青藏地区的和硕特汗国协助黄教达赖五世击败红教统一全藏，之后分裂成青海与西藏和硕特。达赖六世时，藏区政事交由第巴（理事大臣）桑结嘉错管理，他联合准噶尔对抗西藏和硕特的拉藏汗，拉藏汗先下手杀桑结嘉错并废除达赖六世。
1717年噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦入侵西藏，攻杀拉藏汗，并且占领拉萨。清军与准军多次交战，最后于1720年由胤禵率军驱除成功，协助达赖七世入藏，以拉藏汗旧臣管理藏区。
雍正初年青海亲王罗卜藏丹津意图复兴和硕特汗国而乱，隔年年羹尧与岳钟琪等人平定。为此雍正帝占领部分西康地区，又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以管理青藏地区。
乾隆末年，尼泊尔的廓尔喀王国两次入侵西藏。1793年清廷派福康安与海兰察领兵入藏，平定廓尔喀，不丹与哲孟雄（今锡金）亦为藩属国，加强驻藏大臣的权力。
清朝对西藏管辖的举措是册封制度、驻藏大臣和金瓶掣签制度。
清朝初年，五世达赖来京朝贺，顺治帝隆重接待并正式赐予他“达赖喇嘛”的封号；后来，康熙帝又册封五世班禅为“班禅额尔德尼”的封号，并赐以册印；从此，“达赖喇嘛”和“班禅额尔德尼”的称号正式固定下来，以后历世达赖和班禅都必须经过中央政府册封成为定制。
1727年，清政府在西藏设驻藏大臣，办理西藏事务；驻藏大臣代表中央政府，与达赖和班禅共同管理西藏；驻藏大臣的设置，标志着中央政府对西藏管辖的加强。乾隆年间。
清政府陆续颁布《西藏善后章程》和《藏内善后章程二十九条》，确定了驻藏大臣与达赖喇嘛共同处理政务的平等地位，巩固了中央政府对西藏的统治。清政府在西藏改革乌拉、租赋、钱法、贸易制度；活跃民族贸易；创报、兴学、发展农牧工矿业和加强交通、邮电事业的开发等。
清朝还设置了金瓶掣签制度。加强了中央政府对达赖、班禅转世的监督和任授权力。此乃清王朝改革西藏行政管理体制，确立系统治藏法规中的一项重要内容。这一制度一直延续至今。
和硕特汗国，一般指卫拉特（厄鲁特蒙古）和硕特部首领固始汗建立的汗国，臣属于后金，1635年起进入清朝的藩属国。前期是天山地带的部落级酋邦，后期是占据青藏高原的巨大汗国。
前期：固始汗（顾实汗）是蒙古成吉思汗之弟的后代，他年少时单骑去化解卫拉特与青海北部喀尔喀蒙古之冲突，被黄教活佛东科尔呼图克图和喀尔喀蒙古领袖共赠“大国师”称号，汉语国师的蒙古语转音为固始。17世纪中期，大哥遇害后，他继任和硕特部首领和卫拉特盟主。后来称固始汗。
1634年西藏黄教摄政者索南群培和五世达赖、四世班禅共同致信固始汗，请其出兵救援。1637-1641年固始汗攻入青海和西康，1642年攻占日喀则，灭噶举派的藏巴汗政权（噶玛王朝），确立格鲁派诸领袖在西藏的政治地位，重建布达拉宫、扩建大昭寺。
当时四巨头里第巴是达赖的总管，管一般行政，是中级型政教合一（其它权力还是汗庭管理，乾隆皇帝确立的噶厦政府才是高级型合一）。
