近依日月而退然类山林之隐逸，接微贱不异显贵，在朝垂五十载，上下之交，人人心服其德厚。"28"上(指世祖忽必烈)尝御便殿，命公进讲南华经，公推广成子语黄帝之说，上感叹，加特赐上卿玄教大宗师……武宗践阼，升公大真人知集贤院领诸路道教事，寻加特进，封其三代皆一品……仁宗加号辅成赞化保运玄教大宗师。"29
吴全节也得到了同样的尊崇："崇文宏道元德真人翊赞其师，留京师三十载，典司其教，靡所阙遗，祷祠供给，出入禁密，被眷遇至渥。前时推恩官其父，授翰林学士、中顺大夫，新天子即位，追崇太庙，达其孝于群臣之家，封赠逮三世，或再世，或一世，于是真人之曾大父母、大父母列追赠，而父进秩荣禄大夫、大司徒，封饶国公，母封饶国夫人。"30玄教首领之尊崇，带来玄教的贵盛。玄教传播地域之广，道徒之众，规模之大，影响之巨，都是前所未有的。
"释老之教，行乎中国也，千数百年，而其盛衰，每系乎时君之好恶。"31确实如此，中国的宗教往往都处在皇权的直接领导之下，随时君的好恶而沉浮。全真教和玄教在元代的命运就是很好的证明。
