广州洋行存世一百多年，在其历史上，能够保持长盛不衰的家族极少，多数行商都富不过三代，基本是在开业后一二十年间倒闭歇业，例外的主要有同文行的潘家与怡和行的伍家。这是因为，全体洋行商人在事业的维持上都遭遇到很大的困难。
自乾隆末期开始，铺张盛行国用无度。因祖训不得加赋，财政上的负担便要转嫁给农人以外的百姓。商人以其富有，自然首当其冲，成为政府盘剥的对象。从乾隆末年到嘉庆朝，是整个行商团体蒙受来自官方强大需索的时代。政府以皇帝万寿、国家战事、河工水利、征剿盗匪等各种公益事业为名，向行商勒索摊派银两，再加上贪婪的宫廷和官府的榨取，这期间广州行商平均每年的负担超过十万两白银。
就国际贸易环境而言，这时期的许多欧陆国家，如法国、荷兰、瑞典、丹麦等国由于欧洲战争爆发，无力派船前往中国，这就增加了中西贸易的不稳定性。在商场上，行商的主要对手，先是以英国东印度公司为首的西方各国商人，稍后是以英国怡和洋行与美国旗昌洋行为代表的外商。这些西方商团财大势雄，资金不足的行商根本不是他们的对手。
一些行商为了摆脱困境，盲目向外商借债，甚至买空卖空。清廷为了避免中外债务纠纷及外商滞留中国，绝不允许华商拖欠外债，否则严加处罚。相反，洋人在欠下行商债务之后，便可以任意离去。因此，洋行在经营上面临着各种不测的风险。
在中国官方的桎梏及西方商人的钳制下，多数洋行周转不灵，债台高筑，行商迭遭破产、抄家、下狱、充军的厄运，所欠夷债、官饷均由全体行商继续摊赔。这种由众商共同承担经营风险的行规，使多数洋行不堪重负。乾隆四十五年，裕源洋行张天球、泰和洋行颜时瑛积欠英商债银近二百万两，政府下令抄家、发配新疆，所欠债款由开业中的行商分十年清还，这是行商分摊商欠的开始。
这种连带互保制从此成为洋行的定规，它实际是保甲制度在十三行中的应用。以后相继出现洋行界排名第三的而益洋行石中和，在乾隆六十年欠债银一百一十三万两破产；嘉庆二十年，营业的十家洋行中有七家欠英款，总数达白银一百零六万两；道光四年以后，丽泉等五商行相继闭歇，欠税银二百六十余万两等等。这些债务全部由其他行商分年偿还，就连两广总督卢坤也不得不承认：“疲行歇业，众商代为摊赔，每至殷商亦转为疲乏，在众商实害切剥肤”。然而，清政府在帮助行商摆脱困境上却无能为力。
为避免替破产同行摊赔债欠，豪商潘致祥曾设法脱离了洋行界。对政府而言，广州洋行流失有实力的业头是不能容忍的，嘉庆十九年，在两广总督蒋攸铦的主导下，潘致祥被重新召回充商。蒋攸铦称：潘致祥家业殷实，熟悉洋务，为洋人及商民所信服。以前辞退，实属投机取巧，现在洋行疲敝之时，岂能任他置身事外。不久，潘致祥便奉旨重操旧业，担任十三行的总商。
早期中国洋行在经营上的困惑持续到9世纪40年代，除两三家殷实富商成功地发展产业外，其余资本薄弱的小行商则在风雨飘摇中挣扎。由于“夷欠”过多，中外债务纠纷不断。1840年，鸦片战争爆发。道光二十二年，战败的清政府被迫与英国政府签订了《南京条约》，其中规定：英商可赴中国沿海五口自由贸易，取消广州行商垄断外贸的特权。不久，道光帝下令“不必多方购求西洋物品”，洋行每年进贡洋货的定制也随之停止。
咸丰六年，具有一百七十年历史的商馆被一场大火化为灰烬。从此，洋行商人各奔东西，广州十三行退出商业舞台，其在经营对外贸易上独领风騷的辉煌遂成为值得追溯的历史，以十三行为依托的宫廷洋货热潮也从此而告终，国际贸易的中心逐渐被上海、香港所取代。如今的十三行，只剩下位于广州市城西一条孤零零的街名。
