洪武四年（1371），明朝就开始在西藏地区陆续设置了乌斯藏、朵甘卫指挥使司以及宜慰使司元帅府、招讨司、万户府、千户所等行政机构。洪武七年升朵甘、乌斯藏二卫为都指挥司。
朱元璋明确制定、明朝始终遵行的政教分离原则，改变了元朝将西藏的宗教和政治权力集于一人、一家、一派的局面，保证了中央政府与西藏地方之间近300年的政治稳定和联系畅通。
明代称西藏为“乌斯藏”。乌斯藏，在云南西徼外，去云南丽江府千余里，四川马湖府千五百余里，陕西西宁卫五千余里。其地多僧，无城郭。群居大土台上，不食肉娶妻，无刑罚，亦无兵革，鲜疾病。佛书甚多，《楞伽经》至万卷。
其土台外，僧有食肉娶妻者。元世祖尊八思巴为大宝法王，锡玉印，既没，赐号皇天之下一人之上宣文辅治大圣至德普觉真智佐国如意大宝法王西天佛子大元帝师。自是，其徒嗣者咸称帝师。
相关记载
洪武初，太祖惩唐世吐蕃之乱，思制御之。惟因其俗尚，用僧徒化导为善，乃遣使广行招谕。又遣陕西行省员外郎许允德使其地，令举元故官赴京授职。于是乌斯藏摄帝师喃加巴藏卜先遣使朝贡。五年十二月至京。帝喜，赐红绮禅衣及鞋帽钱物。
明年二月躬自入朝，上所举故官六十人。帝悉授以职，改摄帝师为炽盛佛宝国师，仍锡玉印及彩币表里各二十。玉人制印成，帝眎玉未美，令更制，其崇敬如此。暨辞还，命河州卫遣官赍敕偕行，招谕诸番之未附者。
冬，元帝师之后锁南坚巴藏卜、元国公哥列思监藏巴藏卜并遣使乞玉印。廷臣言已尝给赐，不宜复予，乃以文绮赐之。
七年夏，佛宝国师遣其徒来贡。秋，元帝师八思巴之后公哥监藏巴藏卜及乌斯藏僧答力麻八剌遣使来朝，请封号。诏授帝师后人为圆智妙觉弘教大国师，乌斯藏僧为灌顶国师，并赐玉印。佛宝国师复遣其徒来贡，上所举土官五十八人，亦皆授职。九年，答力麻八剌遣使来贡。十一年复贡，奏举故官十六人为宣慰、招讨等官，亦皆报允。十四年复贡。
喃加巴藏卜已卒，有僧哈立麻者，国人以其有道术，称之为尚师。成祖为燕王时，知其名。永乐元年命司礼少监侯显、僧智光赍书币往征。其僧先遣人来贡，而躬随使者入朝。四年冬将至，命驸马都尉沐昕往迎之。
既至，帝延见于奉天殿，明日宴华盖殿，赐黄金百，白金千，钞二万，彩币四十五表里，法器、裀褥、鞍马、香果、茶米诸物毕备。其从者亦有赐。明年春，赐仪仗、银瓜、牙仗、骨朵、膋灯、纱灯、香合、拂子各二，手炉六，伞盖一，银交椅、银足踏、银杌、银盆、银罐、青圆扇、红圆扇、拜褥、帐幄各一，幡幢四十有八，鞍马二，散马四。
高帝后命建普度大斋于灵谷寺七日。帝躬自行香。于是卿云、甘露、青乌、白象之属，连日毕见。帝大悦，侍臣多献赋颂。事竣，复赐黄金百，白金千，宝钞二千，彩币表里百二十，马九。其徒灌顶圆通善慧大国师答师巴?罗葛罗思等，亦加优赐。
遂封哈立麻为万行具足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛，领天下释教，赐印诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器、鞍马。命其徒孛隆逋瓦桑儿加领真为灌顶圆修净慧大国师，高日瓦禅伯为灌顶通悟弘济大国师，果栾罗葛罗监藏巴里藏卜为灌顶弘智净戒大国师，并赐印诰、银钞、彩币。
已，命哈立麻赴五台山建大斋，再为高帝后荐福，赐予优厚。六年四月辞归，复赐金币、佛像，命中官护行。自是，迄正统末，入贡者八。已，法王卒，久不奉贡。弘治八年，王葛哩麻巴始遣使来贡。十二年两贡，礼官以一岁再贡非制，请裁其赐赉，从之。
