深圳的经济特区发展只有40年，但却曾经有着6700多年的人类活动史，新石器时代中期就有原住居民百越人等繁衍生息在深圳土地上，深圳有1700多年的郡县史、600多年的南头城、大鹏城史和300多年的客家人移民史，深圳的城市史已有1673年。
夏、商、周年代，深圳是百越部族远征海洋的一个驻脚点。居殖在深圳沿海沙丘谷地区域的百姓，是百越部族的分支——"南越秦朝，即为广东地。秦皇统一中国后，于公元前214年在岭南设置了南海、桂林、象郡三郡，谪徙秦国人50万人开发。时属南海郡（郡治广州）的深圳，便融入了秦代的中原文化，后为南越国地。大汉帝国、东汉属于交州（管辖广东、广西、越南大部）南海郡。西汉设郡前属越地、南粤地（南越地）。部族"。他们以捕鱼、航海维生，甚少农垦。
深圳市最早的前身为广州宝安县，宝安作为县建制始于公元331年（东晋咸和六年）。朝廷置辖地六县的东官郡，辖地大概为今天的深圳市、东莞市和香港等范围。郡治在宝安县（南头）。
深圳在宋朝时期是南方海路贸易的重要枢纽，属于广州香山县。盛产食盐、香料。至元朝，又以出产珍珠著名。
元代隶属广州路，明代隶属广州府，深圳市的前身又曾名为新安县。公元1573年，中国明朝政府扩建东莞守御千户基地，建立新安县，并建县治于南头，辖地包括今天的深圳市及香港区域。经济以产盐、茶叶、香料和稻米为主。
公元1394年（明洪武二十七年），在今深圳境内设立了东莞守御千户所及大鹏守御千户所。有600多年历史的南头古城，曾是晚清前深港澳地区的政治中心。
清代隶属广肇罗道广州府。1842年7月至1898年4月期间，中国清政府与英国相继签订《南京条约》、《北京条约》和《展拓香港界址专条》，港岛、九龙和新界割让、租借给英国。至此，原属新安县的3076平方公里土地中，有1055.61平方公里脱离其管辖，深圳与香港从此划境分治。
抗日战争时期，南头沦陷，宝安县政府临时迁往东莞县。1953年，因深圳联接广九铁路，人口聚居较多，工商业兴旺，宝安县治东迁至距南头10公里外的深圳墟。
1978年6月，赴港澳经济考察组提出一个十分新颖的建议：利用宝安（即今深圳）和珠海毗邻香港和澳门的地域特点，建成新型的边防城市。
1979年3月，中央和广东省决定把宝安县改为深圳市，受广东省和惠阳地区双重领导；11月，中共广东省委决定将深圳市改为地区一级的省辖市。
1980年8月26日，全国人大常委会批准在深圳设置经济特区，现在，该天也被世人亲切的成为"深圳生日"。
1980年8月26日，第五届全国人民代表大会常务委员会第十五次会议中通过了由国务院提出的《广东省经济特区条例》，批准在深圳设置经济特区。
1981年3月，深圳市升格为副省级市。
1984年1月24日至26日，邓小平第一次视察深圳，为深圳题词：“深圳的发展和经验证明，我们建立经济特区的政策是正确的。”
1988年11月，国务院批准深圳市在国家计划中实行单列，并赋予其相当于省一级的经济管理权限。
1990年12月1日，新中国第二个证券交易所——深圳证券交易所诞生。
1992年邓小平第二次南巡，视察深圳，并发表了极为重要的谈话：计划经济不等于社会主义，市场经济不等于资本主义，特区姓“社”不姓“资”。
1992年2月，全国人大常委会授予深圳市人民代表大会及其常委会、市政府制定地方法律和法规的权力。
2004年，深圳成为全国首个无农村无农民的城市。
2018年1月6日，国务院同意撤销深圳经济特区管理线。
