日本禁门之变后，尊攘派的主力长州藩元气大伤，土佐勤王党领袖武市半平太也在回藩后被判切腹，而专杀佐幕派的“人斩以藏”更是被判处斩首极刑。
相对的，幕府反而有中兴之象，但这一切只是回光返照，到了此时，即使是对幕府最忠诚的新选组内部也出现了勤王论者。
元治元年（1864）十月，在藤堂平助的引荐下，学识丰富的伊东甲子太郎成为新选组队士。伊东皮肤白皙，身材高挑，是有名的美男子，加上饱读诗书，学富五车，温文尔雅的他在新选组中具有相当大的感召力，很快就被任命为新选组的参谋兼文学师父。
然而伊东却是一名坚定的勤王论者，他鲜明的“尊皇”色彩与近藤勇等人的佐幕立场显得格格不入，两人渐行渐远，并为下一场激战埋下伏笔。
1867年1月，孝明天皇暴毙，伊东为了贯彻自己的信念，组成御陵卫士，乘机从新选组脱队，同时开始与勤王派接触。
跟随伊东脱队的共有13人，除了斋藤一是卧底外，其余12人中竟包括了从创建时期就与近藤勇一路并肩作战的藤堂平助。近藤勇侦知伊东的举动，并听闻其有暗杀自己的计划，决定先发制人将其铲除。
1867年12月13日夜，伊东甲子太郎被新选组队员暗杀，一说认为杀死伊东的人正是近藤勇安插在其身边的卧底斋藤一。伊东死后，新选组将其遗体放置于交叉路口，待御陵卫士闻讯前来收尸时，埋伏在四周的新选组成员突然杀出，一场你死我活的厮杀随之展开。
赶来抢尸的御陵卫士共7人，在激战中，藤堂平助等3人死于昔日同袍的刀刃之下，其余四人突围逃生。“油小路之战”是新选组最后一次内斗，也是令人闻之色变的“壬生狼”没落的征兆，一个月后，明治天皇就颁布了“王政复古”大号令，幕府的末日来临了。
日本的政权名义上已移交到明治天皇的手里，但旧幕府实力犹存，一方欲收回权力，一方又不愿放权，问题终究只能靠枪杆子来解决。
就在以萨长为首的倒幕派与以新选组等佐幕派势力剑拔弩张之际，近藤勇却意外地被一枚枪弹击中，不得不下阵养生。刺客是伊东甲子太郎的余党，此一事件使得土方岁三在随后的战争中成为新选组的领导者。
1868年1月27日，伏见、鸟羽之战爆发，新选组在土方岁三的率领下，决定与会津藩联手为德川家做最后的奋力一搏。
这次，他们的对手是拥有洋枪洋炮的萨长联军，正如土方岁三后来所感慨“如今已非刀枪的时代”，此役中，新选组多名队士战死，旧幕府势土崩瓦解。
两个月后，未经历伏见、鸟羽之战的近藤勇在甲州率领队士对阵装备了新式武器新政府军，最终在甲州胜沼之战中惨败，随后近藤勇向新政府军投降。就在近藤勇投降后的一周，江户无血开城，戊辰战争胜负已定。
或许出于对新选组残杀尊攘志士的仇恨，新政府并未放过这个佐幕派头目，当年5月17日，近藤勇被押送至板桥斩首，享年35岁。近藤勇死后一个月，身患肺结核的冲田总司也在江户病逝。曾经名震天下的新选组，也仅剩土方岁三这一支余脉了。
就在江户无血开城的同日，土方岁三与幕府军会合，随后于5月11日攻陷宇都宫城，一个月后又攻占白河城，先后参与母成峠之战、泷泽峠之战。
随着旧幕府军节节败退，当年10月12日，土方岁三等人随榎本武扬率领的旧幕府海军舰队前往虾夷地。在位于日本北海道的箱馆（今函馆）登陆后，土方继续执着地指挥着剩余的队士，仿佛是为了悼念近藤与过往同志的亡灵一般，他以鬼神之姿狂扫戊辰战争爆发以来数场最激烈的战斗。
在箱馆边地，土方岁三剪去武士的发髻，脱下和服，穿上一身笔挺的西洋式军装，为后世留下了一张经典的肖像照。他是个能积极接受任何有益的新事物的人，照片中一身西装的岁三唯一没变的，是挎在腰间的那把武士刀。
1869年，土方岁三35岁，与近藤勇被斩首时同样的年纪。这年6月20日，新政府军发动箱馆总攻击，为了救援孤立的辩天台场，土方岁三率领少数的几名士兵，纵身跃入炮火纷飞的最前线，这是土方岁三与新选组留给这个世界最后的身影。
当时在辩天台场等待救援的将士听闻土方岁三阵亡的噩耗后，不禁痛哭失声：“失去土方，简直像婴儿失去母亲一般。”
北海道沦陷，短暂的“虾夷共和国”宣告灭亡，戊辰战争也在此画上终点。
幕府瓦解，士道凋零，一个新的时代——明治时代即将来临。
