有观点认为李舜臣是副手，实际指挥是明朝水师提督陈璘。这是对史料不了解或者未读史料而造成的混淆。
鸣梁大捷确实是李舜臣打的，也没有明军参与。陈璘指挥的海战是鸣梁海战不久之后的另一场露梁海战，这是由明朝联军打的，李舜臣在这场战役死亡。
另有观点争议日水军主力究竟是哪场战争消灭的，是鸣梁海战还是露梁海战。笔者查阅史料发现，鸣梁海战并没有宣称消灭日水军主力，恐怕是网上以讹传讹。
鸣梁海战出名是因为其以少胜多，利用天时和地形设下伏击，打了一场漂亮的战役。而日海军主力则是在露梁海战被歼灭。
另有观点对朝鲜水师以十二艘战船和一百艘改装民船对日军一百三十余艘战船取得如此战绩表示不解。这也是对史料不了解，对当时海战不了解造成的。
首先李舜臣并非硬碰硬的以十二艘船去攻击一百三十余艘。而是凭借对环境和气候的熟悉，事先设下伏击地点，将日水军引诱至鸣梁海峡，在水下还设有木桩铁索。
其次，李舜臣的十二艘是战船，另还动用了一百余艘民船，加以改装。而日军的船也并非都是战船，只有一百三十艘是战船，后来还跟有两百艘后勤船。
这样数量差距并不是太大。龟船是全封闭结构，铁制护板，顶盖四周有尖刺，船头有大铳，不惧近战。日呈秀吉之对龟船的描述是：“朝鲜人水战大异陆战，且战船大而行速，楼牌坚厚，铳丸俱不能入。我船遇之，尽被撞破。”。
而史载日海军战法以投掷焙烙和焙烙火矢为主，并无炮火。对铁甲船难以造成伤害。在加上二百后勤船只几乎无战斗力，所以朝鲜水师以少胜多大捷。
关于朝鲜水师和日本水师舰船数量的争议。有诸多说法，更有一些说法完全脱离史料。依据史料记载，比较正确的是，朝鲜水师方面，战船12-13艘，另动用改装民船100余艘。日本水师方面，战船130余艘，另有后勤船200艘。
鸣梁海战是通俗说法，确切的说应该是鸣梁海峡伏击战。此战斗的确是朝鲜人自己打的一场海战。也是以弱胜强。当时，朝鲜军备极度废弛，以至于日本从釜山登陆，十九天后就以攻陷汉城。又一月陷平壤。
两月不到，朝鲜八道尽失。朝鲜宣宗李昖仓皇逃亡大明宽甸堡（今辽宁省丹东市宽甸）避难。若无明军出力，千里驰援，即使李舜臣全歼了倭寇海师，朝鲜也难逃亡国灭种。
有观点认为，实际上是朝鲜在鸣梁海峡的伏击战斗中取得了胜利后迅速后撤，而日本在其后的战役中取得战略上的胜利。
日本军队主力在5-6 月渡海进入朝鲜。在7月15日的漆川梁海战中毁灭性打击了朝鲜水师。在陆地上的南原城和黄石山城都迅速击败朝鲜军获胜。
随后日军将领加藤清正，黑田长政和毛利秀元率领大军继续按预定目标推进。到9月中旬，朝鲜在全罗道的抵抗仅存在于南部小块地方。战斗力仅有朝鲜水师仅剩的12艘船只。而此时，日本陆军正在继续推进，而日本水军则沿海推进。
鸣梁海峡伏击战实际是李舜臣伏击日本前锋。日本水军在藤堂高虎，加藤嘉明，胁坂安治等将领带领下，正在全罗道沿海推进，日军前哨在9月7日抵达兰浦达洋面，在这里与李舜臣的12艘战船遭遇。朝鲜水师开始诱惑日本水军。
9月16日，在获得了发现朝鲜军残余海军的消息后，藤堂高虎带领中型关船30艘甩开大部队开始追击，准备与朝鲜水师决战。结果被朝鲜水师引诱到鸣梁海峡，此处对于日军来说是一片陌生水域。
此时海水退潮，日本水军前面的几艘船被朝鲜埋在浅海底的铁索和木桩挡住去路，遭到朝鲜水师掉头围攻。导致来岛通总等数名日本人阵亡，那几艘搁浅的战船也被放弃。在这次海战中的朝鲜水师损害轻微，但是众寡不敌，所以傍晚开始急速退却。
日本水军不熟悉路况，无法继续追击朝鲜水师，也是害怕再中这样的圈套。第二天，也就是9月17日，藤堂高虎和胁坂安治再次来到战场上巡视，没有发现朝鲜水师。
日本水军主力到达后朝鲜水师已经后撤，日本水军一看朝鲜水师已经退去，继续前进攻克朝鲜水师的大本营。一面突进到全罗道西岸地区，支援日本陆军的攻击。
此时日本军队的作战目标和扫荡全罗道朝鲜水师的任务已经全部完成。开始在顺天，泗川，昌原，蔚山修筑城墙要塞，准备与南下的明军决战。
在鸣梁海峡被伏击之后是日本控制制海权摧毁朝鲜军港。鸣梁海峡伏击战发生在日本水陆大军进军全罗道的过程中，李舜臣在预定海域引诱并且伏击了日本水军的前锋部队，只是使日本前锋稍微受到一点损失，随后就离开撤退。
日本水军夺取了该地的制海权和摧毁了朝鲜水师的基地，这么看实际上是日本在战略上取胜，日本损失了几艘船，死了十几个人，但是日本达到了摧毁对方水师基地，夺取制海权，掩护陆军前进的战略目标。
在朝鲜的说法里，这场战斗变成了：李舜臣的12-13艘战船迎战日本133艘战船和200艘运输船，并且击沉31艘日船，击伤92艘日船，杀死日军7300人，阵斩对方主将的巨大胜利，并且拍出了“天军”和“鸣梁海战”两部票房大片。
整个日本舰队也只有7200人，藤堂高虎2800人、加藤嘉明2400人、胁坂安治1200人、来岛通总600人和菅平右卫门们长200人，怎么可能会被杀死7300人，所以朝鲜的说法里战果应该是被夸大的。
另外，李舜臣自己写的乱中日记也写有“贼船有三十只撞破”。这次战斗结束后，李舜臣舰队是向北方退却了，而且被日军摧毁了水师基地，日本水陆军顺利完成既定计划的事情。
朝鲜水师就算全是龟船，那12艘龟船上，也仅有200多个只能打7钱铁子和射程不超过30米的大箭。不可能打沉打伤对方的133艘战船和运输船。
李舜臣从来谈不上在海上切断日后勤线，从来也没见过日军缺乏过从本土运输来的军械和兵员，也从来没见过李舜臣独自到过外海大洋之上，要是真有李舜臣从玉浦海战到釜山浦海战，四个月期间十战十胜，消灭了胁坂安治、加藤嘉明、藤堂高虎、九鬼嘉隆等率领的日本水军，阻断了日本军事物资的运输通道。
如果朝方掌握了制海权，再加上金时敏仅用3800人就打败细川忠兴的2万日军，其他日军也陷入了义兵的游击战争中。那之后朝鲜还请求明朝援军干什么？日本水军如果都在海上已经被干掉了，日本后续部队和物资根本送不上来，那么半岛上的日军早就已经饥寒交迫，焦头烂额了。
