北宋灭亡后，北方一些汉族士人不愿与金朝统治者合作，走上了隐遁之路，山东、河北一带出现了汉族士人创造的新道派——太一道、真大道和全真道。
萧抱珍在金熙宗天眷（1138—1140在位）年间创立太一道，崇奉主神五福太一。太一道崇尚符箓，其所传三元法箓由天师道符箓演化而来，同时也着重内丹修炼；萧抱珍也模仿天师道秘传，规定掌教者必须改姓萧；太一道以“度群生于厄苦”为宗旨，注重伦理关系。
真大道起初名为”大道“，创教人刘德仁于金熙宗皇统二年（1142）自称老君降世授予《道德经》要言，立九条戒法，教人以忠君孝亲，诚以待人，爱生勿杀，这样的观念在饱经战火蹂躏的北方得到百姓的共鸣，大道教遍及中原。大道教教义独具特色，不谈飞升炼化、长生久视，而提倡自食其力、少私寡欲，一柱清香敬天地，修炼以内丹“守气养神”为重。
王重阳创立的全真道继承了钟吕二人的内丹思想。金海陵王正隆四年（1159）王重阳遇到神人授之修炼秘诀，在终南山筑“活死人墓”隐居修道，后前往山东传教，先后收马丹阳、谭处端、邱处机、王处一、刘处玄、郝大通、孙不二七人为徒，打起“全真”的旗号在山东、陕西、河南等地传教。王重阳的著作有《重阳全真集》、《立教十五论》，阐述了全真道的教理教义、内丹思想等内容，开启了道教发展的新时代。
全真道骨干文化素养高，著述颇多，总体上仍然继承了钟离权、吕洞宾的内丹思想，并有鲜明的时代特征。
太一道、真大道、全真道建立后，成为在野汉族士人相互联络的组织。金朝统治者为了笼络汉人对各道派给予扶植，其中金章宗是最为“尊崇玄道者”，与太一道三祖萧志冲、全真道掌教王处一来往密切，下令编纂了《大金玄都宝藏》。同时，金朝统治者忌惮下层群众利用道教作乱，也对各道派规定诸多限制。
元朝全真道的兴盛
蒙古人入主中原建立元朝，为了取得汉族士人的支持，对道教表示了尊崇。金朝时期，邱处机率领弟子西游中亚三万五千里，机遇成吉思汗，对以治国安邦要以敬天爱民为本，长生久视要以清心寡欲为要，讲述了“止杀保民”、“以孝治国”等治国之术。成吉思汗十分崇敬邱处机，请其掌管天下道教，诏免道门赋役。邱处机回到燕京后即着手“立观度人”，救济饱受战乱的广大群众，为全真道在元代的大发展奠定了基础。
全真道经过尹志平、李志长相继掌教，进入了鼎盛期：一是道门兴旺，门徒众多，高道辈出；二是以燕京为中心修建了大量宫观，遍及中原大地；三是宋德方主持重修了《玄都宝藏》。大道教在元朝时，分裂为郦希诚和李希安两派，郦希诚得到元室的尊宠成为正宗，改名为“真大道”，传播地区扩展到全国。九祖张庆志逝世后，真大道逐渐融入全真道。
随着元朝统一全国，全真道也南下传教，先来到武当山，再传至江南各省，并与金丹南宗逐渐合流，李道纯、陈致虚等南宗大师都主张并推动金丹南北宗的合并。全真道和金丹南宗都以内丹理论为基础，以东华帝君王玄甫、正阳帝君钟离权、纯阳帝君吕洞宾等为始祖，有共同的理论渊源。陈致虚提出的“五祖七真”传承系统被广泛认可，元惠宗（1333—1370在位）时期，全真道和金丹南宗正式合并，新的全真道形成。
元朝正一道的形成
至元十四年（1277），元世祖授予第36代天师张宗演官方承认的天师头衔和统领江南道教的权力，龙虎宗成为南方道教的官府衙门。
同时龙虎宗还形成了一个支派——玄教。至元十三年（1276）随张宗演赴京的张留孙受元室宠信而留在京城，利用政治地位日益巩固的机会，从龙虎山征调许多道士到京城和江南管理道教事务，逐渐形成了一个龙虎宗支派。
玄教以“清静无为为本，慈俭不敢为天下先”为宗旨；政治上尊荣显贵，掌门人积极参加政治活动；思想上儒学化，如二祖吴全节推崇理学，力行忠孝；宗教内容上，兼容各种新旧道派的思想、道术。玄教共历五代掌教，元朝灭亡后重新归宗于正一道。
1246年元世祖召见太一道四祖萧辅道，标志着太一道正式得到元朝的认可。太一道传到七祖萧天祐后逐渐融入了正一道。
茅山宗在元代有一定的发展，其活动主要以江浙苏杭为基地，兼及福建、江西等地，代表人物有杜道坚、赵嗣祺和张雨。
元世祖至元（1264—1294）末年，南昌道士刘玉重建净明道组织，重新阐释“忠孝净明”的教义，追求道德的完善，用“惩忿窒欲、正心诚意”的修炼方法，达到净明境界而与道合一。它的入世精神被很多士大夫赞许，在江西十分盛行。
神霄派在元朝的传人主要是莫月鼎，主要活动于苏、浙、赣、闽、广等地，在民间影响很大。
清微派在元朝以黄舜申一系为主，后分建宁和武当山两支向南北传播，清微雷法追求天人合一、内炼与外法相结合，同时还受程朱理学的影响。
东华派在元朝的主要传人是林灵真，后归于正一道。
天心派在元朝的主要传人是雷时中，他宣称路真君授其“混元六天如意道法“，故此派又称为混元派。
新旧符箓道派教义、法术都很接近，各派之间相互融合早已有之，为各派归一奠定了思想基础；元室任命张天师掌管江南道教，使龙虎宗成为最具凝聚力的道派，为正一道的形成奠定了组织基础。大德八年（1304）元成宗敕封第38代天师张与材为“正一教主”，标志着正一道的正式形成。
